228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3815 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3815  putative nucleotide-binding protein  100 
 
 
161 aa  325  2.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3156  putative nucleotide-binding protein  98.76 
 
 
161 aa  321  3e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0811  putative nucleotide-binding protein  98.76 
 
 
161 aa  321  3e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0782  putative nucleotide-binding protein  98.14 
 
 
161 aa  320  5e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0499744  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0818  putative nucleotide-binding protein  92.55 
 
 
161 aa  308  2e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3443  putative nucleotide-binding protein  82.61 
 
 
161 aa  280  4.0000000000000003e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000233798  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3646  putative nucleotide-binding protein  81.37 
 
 
161 aa  270  5.000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.507653  normal  0.0694826 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3114  putative nucleotide-binding protein  79.5 
 
 
161 aa  270  5.000000000000001e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.941773  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3601  putative nucleotide-binding protein  77.64 
 
 
161 aa  269  1e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3532  putative nucleotide-binding protein  77.64 
 
 
161 aa  269  1e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000707458 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3724  putative nucleotide-binding protein  77.64 
 
 
161 aa  269  1e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0710  putative nucleotide-binding protein  77.64 
 
 
161 aa  269  1e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0770  putative nucleotide-binding protein  75.78 
 
 
161 aa  258  2e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000279998  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0732  putative nucleotide-binding protein  75.78 
 
 
161 aa  255  2e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2893  putative nucleotide-binding protein  72.05 
 
 
161 aa  255  2e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2557  putative nucleotide-binding protein  70.19 
 
 
161 aa  246  9e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.317915 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3067  putative nucleotide-binding protein  62.58 
 
 
163 aa  211  2.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3104  putative nucleotide-binding protein  62.58 
 
 
163 aa  211  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3247  putative nucleotide-binding protein  62.58 
 
 
163 aa  211  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3079  putative nucleotide-binding protein  61.35 
 
 
163 aa  210  4.9999999999999996e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.421568  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0533  putative nucleotide-binding protein  65.84 
 
 
160 aa  210  4.9999999999999996e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2888  putative nucleotide-binding protein  61.35 
 
 
163 aa  209  9e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1084  putative nucleotide-binding protein  62.58 
 
 
163 aa  208  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.235952  hitchhiker  0.00000304548 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00374  nucleotide-binding protein  62.58 
 
 
163 aa  206  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3183  protein of unknown function DUF520  62.58 
 
 
163 aa  206  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.387868  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0498  putative nucleotide-binding protein  62.58 
 
 
163 aa  206  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1115  putative nucleotide-binding protein  62.73 
 
 
160 aa  206  1e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0458  putative nucleotide-binding protein  62.58 
 
 
163 aa  206  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00378  hypothetical protein  62.58 
 
 
163 aa  206  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0348  putative nucleotide-binding protein  62.58 
 
 
163 aa  206  1e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3207  putative nucleotide-binding protein  62.58 
 
 
163 aa  206  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000536011 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0462  putative nucleotide-binding protein  62.58 
 
 
163 aa  206  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1036  putative nucleotide-binding protein  61.35 
 
 
163 aa  206  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.448426  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0510  putative nucleotide-binding protein  62.58 
 
 
163 aa  206  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781965  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0893  putative nucleotide-binding protein  61.35 
 
 
163 aa  205  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3275  putative nucleotide-binding protein  59.51 
 
 
163 aa  204  3e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0537  putative nucleotide-binding protein  60.12 
 
 
163 aa  204  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.323651  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0482  putative nucleotide-binding protein  60.12 
 
 
163 aa  203  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.101201 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0474  putative nucleotide-binding protein  60.12 
 
 
163 aa  203  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0495  putative nucleotide-binding protein  60.12 
 
 
163 aa  203  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0476  putative nucleotide-binding protein  60.12 
 
 
163 aa  203  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1728  putative nucleotide-binding protein  62.11 
 
 
160 aa  201  3e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.499513  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04099  nucleotide-binding protein  59.63 
 
 
160 aa  200  8e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003420  protein yajQ  60.25 
 
 
160 aa  199  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.424393  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0688  putative nucleotide-binding protein  57.06 
 
 
163 aa  199  9.999999999999999e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.067831  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02358  putative nucleotide-binding protein  57.14 
 
 
160 aa  194  4.0000000000000005e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4311  putative nucleotide-binding protein  59.26 
 
 
160 aa  190  8e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.57751  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1169  putative nucleotide-binding protein  55.9 
 
 
161 aa  189  1e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1175  putative nucleotide-binding protein  55.9 
 
 
161 aa  189  1e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1098  putative nucleotide-binding protein  57.76 
 
 
160 aa  188  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.157658  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2261  putative nucleotide-binding protein  54.66 
 
 
160 aa  182  2.0000000000000003e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.299234  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2585  putative nucleotide-binding protein  53.42 
 
 
160 aa  174  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0358565  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4966  putative nucleotide-binding protein  54.66 
 
 
159 aa  169  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57130  putative nucleotide-binding protein  54.04 
 
 
159 aa  169  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13410  putative nucleotide-binding protein  52.17 
 
 
159 aa  167  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0939  putative nucleotide-binding protein  52.17 
 
 
159 aa  167  7e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911761  normal  0.507719 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1196  putative nucleotide-binding protein  50.93 
 
 
160 aa  166  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.699154  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4781  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
161 aa  165  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0520927  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2826  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
161 aa  165  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.931729 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2549  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
161 aa  164  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2420  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
161 aa  164  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2603  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
161 aa  161  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2474  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
161 aa  160  7e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0278079 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2033  hypothetical protein  53.09 
 
 
161 aa  160  7e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0730  putative nucleotide-binding protein  49.69 
 
 
161 aa  159  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5887  putative nucleotide-binding protein  49.69 
 
 
161 aa  159  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0373  putative nucleotide-binding protein  49.07 
 
 
161 aa  158  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1071  putative nucleotide-binding protein  49.07 
 
 
161 aa  158  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0673  putative nucleotide-binding protein  49.07 
 
 
161 aa  158  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2508  putative nucleotide-binding protein  49.07 
 
 
161 aa  158  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0915  putative nucleotide-binding protein  49.07 
 
 
161 aa  158  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.885973  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0919  putative nucleotide-binding protein  49.07 
 
 
161 aa  158  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0122  putative nucleotide-binding protein  49.07 
 
 
161 aa  158  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4087  putative nucleotide-binding protein  47.83 
 
 
159 aa  157  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.568883  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0203  putative nucleotide-binding protein  46.58 
 
 
160 aa  158  4e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1993  putative nucleotide-binding protein  46.58 
 
 
160 aa  158  4e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0973999  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1670  putative nucleotide-binding protein  47.2 
 
 
161 aa  157  5e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.502764  normal  0.473324 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4393  hypothetical protein  47.83 
 
 
159 aa  156  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4421  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
161 aa  156  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.425503  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1902  putative nucleotide-binding protein  48.77 
 
 
161 aa  156  1e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2899  putative nucleotide-binding protein  49.07 
 
 
161 aa  156  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.645323 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1044  putative nucleotide-binding protein  47.83 
 
 
161 aa  155  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0318  protein of unknown function DUF520  46.58 
 
 
161 aa  155  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1854  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
161 aa  155  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1846  putative nucleotide-binding protein  49.69 
 
 
161 aa  155  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2240  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
161 aa  155  3e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.065474  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0754  putative nucleotide-binding protein  46.58 
 
 
161 aa  154  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0290  hypothetical protein  46.58 
 
 
161 aa  154  4e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2760  putative nucleotide-binding protein  47.83 
 
 
161 aa  154  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2750  putative nucleotide-binding protein  49.69 
 
 
161 aa  154  5.0000000000000005e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821102  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4497  putative nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
161 aa  154  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253922  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3208  putative nucleotide-binding protein  46.58 
 
 
161 aa  153  8e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.361555  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1352  putative nucleotide-binding protein  47.85 
 
 
161 aa  153  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154119  normal  0.12708 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4372  putative nucleotide-binding protein  47.85 
 
 
161 aa  153  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0514431 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1242  hypothetical protein  50.62 
 
 
168 aa  152  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.1131 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0959  putative nucleotide-binding protein  47.24 
 
 
161 aa  153  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2177  putative nucleotide-binding protein  45.34 
 
 
161 aa  152  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.946938  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3464  putative nucleotide-binding protein  47.83 
 
 
161 aa  152  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.32342  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1469  protein of unknown function DUF520  48.1 
 
 
164 aa  151  2.9999999999999998e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0438378  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2692  putative nucleotide-binding protein  47.83 
 
 
161 aa  151  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>