More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0344 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0344  methylcitrate synthase  100 
 
 		 375 aa  784    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3946  methylcitrate synthase  94.13 
 
 		 375 aa  746    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4141  methylcitrate synthase  94.34 
 
 		 379 aa  741    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3645  methylcitrate synthase  94.67 
 
 		 375 aa  749    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4022  methylcitrate synthase  94.13 
 
 		 375 aa  746    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4048  methylcitrate synthase  94.4 
 
 		 375 aa  747    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3630  methylcitrate synthase  96.8 
 
 		 375 aa  762    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0314  methylcitrate synthase  97.07 
 
 		 375 aa  763    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3826  methylcitrate synthase  96.8 
 
 		 375 aa  763    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3295  methylcitrate synthase  88.14 
 
 		 378 aa  698    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.11596 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2498  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  78.44 
 
 		 374 aa  618  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0246552 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2112  2-methylcitrate synthase  77.36 
 
 		 374 aa  615  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1821  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  77.9 
 
 		 374 aa  617  1e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2321  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  76.55 
 
 		 384 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1420  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  77.9 
 
 		 374 aa  610  1e-173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03371  methylcitrate synthase  77.15 
 
 		 373 aa  606  9.999999999999999e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1665  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  76.28 
 
 		 374 aa  599  1e-170  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1858  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  76.01 
 
 		 374 aa  598  1e-170  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2821  putative 2-methylcitrate synthase  74.13 
 
 		 374 aa  594  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.702751  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1111  methylcitrate synthase  75.2 
 
 		 379 aa  592  1e-168  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.468935 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2335  methylcitrate synthase  73.6 
 
 		 375 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218689  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3435  methylcitrate synthase  73.6 
 
 		 375 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.01089  normal  0.171025 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2288  2-methylcitrate synthase  74.13 
 
 		 375 aa  589  1e-167  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.037213  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1765  methylcitrate synthase  73.87 
 
 		 375 aa  587  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.924616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1310  methylcitrate synthase  73.6 
 
 		 375 aa  590  1e-167  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1936  methylcitrate synthase  72.8 
 
 		 375 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.686847  hitchhiker  0.000000858753 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1198  methylcitrate synthase  73.87 
 
 		 376 aa  587  1e-166  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1665  methylcitrate synthase  74.73 
 
 		 377 aa  586  1e-166  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2086  methylcitrate synthase  73.07 
 
 		 375 aa  579  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.440425  hitchhiker  0.00454661 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1776  methylcitrate synthase  72 
 
 		 375 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.549839  hitchhiker  0.000461346 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1868  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  73.32 
 
 		 376 aa  580  1e-164  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.650369  normal  0.135048 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53950  methylcitrate synthase  72.53 
 
 		 375 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2420  2-methylcitrate synthase  73.07 
 
 		 375 aa  572  1.0000000000000001e-162  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0822163  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2604  2-methylcitrate synthase  75.2 
 
 		 374 aa  573  1.0000000000000001e-162  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.121252  hitchhiker  0.000290432 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4723  methylcitrate synthase  72 
 
 		 375 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1071  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  71.35 
 
 		 373 aa  555  1e-157  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.66322  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0953  methylcitrate synthase  69.95 
 
 		 377 aa  545  1e-154  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0924  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  67.9 
 
 		 379 aa  535  1e-151  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003389  2-methylcitrate synthase  69.27 
 
 		 380 aa  533  1e-150  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02396  methylcitrate synthase  67.29 
 
 		 380 aa  526  1e-148  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1176  2-methylcitrate synthase  62.5 
 
 		 372 aa  484  1e-135  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.831059  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0820  2-methylcitrate synthase  62.5 
 
 		 372 aa  484  1e-135  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2208  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  57.22 
 
 		 374 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.539974  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1487  2-methylcitrate synthase  55.74 
 
 		 372 aa  437  1e-121  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1496  2-methylcitrate synthase  55.74 
 
 		 372 aa  436  1e-121  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4756  methylcitrate synthase  55.86 
 
 		 390 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.394349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0142  methylcitrate synthase  55.59 
 
 		 390 aa  432  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.482229  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5345  methylcitrate synthase  55.59 
 
 		 390 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.417928  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4841  methylcitrate synthase  55.08 
 
 		 390 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.994856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5516  methylcitrate synthase  55.59 
 
 		 390 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0272926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5388  methylcitrate synthase  55.08 
 
 		 390 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0072  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  55.89 
 
 		 372 aa  431  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3288  methylcitrate synthase  54.55 
 
 		 390 aa  428  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281405  normal  0.014196 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2188  methylcitrate synthase  54.01 
 
 		 390 aa  425  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23220  methylcitrate synthase  54.47 
 
 		 387 aa  424  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1869  methylcitrate synthase  54.01 
 
 		 390 aa  424  1e-117  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2142  methylcitrate synthase  54.01 
 
 		 390 aa  424  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1737  methylcitrate synthase  54.01 
 
 		 390 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0878  methylcitrate synthase  54.01 
 
 		 390 aa  424  1e-117  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0383  methylcitrate synthase  54.01 
 
 		 390 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679335  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1165  methylcitrate synthase  54.01 
 
 		 390 aa  424  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0289  methylcitrate synthase  54.01 
 
 		 390 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1809  methylcitrate synthase  53.42 
 
 		 384 aa  420  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.507238  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2329  methylcitrate synthase  53.46 
 
 		 393 aa  418  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2401  2-methylcitrate synthase  54.25 
 
 		 371 aa  420  1e-116  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.612256  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0121  methylcitrate synthase  53.98 
 
 		 387 aa  418  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2302  methylcitrate synthase  53.21 
 
 		 389 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.459531  normal  0.256502 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2900  methylcitrate synthase  53.95 
 
 		 395 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1586  methylcitrate synthase  52.85 
 
 		 385 aa  416  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000154256  normal  0.49975 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6081  methylcitrate synthase  52.67 
 
 		 389 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.662054 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3974  methylcitrate synthase  53.46 
 
 		 389 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0651061 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6860  methylcitrate synthase  53.13 
 
 		 395 aa  414  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632501  normal  0.17935 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3860  methylcitrate synthase  53.46 
 
 		 389 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02719  methylcitrate synthase  52.3 
 
 		 384 aa  410  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.966086  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5862  methylcitrate synthase  52.93 
 
 		 398 aa  410  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00287  2-methylcitrate synthase  53.48 
 
 		 389 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3273  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  53.21 
 
 		 389 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0404  methylcitrate synthase  53.48 
 
 		 389 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0364  methylcitrate synthase  53.48 
 
 		 389 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3292  methylcitrate synthase  53.21 
 
 		 389 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1508  methylcitrate synthase  52.07 
 
 		 386 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.83768  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6707  methylcitrate synthase  53.41 
 
 		 389 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4790  methylcitrate synthase  52.25 
 
 		 385 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.427382  normal  0.159071 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00291  hypothetical protein  53.48 
 
 		 389 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0357  methylcitrate synthase  53.48 
 
 		 389 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0398  methylcitrate synthase  53.48 
 
 		 389 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2081  methylcitrate synthase  51.6 
 
 		 404 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.847456  normal  0.17968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3511  methylcitrate synthase  52.32 
 
 		 390 aa  401  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.106101 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3029  methylcitrate synthase  50.8 
 
 		 385 aa  403  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0463  methylcitrate synthase  52.67 
 
 		 389 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000165686  hitchhiker  0.000000131062 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4355  methylcitrate synthase  54.37 
 
 		 391 aa  403  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0401  methylcitrate synthase  52.67 
 
 		 389 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.600733  hitchhiker  0.00000000076827 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0421  methylcitrate synthase  52.41 
 
 		 389 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0403  methylcitrate synthase  52.41 
 
 		 389 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2079  methylcitrate synthase  52.72 
 
 		 386 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.340874  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1635  methylcitrate synthase  52.72 
 
 		 386 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169583 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0409  methylcitrate synthase  52.41 
 
 		 389 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000027346 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2647  methylcitrate synthase  52.04 
 
 		 394 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0866  methylcitrate synthase  51.85 
 
 		 391 aa  398  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2319  methylcitrate synthase  51.87 
 
 		 386 aa  396  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.16364  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>