More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4120 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4120  50S ribosomal protein L31  100 
 
 
70 aa  147  7e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0447  50S ribosomal protein L31  95.71 
 
 
70 aa  143  9e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3493  50S ribosomal protein L31  97.14 
 
 
70 aa  142  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0459  50S ribosomal protein L31  97.14 
 
 
70 aa  142  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3670  50S ribosomal protein L31  97.14 
 
 
70 aa  142  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0381  50S ribosomal protein L31  94.29 
 
 
70 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4424  50S ribosomal protein L31  92.86 
 
 
70 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3354  50S ribosomal protein L31  91.43 
 
 
70 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3776  50S ribosomal protein L31  91.43 
 
 
70 aa  137  6e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.653741  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0477  50S ribosomal protein L31  91.43 
 
 
70 aa  135  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3758  50S ribosomal protein L31  91.43 
 
 
70 aa  136  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0498  50S ribosomal protein L31  91.43 
 
 
70 aa  135  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0501  50S ribosomal protein L31  91.43 
 
 
70 aa  135  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3842  50S ribosomal protein L31  91.43 
 
 
70 aa  135  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0553  50S ribosomal protein L31  91.43 
 
 
70 aa  135  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0536  50S ribosomal protein L31  88.57 
 
 
70 aa  131  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2858  50S ribosomal protein L31  72.86 
 
 
70 aa  114  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03520  50S ribosomal subunit protein L31  70 
 
 
70 aa  113  8.999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1472  50S ribosomal protein L31P  71.43 
 
 
77 aa  113  1.0000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000025459  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0118  ribosomal protein L31  71.43 
 
 
71 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4788  50S ribosomal protein L31  71.43 
 
 
71 aa  112  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000702878 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3793  ribosomal protein L31  70 
 
 
71 aa  111  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4312  50S ribosomal protein L31  71.43 
 
 
70 aa  111  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4496  50S ribosomal protein L31  71.43 
 
 
70 aa  111  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4342  50S ribosomal protein L31  71.43 
 
 
70 aa  111  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4426  50S ribosomal protein L31  71.43 
 
 
70 aa  111  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379509  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4428  50S ribosomal protein L31  71.43 
 
 
70 aa  111  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0118  50S ribosomal protein L31  68.57 
 
 
71 aa  110  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3811  50S ribosomal protein L31  68.57 
 
 
71 aa  110  6e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4098  50S ribosomal protein L31  68.57 
 
 
71 aa  110  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4365  50S ribosomal protein L31  67.14 
 
 
70 aa  110  7.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4125  ribosomal protein L31  69.23 
 
 
71 aa  108  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000665259  hitchhiker  0.000000407647 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0823  ribosomal protein L31  73.85 
 
 
73 aa  109  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.013762  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0184  50S ribosomal protein L31  67.14 
 
 
71 aa  108  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4188  ribosomal protein L31  68.57 
 
 
71 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0537  50S ribosomal protein L31P  67.14 
 
 
70 aa  107  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45340  ribosomal protein L31  65.71 
 
 
70 aa  106  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0374331  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0170  50S ribosomal protein L31  67.14 
 
 
71 aa  106  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2744  50S ribosomal protein L31  64.79 
 
 
72 aa  105  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4037  50S ribosomal protein L31  68.57 
 
 
70 aa  105  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03821  50S ribosomal subunit protein L31  65.71 
 
 
70 aa  104  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4049  ribosomal protein L31  65.71 
 
 
70 aa  104  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4082  50S ribosomal protein L31  65.71 
 
 
70 aa  104  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5394  50S ribosomal protein L31  65.71 
 
 
70 aa  104  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.948116  normal  0.943424 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03770  hypothetical protein  65.71 
 
 
70 aa  104  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4472  50S ribosomal protein L31  65.71 
 
 
70 aa  104  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001744  LSU ribosomal protein L31p  65.75 
 
 
73 aa  104  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00827277  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4419  50S ribosomal protein L31  65.71 
 
 
70 aa  104  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4378  50S ribosomal protein L31  65.71 
 
 
70 aa  104  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.427206 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4168  50S ribosomal protein L31  65.71 
 
 
70 aa  104  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2252  50S ribosomal protein L31  63.38 
 
 
72 aa  103  7e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.200856  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00728  50S ribosomal protein L31  61.97 
 
 
72 aa  102  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2693  50S ribosomal protein L31  60 
 
 
70 aa  102  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000422577  hitchhiker  0.00222297 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5786  50S ribosomal protein L31  66.18 
 
 
71 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66710  50S ribosomal protein L31  66.18 
 
 
71 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0322  ribosomal protein L31  60 
 
 
67 aa  100  6e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.385126  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0243  ribosomal protein L31  57.58 
 
 
68 aa  98.2  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2086  50S ribosomal protein L31  58.46 
 
 
75 aa  97.4  6e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0399  50S ribosomal protein L31  61.76 
 
 
73 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.96795  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2999  50S ribosomal protein L31  58.82 
 
 
74 aa  95.5  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00163219  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0039  50S ribosomal protein L31  59.7 
 
 
68 aa  95.1  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.196539 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4960  ribosomal protein L31  58.57 
 
 
100 aa  94  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5087  50S ribosomal protein L31  58.57 
 
 
71 aa  93.6  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0659  ribosomal protein L31  56.92 
 
 
68 aa  94  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0808  ribosomal protein L31  56.92 
 
 
68 aa  94  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5137  50S ribosomal protein L31  58.57 
 
 
71 aa  93.6  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5136  ribosomal protein L31  61.76 
 
 
75 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0165  ribosomal protein L31  57.58 
 
 
92 aa  92.8  1e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0401  50S ribosomal protein L31  57.14 
 
 
72 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.584711 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0604  50S ribosomal protein L31P  54.29 
 
 
71 aa  92.8  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0378  50S ribosomal protein L31  55.71 
 
 
71 aa  92  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1042  50S ribosomal protein L31  52.31 
 
 
79 aa  89.7  1e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.601276  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2967  ribosomal protein L31  55.22 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000717812  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0971  50S ribosomal protein L31  52.31 
 
 
79 aa  89.7  1e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0122987  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0704  50S ribosomal protein L31  53.03 
 
 
75 aa  88.6  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0686  50S ribosomal protein L31  53.03 
 
 
75 aa  88.6  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2694  ribosomal protein L31  55.38 
 
 
69 aa  89  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000747794  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3932  ribosomal protein L31  57.58 
 
 
73 aa  89  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1504  50S ribosomal protein L31  57.58 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.063569  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1810  ribosomal protein L31  50 
 
 
74 aa  88.6  3e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.731859  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0640  50S ribosomal protein L31P  57.35 
 
 
86 aa  88.6  3e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.045358 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1655  50S ribosomal protein L31  59.09 
 
 
72 aa  88.6  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1256  ribosomal protein L31  57.58 
 
 
82 aa  87.8  4e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0693718  normal  0.0676561 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3375  ribosomal protein L31  55.22 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00476029  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1997  50S ribosomal protein L31  50 
 
 
72 aa  87  8e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285312  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0114  ribosomal protein L31  58.46 
 
 
139 aa  86.3  1e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.434874  normal  0.146385 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4149  ribosomal protein L31  57.58 
 
 
74 aa  86.3  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1910  ribosomal protein L31  56.06 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2381  ribosomal protein L31  53.73 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00476114  normal  0.0805503 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09910  LSU ribosomal protein L31P  56.06 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1060  ribosomal protein L31  57.58 
 
 
71 aa  84.7  4e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.431965  normal  0.787864 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0377  50S ribosomal protein L31  51.52 
 
 
66 aa  84.7  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171245  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4064  50S ribosomal protein L31  50 
 
 
65 aa  84.3  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000459753  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09270  ribosomal protein L31  55.38 
 
 
175 aa  84.3  5e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0668884 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04660  ribosomal protein L31  55.38 
 
 
144 aa  84.3  5e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000382809  hitchhiker  0.0000489926 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0733  50S ribosomal protein L31  50 
 
 
120 aa  84.3  6e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.243379  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1908  ribosomal protein L31  54.29 
 
 
75 aa  84  7e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.188174  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1026  50S ribosomal protein L31  53.85 
 
 
66 aa  83.2  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000398278  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1117  ribosomal protein L31  53.85 
 
 
153 aa  83.2  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000320944  hitchhiker  0.000000000000256974 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0724  50S ribosomal protein L31  50.77 
 
 
120 aa  82.8  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>