More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0343 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01253  aconitate hydratase  43.81 
 
 
891 aa  706    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0525201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2371  aconitate hydratase 1  43.81 
 
 
891 aa  706    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00215516  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2068  aconitate hydratase 1  42.3 
 
 
855 aa  650    Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.461258  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0846  aconitate hydratase  42.75 
 
 
935 aa  661    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2112  aconitate hydratase  44.62 
 
 
913 aa  703    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0880837 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2336  aconitate hydratase  83.87 
 
 
862 aa  1479    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000568872 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0921  aconitate hydratase  41.4 
 
 
901 aa  671    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.446396  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0105  aconitate hydratase  44.41 
 
 
861 aa  729    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.227514  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2003  aconitate hydratase  43.37 
 
 
901 aa  673    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.158915 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0120  aconitate hydratase  83.84 
 
 
865 aa  1493    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3296  aconitate hydratase  82.02 
 
 
861 aa  1469    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0890897 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3635  aconitate hydratase  43.06 
 
 
907 aa  722    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.533912  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2820  aconitate hydratase  76.93 
 
 
868 aa  1399    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0093  aconitate hydratase  43.33 
 
 
895 aa  696    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0343  aconitate hydratase  100 
 
 
867 aa  1783    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2016  aconitate hydratase 1  44.9 
 
 
914 aa  704    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2289  aconitase family protein  80.49 
 
 
863 aa  1436    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.425235  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3408  aconitate hydratase  43.18 
 
 
907 aa  722    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.741284  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3370  aconitate hydratase  43.18 
 
 
907 aa  722    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3320  aconitate hydratase  43.18 
 
 
907 aa  722    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1755  aconitate hydratase  43.21 
 
 
905 aa  674    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1868  aconitate hydratase  83.28 
 
 
864 aa  1474    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1659  aconitate hydratase  44.29 
 
 
891 aa  709    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1653  aconitate hydratase  44.29 
 
 
891 aa  707    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2087  aconitate hydratase  82.09 
 
 
862 aa  1464    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00664826 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3404  aconitate hydratase  45.01 
 
 
914 aa  701    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.342513  normal  0.354094 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1112  aconitate hydratase  72.2 
 
 
885 aa  1307    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.58218 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2061  aconitate hydratase  43.4 
 
 
939 aa  720    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1925  aconitate hydratase  44.59 
 
 
916 aa  717    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.128572  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1810  aconitate hydratase  83.58 
 
 
870 aa  1482    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.38661  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2331  aconitate hydratase  43.11 
 
 
901 aa  667    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35381  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0828  aconitate hydratase  43.35 
 
 
883 aa  729    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.00982227  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0714  aconitate hydratase  44.88 
 
 
934 aa  731    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2120  aconitate hydratase 1  44.73 
 
 
891 aa  694    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.731402  normal  0.0663463 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0323  aconitate hydratase  44.44 
 
 
905 aa  689    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0800  aconitate hydratase  43.09 
 
 
905 aa  672    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1738  aconitate hydratase  83.28 
 
 
864 aa  1474    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1788  aconitate hydratase 1  45.38 
 
 
907 aa  697    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.83905  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1766  aconitate hydratase  83.28 
 
 
864 aa  1482    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3890  aconitate hydratase  45.06 
 
 
913 aa  699    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0185515 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1806  aconitate hydratase  43.6 
 
 
914 aa  691    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0143  aconitate hydratase  84.55 
 
 
864 aa  1491    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.491999 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2158  aconitate hydratase  42.11 
 
 
905 aa  659    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1016  aconitate hydratase  42.81 
 
 
937 aa  663    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.827465 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3677  aconitate hydratase  43.18 
 
 
907 aa  722    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1867  aconitate hydratase  80.09 
 
 
868 aa  1442    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0648101 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3511  aconitate hydratase  44.42 
 
 
891 aa  712    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0654  aconitate hydratase  42.74 
 
 
905 aa  666    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2187  aconitate hydratase  83.74 
 
 
864 aa  1480    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3665  aconitase  42.9 
 
 
945 aa  680    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.258951  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0291  aconitate hydratase  44.56 
 
 
905 aa  714    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0448672 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0425  aconitase  43.57 
 
 
890 aa  688    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.128588  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0600  aconitate hydratase 1  40.11 
 
 
905 aa  649    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.778708  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1031  aconitate hydratase  43.14 
 
 
875 aa  720    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2646  aconitate hydratase  42.4 
 
 
931 aa  696    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.581556  decreased coverage  0.00838168 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2127  aconitate hydratase 1  44.54 
 
 
903 aa  705    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.760339 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1991  aconitase  43.43 
 
 
937 aa  677    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0204  aconitate hydratase  43.38 
 
 
906 aa  710    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0875867 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3592  aconitate hydratase  40.77 
 
 
966 aa  657    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.999758  normal  0.14319 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1583  aconitate hydratase  42.04 
 
 
873 aa  647    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2301  aconitate hydratase  84.79 
 
 
865 aa  1520    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.22008 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2903  aconitate hydratase  40.95 
 
 
905 aa  635    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.864497  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1666  aconitate hydratase  84.87 
 
 
867 aa  1499    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0525  aconitate hydratase  44.68 
 
 
905 aa  717    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.123163  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4079  aconitate hydratase 1  42.07 
 
 
984 aa  660    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2962  aconitase  43.69 
 
 
910 aa  714    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0408  aconitate hydratase  44.32 
 
 
905 aa  709    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0914  aconitate hydratase 1  42.07 
 
 
984 aa  660    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.239942  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1309  aconitate hydratase  72.31 
 
 
885 aa  1309    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2384  aconitate hydratase  44.25 
 
 
935 aa  713    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.780528 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1585  aconitate hydratase  83.86 
 
 
865 aa  1490    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0614327  normal  0.918701 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2492  aconitate hydratase  43.24 
 
 
901 aa  664    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4240  aconitate hydratase 1  46.58 
 
 
884 aa  703    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0224  aconitase  43.72 
 
 
907 aa  665    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1682  aconitate hydratase  43.18 
 
 
906 aa  697    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00945136  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1006  aconitate hydratase  41.9 
 
 
915 aa  687    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.304321  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2096  aconitate hydratase 1  43.44 
 
 
891 aa  681    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.931453  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4439  aconitate hydratase  42.34 
 
 
905 aa  660    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.604056  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5346  aconitate hydratase  84.9 
 
 
864 aa  1502    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.992618  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4301  aconitate hydratase  43.88 
 
 
919 aa  692    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1284  aconitate hydratase 1  43.86 
 
 
907 aa  725    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1421  aconitate hydratase  82.01 
 
 
868 aa  1498    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3357  aconitate hydratase  44.93 
 
 
896 aa  719    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3631  aconitate hydratase  96.64 
 
 
863 aa  1717    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0313  aconitate hydratase  96.87 
 
 
863 aa  1722    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1454  aconitate hydratase 1  44.56 
 
 
914 aa  688    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.293979  normal  0.11612 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2603  aconitate hydratase  82.37 
 
 
872 aa  1471    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.120412  hitchhiker  0.000028644 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0230  aconitate hydratase 1  43.48 
 
 
908 aa  683    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1859  aconitate hydratase  85.65 
 
 
870 aa  1547    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2861  aconitase  44.51 
 
 
891 aa  704    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.509308  normal  0.643421 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3305  aconitate hydratase  42.99 
 
 
905 aa  667    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.877438 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4840  aconitate hydratase  85.27 
 
 
865 aa  1508    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44290  aconitate hydratase  43.99 
 
 
910 aa  689    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53970  aconitate hydratase  81.41 
 
 
868 aa  1461    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1246  aconitate hydratase  41.53 
 
 
887 aa  672    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1644  aconitase  43.87 
 
 
936 aa  674    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.417591  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3928  aconitate hydratase  42.34 
 
 
905 aa  660    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5515  aconitate hydratase  84.9 
 
 
864 aa  1502    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.12009  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3827  aconitate hydratase  96.87 
 
 
863 aa  1724    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0106  aconitase  41.96 
 
 
922 aa  675    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>