129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1493 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP1493  accessory gene regulator protein A  100 
 
 		 223 aa  458  9.999999999999999e-129  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.760639  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2076  LytTR family two component transcriptional regulator  88.79 
 
 		 238 aa  419  1e-116  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0492343  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2112  response regulator receiver  88.79 
 
 		 238 aa  419  1e-116  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1957  response regulator  33.83 
 
 		 250 aa  124  1e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0093  response regulator  34.39 
 
 		 241 aa  115  5e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3044  response regulator  33.51 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3043  response regulator  33.51 
 
 		 244 aa  109  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0572226  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2796  response regulator  30.33 
 
 		 244 aa  105  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0362146  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2725  response regulator  32.98 
 
 		 244 aa  105  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0901123  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3008  response regulator  30.33 
 
 		 244 aa  105  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3006  response regulator  30.33 
 
 		 244 aa  105  4e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000818852 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2745  response regulator  32.98 
 
 		 244 aa  104  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000320527  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3116  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.74 
 
 		 235 aa  74.7  0.0000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0008  response regulator  30.19 
 
 		 237 aa  72.4  0.000000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0583  response regulator  30.77 
 
 		 236 aa  71.6  0.000000000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01640  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.45 
 
 		 238 aa  70.1  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.49 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0468  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.06 
 
 		 244 aa  59.3  0.00000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.91 
 
 		 251 aa  58.9  0.00000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0428  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.5 
 
 		 237 aa  58.9  0.00000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.472628  hitchhiker  0.000034032 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0399  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.63 
 
 		 242 aa  58.5  0.00000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1752  LytTr family DNA-binding response regulator  30 
 
 		 236 aa  57.8  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000046925  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1482  LytTr family DNA-binding response regulator  29.38 
 
 		 236 aa  56.6  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00010327  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3405  LytTR family two component transcriptional regulator  24.73 
 
 		 244 aa  55.8  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.732179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1569  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.92 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000531282 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0114  LytTR family two component transcriptional regulator  27.27 
 
 		 226 aa  55.1  0.0000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.310837  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5058  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.23 
 
 		 247 aa  54.7  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000256301  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1697  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.32 
 
 		 240 aa  53.5  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.325505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 252 aa  52.8  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3118  LytTR family two component transcriptional regulator  29.3 
 
 		 236 aa  52  0.000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00259319  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2270  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.65 
 
 		 234 aa  52  0.000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  27.75 
 
 		 238 aa  51.2  0.00001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1649  response regulator  22.16 
 
 		 245 aa  51.2  0.00001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00000960447  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.65 
 
 		 240 aa  51.6  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.95 
 
 		 242 aa  51.2  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1924  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.85 
 
 		 250 aa  50.8  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.07 
 
 		 230 aa  50.1  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.87 
 
 		 244 aa  49.7  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.77 
 
 		 260 aa  49.3  0.00004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  29.12 
 
 		 231 aa  49.7  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.89 
 
 		 245 aa  49.3  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.23 
 
 		 253 aa  49.3  0.00005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2345  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.63 
 
 		 240 aa  48.9  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.681344 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  28.11 
 
 		 243 aa  48.9  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  28.11 
 
 		 243 aa  48.9  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0872  two component LuxR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 210 aa  48.5  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.48 
 
 		 249 aa  48.5  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1621  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 245 aa  48.1  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  25.36 
 
 		 245 aa  48.1  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  25.56 
 
 		 243 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1600  LytTR family two component transcriptional regulator  25.27 
 
 		 245 aa  48.1  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1627  response regulator receiver protein  39.33 
 
 		 119 aa  47.8  0.0001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  28.3 
 
 		 249 aa  48.1  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2142  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.02 
 
 		 238 aa  48.1  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  26.26 
 
 		 241 aa  47.4  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  25.56 
 
 		 243 aa  47.4  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2766  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.76 
 
 		 241 aa  47  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  25.14 
 
 		 237 aa  47.4  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  25.56 
 
 		 243 aa  47.4  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.57 
 
 		 243 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0033  DNA-binding response regulator  29.14 
 
 		 239 aa  46.2  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00150761  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1723  LuxR family DNA-binding response regulator  31.58 
 
 		 212 aa  46.2  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0901353  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2748  LuxR family DNA-binding response regulator  31.58 
 
 		 212 aa  46.2  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2232  LuxR family DNA-binding response regulator  31.58 
 
 		 212 aa  46.2  0.0004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.97455  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3087  LuxR family DNA-binding response regulator  31.58 
 
 		 212 aa  46.2  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2614  LuxR family DNA-binding response regulator  31.58 
 
 		 212 aa  46.2  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.37823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2670  LuxR family DNA-binding response regulator  31.58 
 
 		 212 aa  46.2  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1505  LuxR family DNA-binding response regulator  31.58 
 
 		 212 aa  46.2  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  24.76 
 
 		 244 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.59 
 
 		 235 aa  46.2  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 255 aa  45.8  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1167  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.9 
 
 		 245 aa  45.8  0.0005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  24.76 
 
 		 244 aa  45.8  0.0006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.76 
 
 		 244 aa  45.8  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0388  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.94 
 
 		 233 aa  45.8  0.0006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  24.76 
 
 		 244 aa  45.8  0.0006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  24.76 
 
 		 244 aa  45.8  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  24.76 
 
 		 244 aa  45.8  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  24.76 
 
 		 244 aa  45.8  0.0006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  24.76 
 
 		 244 aa  45.8  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.34 
 
 		 232 aa  45.4  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1862  LuxR family DNA-binding response regulator  29.35 
 
 		 212 aa  45.4  0.0007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.340696  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.6 
 
 		 238 aa  45.4  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0498  DNA-binding response regulator  28.4 
 
 		 238 aa  45.1  0.0008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000000794566  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1345  LytTR family two component transcriptional regulator  29.44 
 
 		 234 aa  45.1  0.0009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  26.14 
 
 		 254 aa  45.1  0.0009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  34.18 
 
 		 539 aa  45.1  0.0009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5445  two component LuxR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 212 aa  45.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5938  two component LuxR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 212 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.172889  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2176  two component LuxR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 212 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116055  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2139  two component LuxR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 212 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 212 aa  45.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0589444  normal  0.612677 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.6 
 
 		 231 aa  44.3  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2157  two component LuxR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 212 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2049  two component LuxR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 212 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435361  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02240  response regulator of the LytR/AlgR family  27.5 
 
 		 237 aa  45.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  21.93 
 
 		 264 aa  43.9  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0486  DNA-binding response regulator  27.11 
 
 		 238 aa  44.3  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0347807  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  24.31 
 
 		 261 aa  43.9  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  21.14 
 
 		 203 aa  44.3  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0126561  normal  0.200699 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>