More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3960 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3960  ABC transporter, ATP-binding protein  100 
 
 
243 aa  496  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0674  ABC transporter related  98.35 
 
 
243 aa  487  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.120094  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3348  ABC transporter related  98.35 
 
 
243 aa  487  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00159492  normal  0.142579 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0673  ABC transporter related  98.35 
 
 
243 aa  487  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.207873  normal  0.0972351 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0687  ABC transporter related  97.12 
 
 
243 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000839172  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0708  ABC transporter related  97.12 
 
 
243 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.658002  normal  0.036415 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3667  ABC transporter related  97.12 
 
 
243 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00165948  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0717  ABC transporter related  97.12 
 
 
243 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.759015  normal  0.46231 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3376  ABC transporter related  91.77 
 
 
243 aa  456  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.681925  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0716  ABC transporter related  95.47 
 
 
243 aa  450  1.0000000000000001e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0818834  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3615  ABC transporter related  92.18 
 
 
243 aa  443  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0117606  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4239  ABC transporter related  90.12 
 
 
243 aa  431  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000891993 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3310  ABC transporter-related protein  90.12 
 
 
243 aa  432  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000131342  normal  0.806996 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0727  ABC transporter-related protein  89.3 
 
 
243 aa  427  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.12728 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3087  ABC transporter, ATP-binding protein  91.36 
 
 
243 aa  429  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187467  normal  0.113266 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0490  ABC transporter related  89.71 
 
 
243 aa  427  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.858965  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03192  ABC-type transport system ATPase component  79.08 
 
 
241 aa  395  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2108  ABC transporter, ATP-binding protein  78.15 
 
 
241 aa  386  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0567  ABC transporter related  78.24 
 
 
241 aa  385  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.714932  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002404  lipopolysaccharide ABC transporter ATP-binding protein LptB  76.89 
 
 
241 aa  380  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.052444  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4542  ABC transporter, ATP-binding protein  76.99 
 
 
246 aa  375  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.979233  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03663  hypothetical protein  76.47 
 
 
241 aa  376  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2891  ABC transporter ATP-binding protein  75.21 
 
 
241 aa  373  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.724805  normal  0.0929005 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3511  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  73.64 
 
 
241 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0499  ABC transport protein, ATP-binding component  73.53 
 
 
241 aa  368  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.3926  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4452  ABC transporter, ATP-binding protein  74.06 
 
 
241 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4146  ABC transporter  74.06 
 
 
241 aa  368  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3616  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  73.64 
 
 
241 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.238218 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3678  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  73.64 
 
 
241 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.156461 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3509  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  73.64 
 
 
241 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0282  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  73.64 
 
 
241 aa  369  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41598  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12800  LPS transport protein LptB  74.06 
 
 
241 aa  368  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3580  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  73.64 
 
 
241 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0275  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  73.64 
 
 
241 aa  369  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.314804  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4366  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  73.22 
 
 
241 aa  368  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.254909  normal  0.374938 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3814  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  72.8 
 
 
241 aa  365  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.188088  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3656  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  73.22 
 
 
241 aa  367  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.875085  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3637  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  73.22 
 
 
241 aa  367  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.671496  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1176  ABC transporter, ATP-binding protein  71.43 
 
 
241 aa  364  1e-100  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0871  ABC transporter related  73.53 
 
 
241 aa  363  1e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0818606  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4262  ABC transporter related  72.8 
 
 
241 aa  361  6e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0953  ABC transporter ATP-binding protein  72.38 
 
 
241 aa  360  1e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0858  ABC transporter-like  72.38 
 
 
241 aa  360  1e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320929  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0992  ABC transporter related  72.38 
 
 
241 aa  359  3e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0960  ABC transporter related  71.97 
 
 
241 aa  357  8e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57930  putative ATP-binding component of ABC transporter  71.97 
 
 
241 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03066  predicted transporter subunit: ATP-binding component of ABC superfamily  74.48 
 
 
241 aa  356  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00157983  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0506  ABC transporter related protein  74.48 
 
 
241 aa  356  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4523  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  74.48 
 
 
241 aa  356  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.939154  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03017  hypothetical protein  74.48 
 
 
241 aa  356  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00220423  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3497  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  74.48 
 
 
241 aa  356  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3569  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  74.48 
 
 
241 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.863605  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0499  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  74.48 
 
 
241 aa  356  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.406255  normal  0.571058 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3394  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  74.48 
 
 
241 aa  356  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5034  ABC transporter ATP-binding protein  71.55 
 
 
241 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268647  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3689  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  74.06 
 
 
241 aa  354  5e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1152  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  74.48 
 
 
241 aa  349  2e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0442  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  74.48 
 
 
241 aa  349  2e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0506  putative ABC transporter ATP-binding protein YhbG  74.48 
 
 
241 aa  349  2e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.503338  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2225  ABC transporter related  69.14 
 
 
259 aa  347  7e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0898  hypothetical protein  69.33 
 
 
241 aa  345  3e-94  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0867  hypothetical protein  69.33 
 
 
241 aa  345  3e-94  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3178  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  69.33 
 
 
241 aa  344  7e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1206  ABC transporter, ATP-binding protein  67.65 
 
 
249 aa  344  8.999999999999999e-94  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0759  LPS ABC transporter ATP-binding protein  67.65 
 
 
249 aa  344  8.999999999999999e-94  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2229  ABC transporter related  68.07 
 
 
241 aa  342  2e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1488  ABC transporter related  68.07 
 
 
265 aa  341  7e-93  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.123846  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0926  putative ABC transporter, ATPase subunit  68.49 
 
 
265 aa  340  1e-92  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.617438  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2714  ABC transporter related  71.97 
 
 
241 aa  338  4e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2417  ABC transporter related  70.17 
 
 
241 aa  335  2.9999999999999997e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0204694 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0727  ABC transporter related  65.97 
 
 
241 aa  331  7.000000000000001e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0826  ABC transporter related  68.24 
 
 
271 aa  330  1e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0752  ABC transporter related protein  65.7 
 
 
247 aa  328  5.0000000000000004e-89  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.306795  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2792  ABC transporter, ATPase subunit  65.13 
 
 
241 aa  327  1.0000000000000001e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.26307  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0085  ABC transporter related  65.97 
 
 
268 aa  323  1e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.329192  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4150  ABC transporter related  65.13 
 
 
244 aa  322  4e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2125  ABC transporter related  63.33 
 
 
241 aa  320  9.999999999999999e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0673  ABC transporter related  63.52 
 
 
262 aa  319  1.9999999999999998e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125229  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0955  ABC transporter related  62.61 
 
 
239 aa  316  2e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.236183 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3709  ABC transporter related  63.52 
 
 
265 aa  313  9.999999999999999e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.320955  normal  0.158224 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0141  ABC transporter related  62.18 
 
 
240 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.911941  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4486  ABC transporter related  63.37 
 
 
268 aa  313  1.9999999999999998e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.152694 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0465  ABC transporter related  61.13 
 
 
264 aa  312  2.9999999999999996e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.15337  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0418  ABC transporter-related protein  61.32 
 
 
263 aa  311  5.999999999999999e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.757416  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2176  ABC transporter related  61.13 
 
 
258 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02228  ABC transporter ATP-binding protein  63.87 
 
 
239 aa  311  5.999999999999999e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.622323  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2801  ABC transporter related  61.13 
 
 
258 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.312589 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2790  ABC transporter related  61.13 
 
 
258 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.015078  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6120  ABC transporter, ATPase subunit  61.13 
 
 
258 aa  310  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668552  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0577  ABC transporter related  61.32 
 
 
256 aa  310  2e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4121  ABC transporter, ATPase subunit  61.54 
 
 
261 aa  310  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3107  ABC transporter, ATP-binding protein  61.13 
 
 
258 aa  308  4e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1515  ABC transporter, ATP-binding protein  61.13 
 
 
258 aa  308  4e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0766  ABC transporter system, ATP-binding protein  61.13 
 
 
258 aa  308  4e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.857207  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0598  ABC transporter, ATP-binding protein  61.13 
 
 
258 aa  308  4e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0075  ABC transporter, ATP-binding protein  61.13 
 
 
258 aa  308  4e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2943  ABC transporter, ATP-binding protein  61.13 
 
 
258 aa  308  4e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0582  ABC transporter, ATP-binding protein  61.13 
 
 
258 aa  308  4e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0597  ABC transporter related  60.73 
 
 
261 aa  308  5e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0435549 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0327  ABC transporter related  60.73 
 
 
260 aa  308  5e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.945249  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>