More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1174 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00611  leucyl-tRNA synthetase  74.39 
 
 
860 aa  1357    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.197817  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2984  leucyl-tRNA synthetase  74.51 
 
 
860 aa  1357    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00147705  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0194  leucyl-tRNA synthetase  42.81 
 
 
813 aa  708    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.159225  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2209  leucyl-tRNA synthetase  50.98 
 
 
824 aa  882    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4794  leucyl-tRNA synthetase  57.54 
 
 
868 aa  1066    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.232287 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2339  leucyl-tRNA synthetase  41.96 
 
 
858 aa  677    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000153257  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1318  leucyl-tRNA synthetase  42.53 
 
 
804 aa  707    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1453  leucyl-tRNA synthetase  53.81 
 
 
887 aa  966    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.721273  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0060  leucyl-tRNA synthetase  41.83 
 
 
838 aa  693    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2744  leucyl-tRNA synthetase  50.34 
 
 
877 aa  886    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.775327 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4882  leucyl-tRNA synthetase  43.75 
 
 
802 aa  711    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1722  leucyl-tRNA synthetase  69.71 
 
 
863 aa  1264    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1234  leucyl-tRNA synthetase  44.65 
 
 
809 aa  707    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2057  leucyl-tRNA synthetase  43.3 
 
 
833 aa  681    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00764641  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1807  leucyl-tRNA synthetase  46.3 
 
 
877 aa  786    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.807702  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1174  leucyl-tRNA synthetase  100 
 
 
859 aa  1794    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4812  leucyl-tRNA synthetase  58.11 
 
 
868 aa  1073    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4637  leucyl-tRNA synthetase  43.87 
 
 
802 aa  712    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.802633  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4472  leucyl-tRNA synthetase  43.87 
 
 
802 aa  712    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.947334  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4490  leucyl-tRNA synthetase  43.87 
 
 
802 aa  712    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2453  leucyl-tRNA synthetase  50.34 
 
 
864 aa  896    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.484774  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1302  leucyl-tRNA synthetase  54.56 
 
 
823 aa  942    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1301  leucyl-tRNA synthetase  54.67 
 
 
823 aa  942    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4352  leucyl-tRNA synthetase  57.77 
 
 
868 aa  1066    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.964178  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0576  leucyl-tRNA synthetase  52.43 
 
 
921 aa  894    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.931447  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0544  leucyl-tRNA synthetase  53.61 
 
 
876 aa  966    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.697697  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2156  leucyl-tRNA synthetase  41.12 
 
 
830 aa  655    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0321  leucyl-tRNA synthetase  43.35 
 
 
862 aa  743    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.955307  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2834  leucyl-tRNA synthetase  49.77 
 
 
873 aa  884    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0282  leucyl-tRNA synthetase  41.33 
 
 
829 aa  672    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2445  leucyl-tRNA synthetase  54.95 
 
 
857 aa  966    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00377193  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0091  leucyl-tRNA synthetase  43.53 
 
 
883 aa  730    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.124322 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4936  leucyl-tRNA synthetase  46.83 
 
 
872 aa  807    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.130078 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3451  leucyl-tRNA synthetase  50.23 
 
 
913 aa  899    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2665  leucyl-tRNA synthetase  58.66 
 
 
819 aa  1040    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.364748  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4957  leucyl-tRNA synthetase  56.73 
 
 
868 aa  1048    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0840  leucyl-tRNA synthetase  42.94 
 
 
847 aa  708    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1413  leucyl-tRNA synthetase  52.42 
 
 
851 aa  899    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000816015  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3740  leucyl-tRNA synthetase  51.26 
 
 
864 aa  888    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0946299 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1106  leucyl-tRNA synthetase  46.64 
 
 
884 aa  762    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.629487  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1380  leucyl-tRNA synthetase  45.16 
 
 
875 aa  735    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.922349  normal  0.216701 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2300  leucyl-tRNA synthetase  51.1 
 
 
824 aa  885    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.284228  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2439  leucyl-tRNA synthetase  48.74 
 
 
829 aa  840    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0479  leucyl-tRNA synthetase  59.68 
 
 
877 aa  1056    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4991  leucyl-tRNA synthetase  43.87 
 
 
802 aa  712    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1572  leucyl-tRNA synthetase  43.91 
 
 
822 aa  721    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.940806  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0911  leucyl-tRNA synthetase  44.86 
 
 
856 aa  721    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168509  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1920  leucyl-tRNA synthetase  46.99 
 
 
865 aa  780    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0511  leucyl-tRNA synthetase  55.08 
 
 
866 aa  989    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.711035  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3631  leucyl-tRNA synthetase  46.66 
 
 
862 aa  798    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0568  leucyl-tRNA synthetase  46.96 
 
 
829 aa  816    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1211  leucyl-tRNA synthetase  50.68 
 
 
882 aa  893    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2727  leucyl-tRNA synthetase  43.48 
 
 
858 aa  720    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.354364  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0385  leucyl-tRNA synthetase  44.82 
 
 
874 aa  736    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.039423  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3215  leucyl-tRNA synthetase  45.21 
 
 
848 aa  759    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0794  leucyl-tRNA synthetase  40.16 
 
 
829 aa  670    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0411  leucyl-tRNA synthetase  42.79 
 
 
863 aa  710    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0758  leucyl-tRNA synthetase  47.87 
 
 
892 aa  857    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3308  leucyl-tRNA synthetase  61.34 
 
 
819 aa  1115    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0417159 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0284  leucyl-tRNA synthetase  44.27 
 
 
882 aa  734    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.366179  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2155  leucyl-tRNA synthetase  56.86 
 
 
817 aa  1005    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4605  leucyl-tRNA synthetase  48.37 
 
 
886 aa  839    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.864694  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0576  leucyl-tRNA synthetase  50.92 
 
 
863 aa  905    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0797  leucyl-tRNA synthetase  85.05 
 
 
872 aa  1565    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.749816  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0436  leucyl-tRNA synthetase  44.39 
 
 
878 aa  740    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2344  leucyl-tRNA synthetase  60.56 
 
 
856 aa  1054    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.633045  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0098  leucyl-tRNA synthetase  43.54 
 
 
878 aa  736    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0566  leucyl-tRNA synthetase  52.39 
 
 
934 aa  897    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.632616  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2973  leucyl-tRNA synthetase  50.56 
 
 
873 aa  902    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0232  leucyl-tRNA synthetase  61.56 
 
 
861 aa  1144    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1328  leucyl-tRNA synthetase  45.12 
 
 
856 aa  778    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0567  leucyl-tRNA synthetase  45.55 
 
 
819 aa  719    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0791746  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0045  leucyl-tRNA synthetase  44.11 
 
 
857 aa  731    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.269909 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3020  leucyl-tRNA synthetase  44.52 
 
 
849 aa  720    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.336439  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0171  leucyl-tRNA synthetase  51.26 
 
 
864 aa  889    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.678775  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3202  leucyl-tRNA synthetase  42.25 
 
 
817 aa  691    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1566  leucyl-tRNA synthetase  68.13 
 
 
870 aa  1241    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.408978  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3209  leucyl-tRNA synthetase  45.16 
 
 
871 aa  777    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0657  leucyl-tRNA synthetase  44.61 
 
 
816 aa  697    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0645  leucyl-tRNA synthetase  44.73 
 
 
816 aa  716    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1557  leucyl-tRNA synthetase  71.74 
 
 
860 aa  1324    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1704  leucyl-tRNA synthetase  49.64 
 
 
929 aa  671    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0997  leucyl-tRNA synthetase  97.56 
 
 
859 aa  1760    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.248445  normal  0.169991 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1062  leucyl-tRNA synthetase  97.56 
 
 
859 aa  1762    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0109864 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0400  leucyl-tRNA synthetase  58.08 
 
 
864 aa  1033    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.8894  normal  0.692139 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0705  leucyl-tRNA synthetase  85.17 
 
 
872 aa  1563    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.173652  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1599  leucyl-tRNA synthetase  46.89 
 
 
824 aa  805    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000190725  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2957  leucyl-tRNA synthetase  45.21 
 
 
865 aa  749    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0549  leucyl-tRNA synthetase  51.09 
 
 
864 aa  888    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.924908  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12230  leucyl-tRNA synthetase  56.98 
 
 
873 aa  1050    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.726587  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0875  leucyl-tRNA synthetase  44.16 
 
 
829 aa  659    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0635  leucyl-tRNA synthetase  41.92 
 
 
808 aa  673    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.578489  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0268  leucyl-tRNA synthetase  44.52 
 
 
833 aa  696    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2247  leucyl-tRNA synthetase  41.72 
 
 
843 aa  681    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0654  leucyl-tRNA synthetase  51.26 
 
 
864 aa  889    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2084  leucyl-tRNA synthetase  49.36 
 
 
829 aa  825    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.276133  normal  0.470316 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0432  leucyl-tRNA synthetase  50.69 
 
 
859 aa  879    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0302206  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1001  leucyl-tRNA synthetase  97.79 
 
 
859 aa  1765    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.355839  normal  0.124376 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0771  leucyl-tRNA synthetase  41.66 
 
 
832 aa  661    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.286234  normal  0.18971 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0731  leucyl-tRNA synthetase  43.94 
 
 
811 aa  696    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.231189  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>