More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3740 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01572  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  73.59 
 
 
510 aa  749    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2040  NAD(P) transhydrogenase, alpha subunit  73.59 
 
 
510 aa  749    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0791488  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1862  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  72.02 
 
 
509 aa  727    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0952  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  92.52 
 
 
508 aa  937    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3065  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  92.5 
 
 
508 aa  934    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000358371  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0566  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  67.64 
 
 
514 aa  652    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0943  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  92.52 
 
 
508 aa  937    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1783  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  66.93 
 
 
509 aa  681    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000126  NAD(P) transhydrogenase alpha subunit  71.29 
 
 
518 aa  701    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.183486  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3740  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  100 
 
 
508 aa  1027    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1830  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  71.37 
 
 
508 aa  682    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2296  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  71.76 
 
 
508 aa  686    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.630039  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1579  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  72.02 
 
 
509 aa  735    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00582835  normal  0.12853 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2313  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  73.4 
 
 
528 aa  751    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.530452  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2831  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  68.02 
 
 
514 aa  674    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0117587 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1861  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  70.45 
 
 
509 aa  669    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.882391  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0497  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  72.43 
 
 
512 aa  714    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000307865  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1677  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  73.59 
 
 
510 aa  749    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.756616  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2078  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  70.06 
 
 
509 aa  665    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.450146  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1695  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  72.02 
 
 
509 aa  726    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000435581  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1849  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  71.96 
 
 
509 aa  681    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.269464  normal  0.520422 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2585  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  71.62 
 
 
509 aa  675    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2401  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  70.84 
 
 
509 aa  679    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.183241  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1596  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  73.79 
 
 
510 aa  751    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0118636  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0918  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  92.52 
 
 
508 aa  937    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1941  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  71.37 
 
 
508 aa  682    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.279154  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2108  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  70.9 
 
 
509 aa  684    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.096772  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0931  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  80.69 
 
 
518 aa  820    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.867027  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3417  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  92.52 
 
 
508 aa  937    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.642458  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1756  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  67.05 
 
 
514 aa  658    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.814968  normal  0.67864 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0623  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  71.68 
 
 
518 aa  707    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1588  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  72.02 
 
 
509 aa  727    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00820471  normal  0.701407 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05733  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  71.87 
 
 
518 aa  703    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1789  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  73.79 
 
 
510 aa  751    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.334141  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0232  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  71.18 
 
 
510 aa  734    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.965834  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3081  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  95.67 
 
 
508 aa  950    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0891  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  96.06 
 
 
508 aa  955    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.210446  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3194  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  84.87 
 
 
509 aa  873    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.70371  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01562  hypothetical protein  73.59 
 
 
510 aa  749    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2027  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  73.59 
 
 
510 aa  749    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.788341  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1810  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  73.98 
 
 
510 aa  759    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.183733  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1647  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  72.02 
 
 
509 aa  726    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0854  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  96.46 
 
 
508 aa  925    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00327911  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2840  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  87.01 
 
 
508 aa  884    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0262  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  59.35 
 
 
522 aa  609  1e-173  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2277  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  58.67 
 
 
524 aa  597  1e-169  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.317985 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2119  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  60.57 
 
 
520 aa  597  1e-169  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000319763  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0110  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  62.99 
 
 
507 aa  584  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.196213 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0101  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  62.99 
 
 
507 aa  584  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.191096  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0091  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  62.99 
 
 
507 aa  584  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.184223 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2768  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  57.06 
 
 
512 aa  579  1e-164  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0547  NAD(P) transhydrogenase, alpha subunit  61.99 
 
 
511 aa  580  1e-164  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2492  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  56.79 
 
 
523 aa  578  1e-164  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0726  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  63.11 
 
 
515 aa  575  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0240  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  55.36 
 
 
523 aa  565  1e-160  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.986239  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1883  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  55.56 
 
 
523 aa  565  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1582  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  55.94 
 
 
523 aa  565  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.154994  normal  0.540777 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1233  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  55.36 
 
 
538 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.111376 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3282  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  56.02 
 
 
524 aa  563  1.0000000000000001e-159  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2174  NAD(P) transhydrogenase, alpha subunit  57.62 
 
 
513 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0277505  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0120  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  63.99 
 
 
510 aa  560  1e-158  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.301316  normal  0.936672 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3900  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  55.36 
 
 
525 aa  553  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1814  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  61.17 
 
 
518 aa  550  1e-155  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.493223  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4667  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  58.19 
 
 
518 aa  544  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4048  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  54.11 
 
 
524 aa  536  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2246  NAD(P) transhydrogenase, alpha subunit  53.9 
 
 
523 aa  533  1e-150  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0708  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  55.83 
 
 
524 aa  532  1e-150  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.368704  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0191  NAD(P) transhydrogenase, alpha subunit  57.37 
 
 
508 aa  529  1e-149  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.553689  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1396  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  58 
 
 
532 aa  526  1e-148  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.843319 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1653  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  55.01 
 
 
529 aa  524  1e-147  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.46455  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07820  NAD(P) transhydrogenase, alpha subunit  52.88 
 
 
519 aa  523  1e-147  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.508732 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5542  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  55.53 
 
 
533 aa  523  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1076  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  53.56 
 
 
518 aa  519  1e-146  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1722  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  60.04 
 
 
517 aa  520  1e-146  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0372125 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5778  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  55.53 
 
 
543 aa  520  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809454  normal  0.480508 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0260  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  57.69 
 
 
494 aa  517  1.0000000000000001e-145  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3754  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  54.27 
 
 
549 aa  510  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24210  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  53.82 
 
 
511 aa  508  9.999999999999999e-143  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7228  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  53.96 
 
 
530 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.13452 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0903  NAD(P) transhydrogenase, alpha subunit  52.4 
 
 
518 aa  492  9.999999999999999e-139  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2265  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  51.83 
 
 
517 aa  467  9.999999999999999e-131  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.24376  normal  0.39241 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2783  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  48.7 
 
 
538 aa  456  1e-127  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00158107 
 
 
-
 
NC_011693  PHATRDRAFT_23552  predicted protein  49.22 
 
 
1060 aa  432  1e-120  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10581  predicted protein  45.07 
 
 
533 aa  427  1e-118  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_25840  predicted protein  46.03 
 
 
1128 aa  425  1e-118  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.908694  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2547  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  48.92 
 
 
376 aa  327  3e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1415  NAD(P)(+) transhydrogenase (AB-specific)  46.22 
 
 
374 aa  322  9.000000000000001e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.284122  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1948  NAD(P)(+) transhydrogenase (AB-specific)  46.92 
 
 
387 aa  321  1.9999999999999998e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00412629 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1435  NAD(P)(+) transhydrogenase (AB-specific)  45.41 
 
 
374 aa  320  3e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2058  NAD(P)(+) transhydrogenase (AB-specific)  45.7 
 
 
377 aa  320  3.9999999999999996e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000804749 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4662  NAD(P)(+) transhydrogenase (AB-specific)  46.49 
 
 
375 aa  320  5e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.320947  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2183  NAD(P)(+) transhydrogenase (AB-specific)  45.5 
 
 
384 aa  319  7e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219825  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5016  alanine dehydrogenase/PNT  46.9 
 
 
373 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.803102  normal  0.173751 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0995  alanine dehydrogenase/PNT  47.03 
 
 
376 aa  315  9.999999999999999e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5070  NAD(P)(+) transhydrogenase (AB-specific)  45.82 
 
 
373 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0853824  hitchhiker  0.00742692 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0173  NAD(P)(+) transhydrogenase (AB-specific)  45.82 
 
 
373 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0175  NAD(P)(+) transhydrogenase (AB-specific)  45.55 
 
 
373 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0891  NAD(P)(+) transhydrogenase (AB-specific)  46.09 
 
 
378 aa  310  4e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0861705  normal  0.306467 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6858  nicotinamide nucleotide transhydrogenase, subunit alpha1  46.22 
 
 
375 aa  309  5.9999999999999995e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1151  NAD(P)(+) transhydrogenase (AB-specific)  45.84 
 
 
375 aa  309  8e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.325327  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>