More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1255 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1255  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  100 
 
 
509 aa  1040    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1138  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  85.07 
 
 
508 aa  893    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.05 
 
 
497 aa  766    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1177  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.85 
 
 
497 aa  766    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.651177  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1070  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  85.66 
 
 
508 aa  898    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3196  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.85 
 
 
497 aa  763    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  78.98 
 
 
498 aa  774    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3334  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.85 
 
 
497 aa  765    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  84.87 
 
 
508 aa  892    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1006  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  56.38 
 
 
494 aa  535  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50.99 
 
 
504 aa  504  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1047  GGDEF domain-containing protein  51.04 
 
 
500 aa  482  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3340  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50.21 
 
 
500 aa  478  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2781  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50.97 
 
 
498 aa  474  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50.62 
 
 
500 aa  474  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3009  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.33 
 
 
492 aa  462  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.606625  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.25 
 
 
768 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1077  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.69 
 
 
765 aa  347  3e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0375  GGDEF domain-containing protein  43.31 
 
 
762 aa  347  4e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93912  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3115  putative diguanylate phosphodiesterase  43.52 
 
 
768 aa  336  5e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.57 
 
 
776 aa  336  5.999999999999999e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3322  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.01 
 
 
775 aa  331  2e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.77 
 
 
768 aa  330  3e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  43.13 
 
 
768 aa  330  3e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4061  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.41 
 
 
768 aa  303  5.000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.948422  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2577  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.43 
 
 
722 aa  258  2e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2825  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.85 
 
 
651 aa  255  1.0000000000000001e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0147323 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.68 
 
 
793 aa  254  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01278  Putative signal protein with HAMP, GGDEF and EAL domains  36.19 
 
 
785 aa  254  3e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0804794  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.95 
 
 
1486 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3143  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  32.6 
 
 
786 aa  251  3e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.661256  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2945  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.15 
 
 
778 aa  249  8e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8076  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain-like protein  36.19 
 
 
693 aa  249  9e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0411962  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0256  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.66 
 
 
778 aa  249  9e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.58 
 
 
1107 aa  246  9e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.7 
 
 
826 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0996  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.64 
 
 
829 aa  245  9.999999999999999e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.846195  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  35.41 
 
 
1515 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.15 
 
 
1508 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.15 
 
 
1508 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.15 
 
 
1508 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3360  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.73 
 
 
785 aa  244  3e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.400189  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.92 
 
 
1508 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.93 
 
 
1504 aa  242  1e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.06 
 
 
1070 aa  242  1e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.93 
 
 
1504 aa  241  2e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.03 
 
 
779 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.148378 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.47 
 
 
533 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0439369  normal  0.12147 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.69 
 
 
1505 aa  240  4e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.99 
 
 
805 aa  239  8e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00432386  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01685  predicted signal transduction protein containing a membrane domain, an EAL and a GGDEF domain  33.11 
 
 
729 aa  238  1e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.58 
 
 
777 aa  239  1e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  36.1 
 
 
1502 aa  239  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.71 
 
 
720 aa  237  3e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.559949  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0409  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor  33.73 
 
 
925 aa  237  3e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.231334  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.1 
 
 
450 aa  236  9e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.235348 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3562  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.59 
 
 
687 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.6333  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3786  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.05 
 
 
755 aa  235  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6026  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.6 
 
 
1109 aa  235  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178921  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.77 
 
 
892 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.42 
 
 
730 aa  234  3e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.89 
 
 
862 aa  234  3e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3722  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.59 
 
 
727 aa  233  4.0000000000000004e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.05 
 
 
790 aa  234  4.0000000000000004e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03720  sensory box GGDEF domain-containing protein  34.45 
 
 
760 aa  233  5e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164821 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.69 
 
 
1511 aa  233  7.000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0913  sensory box protein  32.35 
 
 
782 aa  232  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  33.88 
 
 
604 aa  232  1e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1311  hypothetical protein  33.98 
 
 
792 aa  232  1e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.49 
 
 
1499 aa  232  1e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.57 
 
 
958 aa  232  1e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.532324  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.19 
 
 
890 aa  231  2e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.17 
 
 
774 aa  231  2e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.119443  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.95 
 
 
816 aa  231  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4742  RNase II stability modulator  34.29 
 
 
664 aa  231  3e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.632651  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0076  GGDEF domain-containing protein  37.17 
 
 
941 aa  231  3e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1308  hypothetical protein  33.74 
 
 
792 aa  230  5e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2075  signal transduction protein  33.65 
 
 
988 aa  230  5e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  33.65 
 
 
735 aa  230  6e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.77 
 
 
686 aa  229  7e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.584418  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.01 
 
 
742 aa  229  8e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0534462  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0979  GGDEF domain-containing protein  34.05 
 
 
765 aa  229  9e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4493  PAS:GGDEF  34.38 
 
 
972 aa  229  9e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.267938  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0604  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.74 
 
 
700 aa  229  9e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0914  GGDEF domain-containing protein  37.35 
 
 
693 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.398639  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3696  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.21 
 
 
747 aa  229  1e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.031791  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.05 
 
 
617 aa  228  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  33.65 
 
 
892 aa  228  1e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00559  signal transduction protein  33.81 
 
 
815 aa  229  1e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3932  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.25 
 
 
1135 aa  229  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4474  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.35 
 
 
683 aa  229  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.192175 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0917  GGDEF domain-containing protein  34.05 
 
 
765 aa  229  1e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.394246  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.35 
 
 
694 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.479212  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0173  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.27 
 
 
823 aa  228  2e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.348272  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2139  sensory box/GGDEF family protein  32.35 
 
 
577 aa  228  2e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.840805  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.49 
 
 
716 aa  228  2e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  33.65 
 
 
892 aa  228  2e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.05 
 
 
925 aa  228  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.84 
 
 
862 aa  228  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  33.65 
 
 
892 aa  228  2e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>