139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1872 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1872  putative lipoprotein  100 
 
 		 1422 aa  2840    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0110  putative lipoprotein  60.97 
 
 		 1408 aa  1627    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0112  putative lipoprotein  61.08 
 
 		 1410 aa  1585    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0115  putative lipoprotein  61.08 
 
 		 1410 aa  1585    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2564  PKD domain-containing protein  53.03 
 
 		 1107 aa  312  2.9999999999999997e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.543991 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0622  hypothetical protein  48.97 
 
 		 1108 aa  279  3e-73  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1401  hypothetical protein  32.71 
 
 		 524 aa  157  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3072  hypothetical protein  30.93 
 
 		 526 aa  154  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.80252  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2974  hypothetical protein  30.24 
 
 		 576 aa  152  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2878  hypothetical protein  30.59 
 
 		 576 aa  150  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2795  hypothetical protein  31.25 
 
 		 576 aa  149  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1207  hypothetical protein  30.88 
 
 		 533 aa  149  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1752  proprotein convertase, P  26.55 
 
 		 1367 aa  140  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1574  hypothetical protein  30.57 
 
 		 501 aa  131  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0105  VCBS  27.61 
 
 		 1597 aa  129  5e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00289742  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1556  hypothetical protein  32.41 
 
 		 826 aa  126  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253387  normal  0.486048 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3474  hypothetical protein  28.18 
 
 		 478 aa  119  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0649  hypothetical protein  30.85 
 
 		 478 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.30778 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3304  hypothetical protein  27.62 
 
 		 478 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3177  hypothetical protein  28.29 
 
 		 480 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1167  putative outer membrane adhesin like proteiin  26.79 
 
 		 1884 aa  111  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3646  hypothetical protein  30.96 
 
 		 480 aa  110  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0151062  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3578  hypothetical protein  30.96 
 
 		 480 aa  110  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0661  hypothetical protein  33.2 
 
 		 480 aa  110  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0813  hypothetical protein  32.8 
 
 		 480 aa  108  6e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3769  hypothetical protein  32.4 
 
 		 480 aa  108  6e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1922  regulator of chromosome condensation RCC1  29.96 
 
 		 1222 aa  107  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00199148  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3622  conserved repeat domain protein  27.05 
 
 		 4978 aa  103  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000013093 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3063  VCBS  28.3 
 
 		 1269 aa  100  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2554  proprotein convertase, P  24.64 
 
 		 1363 aa  97.1  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4855  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.2 
 
 		 2114 aa  95.5  6e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.656621  normal  0.707732 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2362  putative outer membrane adhesin like proteiin  27.19 
 
 		 994 aa  95.1  9e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.112717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5368  outer membrane adhesin like protein  27.47 
 
 		 3927 aa  94.4  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2308  hypothetical protein  27.36 
 
 		 962 aa  90.1  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0419846 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0168  Ig family protein  34.04 
 
 		 3544 aa  90.5  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5274  outer membrane adhesin like protein  30.55 
 
 		 2377 aa  89.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.941453  normal  0.210055 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1555  hypothetical protein  28.8 
 
 		 628 aa  88.6  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.209089  normal  0.462217 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0670  regulator of chromosome condensation RCC1  29.6 
 
 		 778 aa  88.6  8e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00126758  hitchhiker  0.0000346041 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0798  hypothetical protein  30.48 
 
 		 3474 aa  88.2  9e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0223  fibronectin, type III  35.45 
 
 		 1911 aa  87.8  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0166  putative outer membrane adhesin like proteiin  35.11 
 
 		 3699 aa  87.4  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3161  outer membrane adhesin-like protein  27.51 
 
 		 1269 aa  86.7  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20050  hypothetical protein  27.88 
 
 		 721 aa  85.9  0.000000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.127306  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3623  outer membrane adhesin like protein  25.5 
 
 		 5745 aa  85.5  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000322965 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0949  fibronectin, type III domain-containing protein  28.35 
 
 		 892 aa  84.3  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.687248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3550  fibronectin, type III domain-containing protein  35.64 
 
 		 2476 aa  84.7  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3728  cadherin  35.11 
 
 		 3089 aa  84  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3493  Alpha-tubulin suppressor and related RCC1 domain- containing protein-like protein  28.33 
 
 		 921 aa  84  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00348376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4189  Ig family protein  34.57 
 
 		 2503 aa  83.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3256  outer membrane adhesin like proteiin  27.51 
 
 		 1268 aa  82  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0189  fibronectin type III domain-containing protein  32.45 
 
 		 2522 aa  81.3  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3323  hypothetical protein  30.18 
 
 		 3477 aa  81.3  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195201 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0170  outer membrane adhesin like proteiin  34.04 
 
 		 3699 aa  81.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.388732 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2357  putative outer membrane adhesin like proteiin  34.59 
 
 		 850 aa  80.9  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3869  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.28 
 
 		 3816 aa  80.5  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0669  regulator of chromosome condensation RCC1  30 
 
 		 776 aa  79.7  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000957147  hitchhiker  0.000042388 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0430  alpha-tubulin suppressor  26.99 
 
 		 807 aa  79.7  0.0000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1291  outer membrane adhesin like proteiin  25.11 
 
 		 2555 aa  78.6  0.0000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.983971 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0264  regulator of chromosome condensation RCC1  28.99 
 
 		 792 aa  78.6  0.0000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0100345  normal  0.0222912 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0577  outer membrane adhesin like proteiin  25.85 
 
 		 2074 aa  78.2  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.144033 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1055  regulator of chromosome condensation RCC1  26.14 
 
 		 717 aa  77  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003404  putative RTX toxin  25.19 
 
 		 4848 aa  77  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0668  regulator of chromosome condensation RCC1  29.53 
 
 		 784 aa  76.3  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000606887  hitchhiker  0.00000503803 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1554  hypothetical protein  29.59 
 
 		 618 aa  73.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0842848  normal  0.262092 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0506  putative outer membrane adhesin like protein  25.77 
 
 		 2816 aa  73.6  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2359  putative outer membrane adhesin like proteiin  34.58 
 
 		 761 aa  73.2  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.658251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3185  Ig family protein  25.89 
 
 		 1129 aa  71.2  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1863  regulator of chromosome condensation RCC1  29.38 
 
 		 593 aa  70.9  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.59713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0560  putative outer membrane adhesin like protein  30 
 
 		 1215 aa  69.7  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3393  putative outer membrane adhesin like protein  29.67 
 
 		 1215 aa  69.3  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0139307 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3660  putative outer membrane adhesin like proteiin  29.33 
 
 		 1215 aa  68.9  0.0000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3783  outer membrane adhesin like proteiin  29.33 
 
 		 1215 aa  68.9  0.0000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000465  fibronectin type III domain protein  28.51 
 
 		 2839 aa  68.6  0.0000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3594  outer membrane adhesin like proteiin  28.71 
 
 		 1215 aa  67.8  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1890  integrin, beta chain-like  31.71 
 
 		 663 aa  67.8  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0956  regulator of chromosome condensation RCC1  26.14 
 
 		 743 aa  67.4  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.454345  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3686  parallel beta-helix repeat-containing protein  29.96 
 
 		 1066 aa  67  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.346515 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1051  regulator of chromosome condensation RCC1  26.77 
 
 		 714 aa  67  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0373  alpha-tubulin suppressor and related RCC1domain-containing protein  29.96 
 
 		 307 aa  65.9  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000297826  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2802  regulator of chromosome condensation RCC1  29.05 
 
 		 389 aa  65.5  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2796  fibronectin type III domain-containing protein  30.06 
 
 		 2153 aa  65.1  0.000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0427  Fibronectin type III domain protein  25.04 
 
 		 2039 aa  64.7  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2304  alpha-tubulin suppressor  25.07 
 
 		 461 aa  63.9  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.876578  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3933  PKD domain containing protein  29.56 
 
 		 1502 aa  64.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.114839  normal  0.527223 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4469  Fibronectin type III domain protein  30.5 
 
 		 624 aa  64.3  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3694  putative outer membrane adhesin like proteiin  28.04 
 
 		 2507 aa  63.2  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1294  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  24.4 
 
 		 8321 aa  61.6  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.359322 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1152  putative outer membrane adhesin like proteiin  28.26 
 
 		 3363 aa  60.8  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1702  hypothetical protein  27.05 
 
 		 1512 aa  60.1  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2599  hypothetical protein  24.74 
 
 		 1061 aa  59.3  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0018117  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1475  regulator of chromosome condensation, RCC1  25.68 
 
 		 1919 aa  58.5  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1018  hypothetical protein  26.5 
 
 		 2767 aa  58.2  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.556407 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2687  regulator of chromosome condensation, RCC1  25.05 
 
 		 821 aa  57.8  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00360144 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1287  fibronectin, type III domain-containing protein  28.1 
 
 		 2011 aa  57  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.111865  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1063  hypothetical protein  26.1 
 
 		 800 aa  56.6  0.000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.417069  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0957  hypothetical protein  24.12 
 
 		 1994 aa  57  0.000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.736873  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0161  alpha-tubulin suppressor and related RCC1 domain-containing proteins-like protein  27.76 
 
 		 726 aa  55.8  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0799  alpha-tubulin suppressor  27.76 
 
 		 461 aa  54.7  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.16068  decreased coverage  0.00221798 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0054  hypothetical protein  27.47 
 
 		 2353 aa  54.7  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2569  regulator of chromosome condensation RCC1  25.69 
 
 		 363 aa  54.7  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00852612  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>