More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2160 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0965  ISSod2, transposase OrfB  100 
 
 
271 aa  570  1e-161  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2160  ISSod2, transposase OrfB  100 
 
 
271 aa  570  1e-161  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4269  ISSod2, transposase OrfB  100 
 
 
271 aa  570  1e-161  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3442  integrase catalytic subunit  64.73 
 
 
266 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.702285 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4025  integrase catalytic subunit  65.5 
 
 
266 aa  364  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0618  ISxcd1 transposase  63.57 
 
 
266 aa  359  3e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3364  ISxcd1 transposase  63.57 
 
 
266 aa  359  3e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2857  integrase catalytic subunit  59.55 
 
 
275 aa  349  3e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000284719  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3960  integrase catalytic subunit  59.55 
 
 
275 aa  349  3e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2711  transposase IS3/IS911 family protein  58.56 
 
 
362 aa  340  1e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.155615  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0657  transposase IS3/IS911 family protein  58.56 
 
 
362 aa  340  1e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2735  transposase IS3/IS911 family protein  58.56 
 
 
362 aa  340  1e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3953  integrase catalytic subunit  60.08 
 
 
265 aa  332  3e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4053  integrase catalytic subunit  60.08 
 
 
265 aa  332  3e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0400  integrase catalytic subunit  59.69 
 
 
265 aa  332  5e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1620  ISMca4, transposase, OrfAB  57.3 
 
 
362 aa  328  6e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2689  prophage LambdaMc01, ISMca4, transposase, OrfAB  57.3 
 
 
362 aa  328  6e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0539833  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1778  transposase OrfB  57.2 
 
 
288 aa  328  6e-89  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0823  ISMca4, transposase, OrfAB  57.3 
 
 
362 aa  328  7e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.586582  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3451  integrase catalytic subunit  61.09 
 
 
248 aa  324  1e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000348389  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0637  transposase OrfB  57.92 
 
 
249 aa  311  1e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.417638 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0640  transposase OrfB  57.92 
 
 
249 aa  311  1e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.263209 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0849  transposase OrfB  57.92 
 
 
249 aa  311  1e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.553346 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2897  ISxcd1 transposase  64.5 
 
 
209 aa  293  3e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3762  ISxcd1 transposase  57.29 
 
 
192 aa  237  1e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2602  integrase catalytic subunit  45.25 
 
 
282 aa  237  1e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.323138 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1079  hypothetical protein  44.19 
 
 
281 aa  235  5.0000000000000005e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0800  hypothetical protein  44.44 
 
 
281 aa  232  4.0000000000000004e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1262  Integrase catalytic region  45.93 
 
 
262 aa  232  5e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.632188  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0432  Integrase catalytic region  46.34 
 
 
262 aa  231  6e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0274  Integrase catalytic region  46.34 
 
 
262 aa  231  6e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2354  Integrase catalytic region  46.34 
 
 
262 aa  231  6e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1289  Integrase catalytic region  47.18 
 
 
270 aa  231  1e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2192  Integrase catalytic region  47.18 
 
 
270 aa  231  1e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2229  Integrase catalytic region  46.34 
 
 
262 aa  231  1e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1236  Integrase catalytic region  47.18 
 
 
270 aa  231  1e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0944  Integrase catalytic region  45.93 
 
 
262 aa  229  3e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1971  hypothetical protein  48.57 
 
 
270 aa  229  5e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4320  integrase catalytic subunit  45.16 
 
 
264 aa  228  1e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3784  integrase catalytic subunit  45.17 
 
 
270 aa  226  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0638  integrase catalytic subunit  43.68 
 
 
272 aa  224  1e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1472  integrase catalytic subunit  47.48 
 
 
242 aa  223  3e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.773509  normal  0.0414542 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1504  integrase catalytic subunit  47.48 
 
 
242 aa  223  3e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1944  integrase catalytic subunit  47.48 
 
 
242 aa  223  3e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1492  integrase catalytic subunit  47.48 
 
 
242 aa  223  3e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.275235 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0882  Integrase catalytic region  44.02 
 
 
273 aa  217  1e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00798706  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1935  Integrase catalytic region  44.02 
 
 
273 aa  217  1e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.214257 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2314  Integrase catalytic region  44.02 
 
 
273 aa  217  1e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3123  Integrase catalytic region  44.02 
 
 
273 aa  217  1e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.266694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0526  Integrase catalytic region  44.02 
 
 
273 aa  217  1e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.881948  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3765  hypothetical protein  58.39 
 
 
492 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1413  integrase catalytic subunit  58.39 
 
 
399 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3471  hypothetical protein  58.39 
 
 
338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.139394 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1138  Integrase catalytic region  43.24 
 
 
273 aa  207  1e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0377026  hitchhiker  0.000000017757 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4808  transposase B  52.13 
 
 
207 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02902  Integrase, catalytic region  40.38 
 
 
267 aa  204  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1801  hypothetical protein  62.03 
 
 
282 aa  203  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3342  hypothetical protein  44.3 
 
 
254 aa  203  3e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3068  transposase B  51.6 
 
 
207 aa  202  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5979  transposase IS3/IS911 family protein  41.44 
 
 
370 aa  200  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3513  transposase IS3/IS911 family protein  41.44 
 
 
370 aa  200  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3491  transposase IS3/IS911 family protein  41.44 
 
 
370 aa  200  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.841443  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3517  transposase IS3/IS911 family protein  41.44 
 
 
370 aa  200  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.148961  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6345  transposase IS3/IS911 family protein  41.44 
 
 
370 aa  200  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4211  transposase IS3/IS911 family protein  41.44 
 
 
370 aa  200  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122928  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1392  transposase IS3/IS911 family protein  41.44 
 
 
370 aa  200  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7691  integrase catalytic subunit  36.16 
 
 
312 aa  170  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02391  ISXoo3 transposase ORF B  35.79 
 
 
281 aa  169  3e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.555401  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0558  ISRSO16-transposase ORFB protein  38.06 
 
 
280 aa  168  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03601  ISXoo3 transposase ORF B  35.42 
 
 
281 aa  167  2e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.332143  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04437  ISXoo3 transposase ORF B  34.69 
 
 
281 aa  166  4e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2130  integrase catalytic subunit  56.25 
 
 
134 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.590347 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04192  ISXoo3 transposase ORF B  35.06 
 
 
281 aa  166  4e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4336  integrase catalytic region  36.12 
 
 
309 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.139423  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4529  integrase catalytic region  36.12 
 
 
309 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4683  integrase catalytic region  36.12 
 
 
309 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55060  hypothetical protein  36.33 
 
 
280 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000896639  unclonable  2.5426499999999997e-21 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03932  ISXoo3 transposase ORF B  35.42 
 
 
281 aa  163  3e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4005  integrase catalytic region  34.46 
 
 
284 aa  162  4.0000000000000004e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.5936 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06055  integrase core domain protein  35.06 
 
 
281 aa  161  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.130337  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03997  ISXoo3 transposase ORF B  35.86 
 
 
281 aa  161  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02941  ISXoo3 transposase ORF B  35.06 
 
 
281 aa  161  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0359782  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03170  hypothetical protein  36.51 
 
 
279 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000150794  hitchhiker  0.00000000404269 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02652  ISXoo3 transposase ORF B  33.95 
 
 
281 aa  159  7e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05623  transposase  36.13 
 
 
305 aa  158  8e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1303  transposase  36.13 
 
 
305 aa  158  8e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04310  ISXoo3 transposase ORF B  33.95 
 
 
281 aa  158  1e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0926  integrase catalytic region  33.98 
 
 
269 aa  157  2e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4719  integrase catalytic region  36.78 
 
 
277 aa  156  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.557613  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3126  integrase catalytic subunit  35.57 
 
 
265 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3247  integrase catalytic subunit  35.57 
 
 
265 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00558432  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3535  integrase catalytic subunit  35.57 
 
 
265 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.323423  normal  0.557897 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2970  integrase catalytic subunit  35.57 
 
 
265 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0996434 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2860  integrase catalytic region  35.96 
 
 
309 aa  155  8e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4852  integrase catalytic region  34.68 
 
 
260 aa  155  8e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0318827 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6506  integrase catalytic region  35.96 
 
 
309 aa  155  8e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2087  IS407A, transposase OrfB  36.36 
 
 
277 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.879853  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2425  integrase catalytic subunit  33.06 
 
 
276 aa  154  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.043442  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0138  integrase catalytic subunit  35.54 
 
 
276 aa  154  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1484  integrase catalytic subunit  35.54 
 
 
276 aa  154  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>