88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0283 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0283  type IV pilus biogenesis protein PilO  100 
 
 
206 aa  422  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0244  pilus assembly protein, PilO  90.87 
 
 
208 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.966911 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4205  pilus assembly protein PilO  90.29 
 
 
207 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3701  pilus assembly protein, PilO  90.87 
 
 
208 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.318823  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4087  pilus assembly protein PilO  90.29 
 
 
207 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4116  pilus assembly protein PilO  89.32 
 
 
207 aa  384  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.106455  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3709  pilus assembly protein, PilO  89.9 
 
 
208 aa  386  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00761204  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4006  Pilus assembly protein PilO  88.41 
 
 
208 aa  380  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3897  pilus assembly protein, PilO  89.42 
 
 
208 aa  381  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000635484  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0210  pilus assembly protein, PilO  77.67 
 
 
207 aa  336  9.999999999999999e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0216288  hitchhiker  0.0081665 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0372  pilus assembly protein, PilO  76.21 
 
 
205 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.116717  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3371  type IV pilus biogenesis protein PilO  76.56 
 
 
210 aa  323  1e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0132147  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0258  pilus assembly protein, PilO  73.79 
 
 
206 aa  322  2e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0235  pilus assembly protein PilO  73.17 
 
 
206 aa  315  3e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.613869  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4268  pilus assembly protein, PilO  70.87 
 
 
206 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.449559 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0337  pilus assembly protein PilO  70.87 
 
 
205 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0669  pilus assembly protein, PilO  43.78 
 
 
203 aa  182  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.823764  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00513  type IV pilus biogenesis protein PilO  44.22 
 
 
203 aa  181  5.0000000000000004e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0469  type IV pilus biogenesis protein PilO  43.88 
 
 
198 aa  174  6e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.429204  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5130  type IV pilus biogenesis protein PilO  44.85 
 
 
207 aa  168  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.818389  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0405  pilus assembly protein, PilO  43.81 
 
 
207 aa  166  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.909088  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5779  type 4 fimbrial biogenesis protein PilO  44.68 
 
 
207 aa  164  8e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66640  type 4 fimbrial biogenesis protein PilO  44.39 
 
 
207 aa  164  9e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.362732  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0407  pilus assembly protein, PilO  43.62 
 
 
207 aa  162  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0292492  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0544  pilus assembly protein, PilO  42.19 
 
 
206 aa  154  7e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45280  Pilus assembly protein  44.94 
 
 
206 aa  152  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0249  pilus assembly protein, PilO  41.58 
 
 
202 aa  148  4e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0828  pilus assembly protein, PilO  38.3 
 
 
203 aa  148  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2689  hypothetical protein  40 
 
 
204 aa  144  8.000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000030695  hitchhiker  0.00743225 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0277  Pilus assembly protein PilO  40.84 
 
 
193 aa  142  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.747419 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3238  Pilus assembly protein PilO  35.98 
 
 
218 aa  142  4e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.674567  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3026  Pilus assembly protein PilO  38.62 
 
 
195 aa  140  9e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0160  type IV pilus biogenesis protein PilO  36.51 
 
 
190 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.546604  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0991  Tfp pilus assembly protein PilO  34.01 
 
 
199 aa  139  3e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02353  fimbrial assembly membrane protein  35.68 
 
 
221 aa  138  6e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.658699  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0960  Tfp pilus assembly protein PilO  33.5 
 
 
199 aa  137  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1858  fimbrial assembly membrane protein  35.18 
 
 
222 aa  134  7.000000000000001e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0178525  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1787  pilus assembly protein PilO  34.67 
 
 
222 aa  132  3.9999999999999996e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.521607  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2757  pilus assembly protein, PilO  37.17 
 
 
194 aa  130  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0610  pilus assembly protein, PilO  35.5 
 
 
216 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.12175  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2459  pilus assembly protein, PilO  36.63 
 
 
211 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0204  type IV pilus assembly membrane transmembrane protein  36.79 
 
 
205 aa  124  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.273451 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2171  pilus assembly protein, PilO  32.46 
 
 
243 aa  122  5e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21566  normal  0.257999 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1881  type IV pilus biogenesis  31.94 
 
 
242 aa  120  9.999999999999999e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00049939  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1142  Pilus assembly protein PilO  35.42 
 
 
227 aa  119  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0327  type 4 fimbrial biogenesis protein PilO  31.46 
 
 
212 aa  118  7e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3405  pilus assembly protein PilO  33.83 
 
 
238 aa  117  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.152027 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1939  Pilus assembly protein PilO  34.33 
 
 
204 aa  115  3.9999999999999997e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0836  Pilus assembly protein PilO  34.92 
 
 
224 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3111  fimbrial assembly protein  33.97 
 
 
240 aa  112  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.125549 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0212  pilus assembly protein, PilO  33.68 
 
 
227 aa  111  9e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0701  Pilus assembly protein PilO  31.03 
 
 
224 aa  109  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0732  pilus assembly protein, PilO  31.03 
 
 
224 aa  109  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0783  pilus assembly protein, PilO  32.84 
 
 
224 aa  109  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0497346  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2921  pilus assembly protein, PilO  32.67 
 
 
223 aa  108  5e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0737  fimbrial assembly protein PilO, putative  26.85 
 
 
217 aa  108  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0931975  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0885  Pilus assembly protein PilO  26.85 
 
 
217 aa  108  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0674  pilus assembly protein, PilO  32.46 
 
 
224 aa  108  6e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.214156 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0020  pilus assembly protein, PilO  29.67 
 
 
223 aa  102  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0998  pilus assembly protein, PilO  30.73 
 
 
226 aa  101  8e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5579  pilus assembly protein PilO  30.35 
 
 
225 aa  99.8  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.697556 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3133  pilus assembly protein, PilO  28.96 
 
 
222 aa  99.8  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2904  Pilus assembly protein PilO  28.11 
 
 
219 aa  94  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.048804 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3251  Pilus assembly protein PilO  28.11 
 
 
219 aa  91.7  7e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2973  fimbrial type-4 assembly membrane transmembrane protein  27.03 
 
 
221 aa  89  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2718  fimbrial assembly protein PilO  29.57 
 
 
193 aa  86.3  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3270  pilus assembly protein PilO  29.89 
 
 
223 aa  84.7  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002324  type IV pilus biogenesis protein PilO  25.89 
 
 
197 aa  82.8  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.10237  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00031  fimbrial assembly protein PilO  25.27 
 
 
197 aa  80.9  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0331  pilus assembly protein PilO  31.55 
 
 
211 aa  79.3  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0217389  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0994  pilus assembly protein, PilO  29.66 
 
 
201 aa  79.7  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.163062  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2030  type IV pilus biogenesis protein PilO  28.34 
 
 
198 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.72092  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1548  Pilus assembly protein PilO  25.41 
 
 
199 aa  77  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0688  type IV pilus biogenesis protein PilO  28.71 
 
 
209 aa  76.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.507617  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2209  putative fimbrial assembly protein PilO  25.26 
 
 
199 aa  76.3  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00186051  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2667  Pilus assembly protein PilO  24.86 
 
 
198 aa  75.9  0.0000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000121155 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0973  pilus assembly protein, PilO  28.36 
 
 
198 aa  75.1  0.0000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.572943 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0643  type IV pilus biogenesis protein PilO  26.18 
 
 
209 aa  73.6  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1642  Pilus assembly protein PilO  30.37 
 
 
201 aa  72.4  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1812  pilus assembly protein, PilO  30 
 
 
199 aa  72.4  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0677  Pilus assembly protein PilO  26.18 
 
 
209 aa  71.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0677  type IV pilus biogenesis protein PilO  25.65 
 
 
209 aa  68.9  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0539  pilus assembly protein, PilO  27.66 
 
 
209 aa  67  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.577988 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2136  pilus assembly protein, PilO-like  24.57 
 
 
203 aa  60.5  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000460184  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1516  hypothetical protein  24.71 
 
 
226 aa  58.5  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3251  hypothetical protein  28.4 
 
 
177 aa  54.3  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1471  hypothetical protein  23.95 
 
 
207 aa  48.5  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.229275  normal  0.300377 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0398  Tfp pilus assembly protein PilO-like protein  20.33 
 
 
469 aa  45.8  0.0005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0029887 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>