274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1277 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1277  proton-dependent oligopeptide transporter (POT) family protein  100 
 
 		 516 aa  1048    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3183  amino acid/peptide transporter  93.81 
 
 		 517 aa  993    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0376329 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1207  amino acid/peptide transporter  94.78 
 
 		 517 aa  979    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0390922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2910  amino acid/peptide transporter  97.67 
 
 		 516 aa  1030    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.380758  normal  0.476442 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2992  amino acid/peptide transporter  98.06 
 
 		 516 aa  1033    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0360187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1174  amino acid/peptide transporter  93.86 
 
 		 521 aa  976    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.211879  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3089  amino acid/peptide transporter  98.26 
 
 		 516 aa  1036    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000368989  normal  0.0911268 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1177  proton-dependent oligopeptide transporter (POT) family protein  82.02 
 
 		 506 aa  866    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.980946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1102  amino acid/peptide transporter  96.32 
 
 		 546 aa  1018    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1117  amino acid/peptide transporter  94.39 
 
 		 523 aa  996    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4508  amino acid/peptide transporter  60.57 
 
 		 507 aa  609  1e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0182547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3261  amino acid/peptide transporter  57.96 
 
 		 506 aa  600  1e-170  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0234728 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0759  major facilitator superfamily peptide/H(+)symporter  58.59 
 
 		 513 aa  588  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0113  amino acid/peptide transporter  57.65 
 
 		 506 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2221  amino acid/peptide transporter  58.94 
 
 		 551 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4440  amino acid/peptide transporter  58.59 
 
 		 513 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4728  amino acid/peptide transporter  59.3 
 
 		 506 aa  571  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1255  amino acid/peptide transporter  58.33 
 
 		 551 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5316  amino acid/peptide transporter  59.51 
 
 		 506 aa  569  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.179594  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5544  amino acid/peptide transporter  59.51 
 
 		 506 aa  569  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3023  amino acid/peptide transporter  57.26 
 
 		 500 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2907  amino acid/peptide transporter  57.26 
 
 		 500 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.464233  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5415  amino acid/peptide transporter  58 
 
 		 506 aa  565  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0348  amino acid/peptide transporter  57.06 
 
 		 500 aa  567  1e-160  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.781642  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4868  amino acid/peptide transporter  59.1 
 
 		 507 aa  565  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1531  amino acid/peptide transporter  57.06 
 
 		 500 aa  567  1e-160  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1721  amino acid/peptide transporter  57.06 
 
 		 500 aa  567  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.97984  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0382  amino acid/peptide transporter  57.06 
 
 		 500 aa  567  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0623  amino acid/peptide transporter  39.05 
 
 		 495 aa  380  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000100169  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1525  di-/tripeptide transporter  41.82 
 
 		 528 aa  374  1e-102  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0251804  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1189  amino acid/peptide transporter  46.49 
 
 		 501 aa  372  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.500547 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0652  tripeptide permease TppB  41.61 
 
 		 504 aa  370  1e-101  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.068993  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1890  putative tripeptide transporter permease  38.13 
 
 		 501 aa  355  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1549  putative tripeptide transporter permease  37.83 
 
 		 501 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.507438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1622  putative tripeptide transporter permease  38.13 
 
 		 501 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.185719  normal  0.452221 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1722  putative tripeptide transporter permease  37.93 
 
 		 501 aa  353  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00217506  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1562  putative tripeptide transporter permease  37.93 
 
 		 501 aa  353  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0485322  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3785  inner membrane transporter YhiP  38.2 
 
 		 490 aa  350  4e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0323752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2318  putative tripeptide transporter permease  38.09 
 
 		 506 aa  349  8e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3966  inner membrane transporter YhiP  38.59 
 
 		 490 aa  346  6e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.826151  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2017  putative tripeptide transporter permease  38.46 
 
 		 506 aa  346  6e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.617443  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1710  putative tripeptide transporter permease  37.88 
 
 		 500 aa  345  8e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0064967  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3905  inner membrane transporter YhiP  38.59 
 
 		 490 aa  345  8e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3795  inner membrane transporter YhiP  38.59 
 
 		 490 aa  345  8e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3862  inner membrane transporter YhiP  38.59 
 
 		 490 aa  345  8e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.31175  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0219  amino acid/peptide transporter  37.68 
 
 		 489 aa  345  2e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3696  inner membrane transporter YhiP  37.68 
 
 		 489 aa  345  2e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0220  inner membrane transporter YhiP  37.68 
 
 		 489 aa  345  2e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01604  putative tripeptide transporter permease  37.68 
 
 		 500 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00542523  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2006  amino acid/peptide transporter  37.68 
 
 		 500 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0749107  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1565  putative tripeptide transporter permease  37.68 
 
 		 500 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1995  putative tripeptide transporter permease  37.68 
 
 		 500 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46141  normal  0.0309863 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01594  hypothetical protein  37.68 
 
 		 500 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00471162  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4843  inner membrane transporter YhiP  37.47 
 
 		 489 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.953433 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1824  putative tripeptide transporter permease  37.47 
 
 		 500 aa  343  4e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03345  predicted transporter  37.47 
 
 		 489 aa  343  4e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.199197  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03298  hypothetical protein  37.47 
 
 		 489 aa  343  4e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.240113  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3978  inner membrane transporter YhiP  37.47 
 
 		 489 aa  343  4e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1844  putative tripeptide transporter permease  37.47 
 
 		 500 aa  343  4e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000345542  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3826  inner membrane transporter YhiP  37.47 
 
 		 489 aa  342  7e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1814  putative tripeptide transporter permease  37.96 
 
 		 502 aa  342  8e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000684589  decreased coverage  0.000347242 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3785  inner membrane transporter YhiP  37.47 
 
 		 489 aa  342  1e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2346  putative tripeptide transporter permease  37.47 
 
 		 500 aa  340  4e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0609489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0509  putative tripeptide transporter permease  37.9 
 
 		 514 aa  325  2e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2233  putative tripeptide transporter permease  36.09 
 
 		 506 aa  323  4e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000348133 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1778  putative tripeptide transporter permease  35.97 
 
 		 501 aa  320  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1886  putative tripeptide transporter permease  35.97 
 
 		 511 aa  320  3.9999999999999996e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.348979  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2548  putative tripeptide transporter permease  36.06 
 
 		 488 aa  320  5e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2851  hypothetical protein  36.23 
 
 		 500 aa  319  6e-86  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2720  hypothetical protein  35.61 
 
 		 500 aa  318  2e-85  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1421  amino acid/peptide transporter  27.59 
 
 		 494 aa  208  2e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3861  amino acid/peptide transporter  29.72 
 
 		 485 aa  201  3e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4371  amino acid/peptide transporter  29.72 
 
 		 485 aa  201  3e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.113976  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04001  predicted transporter  29.53 
 
 		 485 aa  200  5e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03963  hypothetical protein  29.53 
 
 		 485 aa  200  5e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4685  amino acid/peptide transporter  29.53 
 
 		 485 aa  200  5e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3897  amino acid/peptide transporter  29.72 
 
 		 485 aa  200  6e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0750  amino acid/peptide transporter  30.18 
 
 		 501 aa  200  6e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.603499  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0767  amino acid/peptide transporter  30.18 
 
 		 501 aa  200  6e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4599  amino acid/peptide transporter  29.72 
 
 		 485 aa  199  7.999999999999999e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.148198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5646  amino acid/peptide transporter  29.33 
 
 		 485 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4484  amino acid/peptide transporter  27.1 
 
 		 516 aa  195  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0470977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0823  amino acid/peptide transporter  29.75 
 
 		 517 aa  193  5e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5954  hypothetical protein  28.54 
 
 		 509 aa  193  8e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0911535  normal  0.0715474 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0955  amino acid/peptide transporter  31.46 
 
 		 510 aa  192  1e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.334898  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0770  inner membrane transporter YbgH  28.63 
 
 		 493 aa  192  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.493131 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0867  inner membrane transporter YbgH  28.63 
 
 		 493 aa  192  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.591966 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0818  inner membrane transporter YbgH  28.63 
 
 		 493 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3303  amino acid/peptide transporter  28.49 
 
 		 516 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0832  inner membrane transporter YbgH  28.63 
 
 		 493 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.582174  hitchhiker  0.00189799 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0757  inner membrane transporter YbgH  28.63 
 
 		 493 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2849  amino acid/peptide transporter  28.95 
 
 		 498 aa  190  5e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0954  amino acid/peptide transporter  26.77 
 
 		 527 aa  190  5e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.935259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0834  amino acid/peptide transporter  29.96 
 
 		 499 aa  189  8e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000422142 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2823  inner membrane transporter YbgH  28.94 
 
 		 486 aa  189  9e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2802  inner membrane transporter YbgH  28.94 
 
 		 486 aa  189  9e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.883594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2719  inner membrane transporter YbgH  28.94 
 
 		 486 aa  189  9e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.945342  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2761  inner membrane transporter YbgH  28.94 
 
 		 486 aa  189  9e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2936  inner membrane transporter YbgH  28.94 
 
 		 486 aa  189  9e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3766  amino acid/peptide transporter  29 
 
 		 482 aa  189  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000840749  normal  0.111557 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>