72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1458 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1458  hypothetical protein  100 
 
 
431 aa  890    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4110  ATPase-like protein  31.36 
 
 
427 aa  186  8e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000135453 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0310  SMC domain protein  28.65 
 
 
412 aa  75.1  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0204  hypothetical protein  22.47 
 
 
394 aa  73.9  0.000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0007  ATPase  23.89 
 
 
411 aa  71.2  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3708  ATPase-like protein  28.04 
 
 
364 aa  70.1  0.00000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0307  SMC domain protein  24.76 
 
 
448 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.675796  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0307  SMC domain protein  25.4 
 
 
448 aa  66.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2033  ATPase  25.64 
 
 
399 aa  64.3  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3600  ATPase-like protein  22.03 
 
 
416 aa  64.3  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.960092 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2968  SMC domain protein  22.47 
 
 
393 aa  62.4  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1966  hypothetical protein  23.46 
 
 
424 aa  62  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2794  SMC domain-containing protein  35.71 
 
 
378 aa  62  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000199417  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1846  ATPase-like protein  34.23 
 
 
409 aa  61.2  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207391  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02963  hypothetical protein  21.96 
 
 
376 aa  60.8  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5825  SMC domain protein  41.57 
 
 
369 aa  60.5  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.408353 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3397  hypothetical protein  20.36 
 
 
395 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.213945  normal  0.39672 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2706  hypothetical protein  20.36 
 
 
395 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8073  ATPase-like protein  27.44 
 
 
362 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3645  SMC domain protein  32.03 
 
 
386 aa  57  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2178  SMC domain-containing protein  23.28 
 
 
398 aa  56.6  0.0000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0053  SMC domain protein  23.2 
 
 
397 aa  55.8  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2181  SMC domain-containing protein  27.45 
 
 
380 aa  56.2  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0103  SMC domain protein  33.05 
 
 
395 aa  55.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000482249  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2311  SMC domain protein  20.76 
 
 
397 aa  54.7  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1025  hypothetical protein  23.2 
 
 
362 aa  54.3  0.000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000305528 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0112  hypothetical protein  20.64 
 
 
430 aa  54.3  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0507  hypothetical protein  25.16 
 
 
373 aa  53.9  0.000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0421  hypothetical protein  22.61 
 
 
368 aa  53.5  0.000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1754  hypothetical protein  23.96 
 
 
405 aa  52.8  0.00001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0636  SMC domain protein  23.58 
 
 
367 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.696374  normal  0.340192 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0620  SMC domain protein  23.58 
 
 
367 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4170  hypothetical protein  24.04 
 
 
399 aa  52.8  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3622  SMC domain protein  25.67 
 
 
363 aa  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03536  hypothetical protein  22.95 
 
 
398 aa  51.6  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1131  SMC domain protein  21.78 
 
 
450 aa  51.6  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.526004  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3499  SMC domain protein  26.74 
 
 
363 aa  51.6  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4241  hypothetical protein  28.04 
 
 
364 aa  51.6  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.136282  normal  0.228654 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7563  ATPase-like protein  23.27 
 
 
409 aa  50.4  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1320  SMC domain protein  21.4 
 
 
422 aa  50.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0883509  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3749  hypothetical protein  34.45 
 
 
394 aa  49.3  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0146  ATPase-like  30.17 
 
 
226 aa  48.5  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4526  hypothetical protein  33.33 
 
 
452 aa  47.8  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1577  hypothetical protein  27.68 
 
 
377 aa  47.4  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1080  hypothetical protein  22.68 
 
 
369 aa  47.4  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.629407  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3562  ATPase-like  32.97 
 
 
394 aa  47  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.76495  normal  0.327688 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4613  SMC domain protein  24.77 
 
 
378 aa  47  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0833889 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3552  hypothetical protein  22.6 
 
 
416 aa  47  0.0007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3070  SMC domain-containing protein  29.56 
 
 
365 aa  46.2  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.270072 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2512  hypothetical protein  25 
 
 
378 aa  46.2  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.504364  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1288  SMC domain protein  27.78 
 
 
417 aa  46.2  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0947514  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0013  RecF/RecN/SMC domain protein  37.7 
 
 
362 aa  46.2  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3924  ATPase-like protein  22.22 
 
 
336 aa  46.2  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.801052  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2314  hypothetical protein  31.4 
 
 
376 aa  46.2  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.198863 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2613  SMC domain protein  29.82 
 
 
369 aa  45.8  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2755  hypothetical protein  23.53 
 
 
370 aa  45.4  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0135345  normal  0.421403 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0744  ATP-dependent OLD family endonuclease  32.35 
 
 
642 aa  45.1  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5923  hypothetical protein  23.45 
 
 
461 aa  44.7  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3193  plasmid-related protein  34.33 
 
 
674 aa  44.3  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0945381 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0490  hypothetical protein  23.94 
 
 
416 aa  44.3  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4449  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  43.75 
 
 
564 aa  43.9  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4944  AAA ATPase  26.98 
 
 
540 aa  43.9  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.051172  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0197  ATPase-like protein  29.2 
 
 
367 aa  43.9  0.005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.875501  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6914  initiation factor 2 associated domain-containing protein  30.84 
 
 
680 aa  43.9  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.622246  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0121  ATPase-like protein  33.33 
 
 
407 aa  43.9  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.188452 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4093  SMC domain protein  28.68 
 
 
454 aa  43.5  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.136453  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1866  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.03 
 
 
595 aa  43.5  0.007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1302  ATPase-like  27.34 
 
 
419 aa  43.5  0.007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000145655  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0588  hypothetical protein  29.08 
 
 
397 aa  43.1  0.009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.84533  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2559  hypothetical protein  27.78 
 
 
645 aa  43.1  0.009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3822  hypothetical protein  23.27 
 
 
370 aa  43.1  0.01  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0324063 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  32 
 
 
623 aa  43.1  0.01  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>