170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3640 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3640  ApaG  100 
 
 
126 aa  259  6e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3210  ApaG  94.44 
 
 
126 aa  247  5e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.664218  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0988  ApaG  94.44 
 
 
126 aa  245  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.233116  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0976  ApaG  93.65 
 
 
126 aa  244  3e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.13666  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1045  ApaG  93.65 
 
 
126 aa  244  3e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.102627  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3314  ApaG  93.65 
 
 
126 aa  244  3e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0904  ApaG  92.86 
 
 
126 aa  244  4e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.764534  normal  0.43881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3116  ApaG  92.06 
 
 
126 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1078  ApaG  92.86 
 
 
126 aa  242  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.804618  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0878  ApaG  71.43 
 
 
126 aa  191  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2820  ApaG  71.43 
 
 
128 aa  191  4e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.841755 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1013  ApaG  69.84 
 
 
126 aa  185  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.156243  hitchhiker  0.00045551 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0963  ApaG  66.67 
 
 
126 aa  181  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3080  ApaG  62.7 
 
 
126 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0861  ApaG  61.9 
 
 
126 aa  167  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2889  ApaG  57.14 
 
 
126 aa  148  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.203189  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4014  ApaG  53.97 
 
 
126 aa  145  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5136  ApaG  53.17 
 
 
126 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0420  ApaG domain protein  54.78 
 
 
211 aa  142  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.416529 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001666  ApaG protein  50.79 
 
 
126 aa  142  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2860  ApaG  52.5 
 
 
126 aa  139  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00242464  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0735  ApaG  52.38 
 
 
126 aa  138  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2722  ApaG domain protein  53.28 
 
 
129 aa  137  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1346  ApaG  50.74 
 
 
142 aa  137  7e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.637296  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07710  ApaG  52.38 
 
 
126 aa  136  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0202441 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0736  ApaG  53.66 
 
 
123 aa  135  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0723  ApaG  52.1 
 
 
125 aa  134  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.854022 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0400  ApaG  49.21 
 
 
126 aa  133  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0434  ApaG  49.21 
 
 
126 aa  133  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292503  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4802  ApaG  49.21 
 
 
126 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.897217  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1982  ApaG domain protein  50.82 
 
 
130 aa  133  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.78252  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0098  ApaG  52.85 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.267128  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0094  ApaG  52.85 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237472  normal  0.301698 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3574  ApaG  49.58 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0100  ApaG  52.85 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.819852  normal  0.574462 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0095  ApaG  52.85 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0093  ApaG  52.85 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.574173 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3445  ApaG  49.58 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.310149  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0431  ApaG  49.21 
 
 
126 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.425394  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0550  apaG protein  49.21 
 
 
126 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.589067  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3484  ApaG  52.03 
 
 
127 aa  132  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.526547  normal  0.166283 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0601  ApaG  50.42 
 
 
125 aa  132  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0773  ApaG  49.58 
 
 
125 aa  132  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0328045  normal  0.124499 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3833  ApaG  48.74 
 
 
125 aa  131  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0562  ApaG  49.58 
 
 
125 aa  131  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4628  ApaG  49.58 
 
 
133 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0222  ApaG  50.83 
 
 
128 aa  130  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.954602  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00054  hypothetical protein  52.03 
 
 
125 aa  130  5e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.641296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3549  ApaG domain protein  52.03 
 
 
125 aa  130  5e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0044  ApaG  52.03 
 
 
125 aa  130  5e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.271562  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0056  ApaG  52.03 
 
 
125 aa  130  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0915002  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00053  hypothetical protein  52.03 
 
 
125 aa  130  5e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.456951  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3605  ApaG  52.03 
 
 
125 aa  130  5e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00118033 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0054  ApaG  52.03 
 
 
125 aa  130  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.496379 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3413  ApaG  50.42 
 
 
127 aa  130  5e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.329551  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0056  ApaG  52.03 
 
 
125 aa  130  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0054  ApaG  52.03 
 
 
125 aa  130  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00391573  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00807  ApaG  47.62 
 
 
126 aa  130  6e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3636  ApaG  48.74 
 
 
125 aa  129  9e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2359  ApaG domain protein  52.1 
 
 
127 aa  129  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.342277  hitchhiker  0.000000000770969 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0599  ApaG  49.58 
 
 
125 aa  129  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.121399  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2738  apaG protein  52.1 
 
 
127 aa  129  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2335  ApaG  50.42 
 
 
126 aa  129  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1050  ApaG  47.06 
 
 
124 aa  128  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0328783  normal  0.737772 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46840  ApaG  47.62 
 
 
126 aa  127  7.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2231  ApaG  49.58 
 
 
127 aa  126  9.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.340232  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0667  ApaG  49.17 
 
 
135 aa  126  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0130  ApaG  47.97 
 
 
130 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.431164 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2636  ApaG  48.33 
 
 
127 aa  124  3e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0179  ApaG  47.58 
 
 
130 aa  121  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386018  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5255  ApaG  47.5 
 
 
130 aa  121  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.178875  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2878  ApaG  47.06 
 
 
124 aa  120  6e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.289279  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0437  ApaG  50.89 
 
 
136 aa  120  6e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.30268 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3661  ApaG  51.82 
 
 
142 aa  120  7e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0189  ApaG  46.77 
 
 
130 aa  120  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.57181  normal  0.332972 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0493  ApaG  48.21 
 
 
131 aa  119  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0470  ApaG  45 
 
 
130 aa  119  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.327059 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0536  ApaG  48.72 
 
 
124 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.680201  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3571  ApaG  48.72 
 
 
185 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.458352  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2906  ApaG  48.72 
 
 
185 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.809331  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0641  ApaG  48.72 
 
 
124 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0937  ApaG  48.72 
 
 
124 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3552  ApaG  48.72 
 
 
124 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.144794  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3579  ApaG  48.72 
 
 
124 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1907  ApaG  48.72 
 
 
124 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0531  ApaG  48.21 
 
 
130 aa  118  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2857  ApaG  49.57 
 
 
124 aa  118  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.93069  normal  0.818828 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4031  ApaG  45.6 
 
 
125 aa  117  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00953692  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0787  ApaG  46.67 
 
 
145 aa  117  6e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.539898  normal  0.0936673 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2372  ApaG  47.06 
 
 
127 aa  117  7.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2755  ApaG  46.22 
 
 
124 aa  116  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.263263  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3120  ApaG  46.22 
 
 
124 aa  116  9e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.802006  normal  0.119699 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3624  ApaG  47.86 
 
 
124 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.815881 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0898  ApaG  45.83 
 
 
140 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2568  ApaG  47.86 
 
 
124 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0442  ApaG  47.86 
 
 
124 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0537  ApaG  47.86 
 
 
124 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.371391  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0543  ApaG  44.26 
 
 
130 aa  116  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0466  ApaG  47.86 
 
 
147 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.357414  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1289  ApaG  46.28 
 
 
127 aa  115  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>