279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0002 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0002  proton/peptide symporter family protein  100 
 
 		 516 aa  1043    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1274  TGF-beta receptor type I/II extracellular region  66.99 
 
 		 517 aa  666    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3969  TGF-beta receptor, type I/II extracellular region  92.8 
 
 		 517 aa  984    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3938  TGF-beta receptor, type I/II extracellular region  96.69 
 
 		 515 aa  1013    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000127118 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4030  amino acid/peptide transporter  96.89 
 
 		 515 aa  1015    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.052619 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0004  TGF-beta receptor, type I/II extracellular region  96.89 
 
 		 515 aa  991    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000099426 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2411  proton/peptide symporter family protein  80.97 
 
 		 517 aa  834    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2667  TGF-beta receptor type I/II extracellular region  66.73 
 
 		 521 aa  660    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.63918  normal  0.181856 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0405  amino acid/peptide transporter  44.14 
 
 		 458 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.0035417  hitchhiker  0.00401498 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4020  amino acid/peptide transporter  44.44 
 
 		 456 aa  365  1e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.319297  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4162  amino acid/peptide transporter  44.67 
 
 		 456 aa  364  2e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.790543  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4136  amino acid/peptide transporter  44.44 
 
 		 456 aa  365  2e-99  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.200727  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1598  amino acid/peptide transporter  37.66 
 
 		 451 aa  300  4e-80  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00673  oligopeptide transporter  65.53 
 
 		 284 aa  270  4e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.340061  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2147  proton-dependent oligopeptide transporter family protein  35.35 
 
 		 478 aa  257  4e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1599  oligopeptide transporter  35.79 
 
 		 522 aa  245  1.9999999999999999e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.941268  normal  0.632798 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1248  TGF-beta receptor type I/II extracellular region  35.47 
 
 		 513 aa  242  1e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0301309  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1524  TGF-beta receptor type I/II extracellular region  48.84 
 
 		 450 aa  194  3e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.868386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4137  amino acid/peptide transporter  44.61 
 
 		 437 aa  179  1e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.728655  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4163  amino acid/peptide transporter  43.63 
 
 		 437 aa  176  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.65473  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4021  amino acid/peptide transporter  45.18 
 
 		 435 aa  173  5.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.925576  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0404  TGF-beta receptor type I/II extracellular region  46.19 
 
 		 434 aa  166  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.117264  hitchhiker  0.000442814 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0984  dipeptide/tripeptide permease  28.41 
 
 		 483 aa  140  3.9999999999999997e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00152732  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1881  amino acid/peptide transporter  30.04 
 
 		 517 aa  138  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0879055  hitchhiker  0.00292537 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3942  amino acid/peptide transporter  28.57 
 
 		 496 aa  136  8e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0547773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1814  putative tripeptide transporter permease  28.78 
 
 		 502 aa  136  9e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000684589  decreased coverage  0.000347242 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2318  putative tripeptide transporter permease  26.71 
 
 		 506 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1778  putative tripeptide transporter permease  28.82 
 
 		 501 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2017  putative tripeptide transporter permease  26.93 
 
 		 506 aa  136  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.617443  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1886  putative tripeptide transporter permease  28.82 
 
 		 511 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.348979  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2548  putative tripeptide transporter permease  29.02 
 
 		 488 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5954  hypothetical protein  26.55 
 
 		 509 aa  134  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0911535  normal  0.0715474 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47218  predicted protein  27.95 
 
 		 619 aa  134  3e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.134275  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0823  amino acid/peptide transporter  29.31 
 
 		 517 aa  130  4.0000000000000003e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0734  di-/tripeptide transporter  28.29 
 
 		 497 aa  130  6e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0279102  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0834  amino acid/peptide transporter  27.19 
 
 		 499 aa  128  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000422142 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1555  proton dependent peptide transporter  29.55 
 
 		 512 aa  126  8.000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1664  amino acid/peptide transporter  29.55 
 
 		 512 aa  126  8.000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.182008  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2233  putative tripeptide transporter permease  27.11 
 
 		 506 aa  124  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000348133 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1737  amino acid/peptide transporter  26.39 
 
 		 497 aa  123  7e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.824621  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1549  putative tripeptide transporter permease  25.27 
 
 		 501 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.507438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1722  putative tripeptide transporter permease  25.27 
 
 		 501 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00217506  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0093  di-tripeptide ABC transporter  25.44 
 
 		 497 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.569603  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1890  putative tripeptide transporter permease  25.43 
 
 		 501 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1562  putative tripeptide transporter permease  25.27 
 
 		 501 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0485322  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1622  putative tripeptide transporter permease  25.27 
 
 		 501 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.185719  normal  0.452221 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2849  amino acid/peptide transporter  26.89 
 
 		 498 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0767  amino acid/peptide transporter  27.07 
 
 		 501 aa  120  7e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0750  amino acid/peptide transporter  27.07 
 
 		 501 aa  120  7e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.603499  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0955  amino acid/peptide transporter  25.87 
 
 		 510 aa  120  7.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.334898  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6851  amino acid/peptide transporter  29.35 
 
 		 498 aa  119  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0689877 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0922  amino acid/peptide transporter  25.73 
 
 		 477 aa  119  1.9999999999999998e-25  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000322625  unclonable  8.27442e-19 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0277  amino acid/peptide transporter  27.01 
 
 		 499 aa  118  3e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000259644  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1954  amino acid/peptide transporter  27.11 
 
 		 501 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.457543 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2346  putative tripeptide transporter permease  25.55 
 
 		 500 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0609489  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01604  putative tripeptide transporter permease  25.33 
 
 		 500 aa  117  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00542523  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2006  amino acid/peptide transporter  25.33 
 
 		 500 aa  117  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0749107  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01594  hypothetical protein  25.33 
 
 		 500 aa  117  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00471162  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1565  putative tripeptide transporter permease  25.33 
 
 		 500 aa  117  5e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1995  putative tripeptide transporter permease  25.33 
 
 		 500 aa  117  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46141  normal  0.0309863 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1710  putative tripeptide transporter permease  25.33 
 
 		 500 aa  117  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0064967  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1824  putative tripeptide transporter permease  25.33 
 
 		 500 aa  117  6e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1844  putative tripeptide transporter permease  25.33 
 
 		 500 aa  117  6e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000345542  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1105  alkaline phosphatase  26.52 
 
 		 544 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.377732 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0509  putative tripeptide transporter permease  28.19 
 
 		 514 aa  114  4.0000000000000004e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0682  proton/peptide symporter family protein  25.45 
 
 		 461 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00298567  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3303  amino acid/peptide transporter  26.6 
 
 		 516 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1420  amino acid/peptide transporter  26.85 
 
 		 558 aa  112  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1344  di-/tripeptide transporter  25.21 
 
 		 507 aa  111  3e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.938084  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0954  amino acid/peptide transporter  24.81 
 
 		 527 aa  111  4.0000000000000004e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.935259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0521  dipeptide/tripeptide permease  25.55 
 
 		 498 aa  111  4.0000000000000004e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.000000000167951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0669  proton/peptide symporter family protein  24.5 
 
 		 461 aa  110  5e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.3578e-43 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1074  di-tripeptide ABC transporter membrane protein  25.54 
 
 		 510 aa  110  6e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0651  proton/peptide symporter family protein  24.5 
 
 		 461 aa  110  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000984184  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0757  di-/tripeptide transporter  23.66 
 
 		 517 aa  109  1e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.548363  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3596  amino acid/peptide transporter  25 
 
 		 501 aa  109  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.161382  normal  0.0248648 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1551  amino acid/peptide transporter  24.77 
 
 		 539 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08903  MFS peptide transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G02550)  23.33 
 
 		 628 aa  107  5e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4332  amino acid/peptide transporter  25.2 
 
 		 497 aa  107  6e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1345  di-/tripeptide transporter  23.46 
 
 		 516 aa  107  6e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2274  amino acid/peptide transporter  26.01 
 
 		 520 aa  106  8e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000484906 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1444  proton/peptide symporter family protein  24.56 
 
 		 490 aa  106  1e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000293034  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2795  amino acid/peptide transporter  24.58 
 
 		 539 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.274379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0623  amino acid/peptide transporter  22.98 
 
 		 495 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000100169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1555  amino acid/peptide transporter  24.58 
 
 		 539 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0945  amino acid/peptide transporter  24.67 
 
 		 534 aa  105  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.985856  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1585  amino acid/peptide transporter  24.58 
 
 		 539 aa  105  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3369  proton/peptide symporter family protein  25.57 
 
 		 544 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31641  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4599  amino acid/peptide transporter  25.29 
 
 		 485 aa  102  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.148198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3792  amino acid/peptide transporter  26.15 
 
 		 482 aa  102  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0641583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_70645  predicted protein  22.81 
 
 		 570 aa  102  2e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0413957  normal  0.317652 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17650  amino acid/peptide transporter (peptide:H symporter)  26.32 
 
 		 511 aa  101  3e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3744  amino acid/peptide transporter  26.61 
 
 		 499 aa  101  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971567 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04001  predicted transporter  25.2 
 
 		 485 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03963  hypothetical protein  25.2 
 
 		 485 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3897  amino acid/peptide transporter  25.29 
 
 		 485 aa  101  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0580  proton/peptide symporter family protein  25.45 
 
 		 452 aa  100  4e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00403619  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2851  hypothetical protein  24.72 
 
 		 500 aa  101  4e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0614  proton/peptide symporter family protein  25.45 
 
 		 452 aa  100  4e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000352854  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4685  amino acid/peptide transporter  25.2 
 
 		 485 aa  100  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>