More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0646 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP0646  quinol oxidase, subunit II  100 
 
 
374 aa  776    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.519241  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1120  quinol oxidase AA3, subunit II  81.82 
 
 
366 aa  624  1e-177  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00144852  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1143  quinol oxidase AA3, subunit II  81.82 
 
 
366 aa  624  1e-177  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.058304  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0591  quinol oxidase AA3, subunit II  42.16 
 
 
291 aa  225  1e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0758  cytochrome aa3 quinol oxidase, subunit II  41.79 
 
 
291 aa  224  2e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000573305 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4600  cytochrome aa3 quinol oxidase, subunit II  41.42 
 
 
291 aa  223  3e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00365456  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0830  cytochrome aa3 quinol oxidase, subunit II  41.42 
 
 
291 aa  222  7e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0772  quinol oxidase, subunit II  41.42 
 
 
291 aa  222  7e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.100003  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0669  quinol oxidase subunit II  41.42 
 
 
291 aa  222  7e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0613  quinol oxidase, subunit 2 (cytochrome c oxidase, subunit II)  41.42 
 
 
291 aa  222  7e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0614  quinol oxidase, subunit 2 (cytochrome c oxidase, subunit II)  41.42 
 
 
291 aa  222  7e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0703  quinol oxidase subunit II  41.42 
 
 
291 aa  222  7e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0737  cytochrome aa3 quinol oxidase, subunit II  41.04 
 
 
291 aa  220  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0350513  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3523  quinol oxidase AA3, subunit II  42.91 
 
 
301 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0618  quinol oxidase AA3, subunit II  41.42 
 
 
291 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0658  cytochrome C oxidase subunit II transmembrane region  36.67 
 
 
279 aa  177  2e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.508316  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0899  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  34.23 
 
 
315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000156741  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1295  ubiquinol oxidase, subunit II  38.98 
 
 
295 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000833627  hitchhiker  0.00150484 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0354  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  38.67 
 
 
315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0519619  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0482  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  33.63 
 
 
309 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000191941  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0484  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  33.63 
 
 
318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000643315  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0467  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  38.67 
 
 
315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000445513  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0507  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  38.67 
 
 
315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.47547e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0501  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  33.63 
 
 
318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000104856  normal  0.570341 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0954  ubiquinol oxidase, subunit II  38.31 
 
 
302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0545  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  33.63 
 
 
309 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00734942  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00383  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  38.67 
 
 
315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000068734  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3201  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  38.67 
 
 
315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  hitchhiker  0.0000824271 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00387  hypothetical protein  38.67 
 
 
315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000137293  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0490  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  33.63 
 
 
318 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000373186  hitchhiker  0.00204632 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3163  ubiquinol oxidase, subunit II  37.39 
 
 
320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000193741 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3177  ubiquinol oxidase, subunit II  38.67 
 
 
315 aa  164  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000302564  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0472  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  38.67 
 
 
315 aa  164  3e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000304701  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5009  ubiquinol oxidase, subunit II  34.8 
 
 
299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348819  normal  0.0229485 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0048  ubiquinol oxidase, subunit II  37.25 
 
 
335 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.184158  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1877  ubiquinol oxidase, subunit II  34.12 
 
 
350 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.209329 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2071  ubiquinol oxidase, subunit II  35.45 
 
 
295 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.741779  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2223  ubiquinol oxidase, subunit II  36.03 
 
 
349 aa  162  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.354726  normal  0.0191751 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6006  ubiquinol oxidase, subunit II  35.45 
 
 
295 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1290  ubiquinol oxidase, subunit II  35.43 
 
 
308 aa  162  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0516  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  38.28 
 
 
315 aa  161  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000162933  normal  0.952162 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2714  ubiquinol oxidase, subunit II  37.5 
 
 
296 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.218735  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0603  ubiquinol oxidase, subunit II  36.73 
 
 
296 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3968  ubiquinol oxidase, subunit II  35.16 
 
 
300 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.44494  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2814  ubiquinol oxidase, subunit II  37.18 
 
 
340 aa  160  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2833  ubiquinol oxidase polypeptide II precursor  36.73 
 
 
296 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2772  ubiquinol oxidase, subunit II  36.73 
 
 
296 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00009  ubiquinol oxidase, subunit II  35.18 
 
 
311 aa  160  4e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.829439  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1548  ubiquinol oxidase, subunit II  33.33 
 
 
350 aa  160  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.45181  normal  0.18234 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1209  ubiquinol oxidase, subunit II  35.07 
 
 
295 aa  160  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0864701  normal  0.353676 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1788  ubiquinol oxidase, subunit II  36.67 
 
 
377 aa  159  8e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0548313  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47210  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  36.36 
 
 
331 aa  159  8e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000853268  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5376  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  35.52 
 
 
283 aa  159  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.59456 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1325  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit II  36.29 
 
 
313 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1141  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  36.29 
 
 
313 aa  159  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.408263 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2880  ubiquinol oxidase, subunit II  35.52 
 
 
282 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2410  ubiquinol oxidase, subunit II  35.52 
 
 
282 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1722  ubiquinol oxidase, subunit II  35.52 
 
 
282 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.243968  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2090  ubiquinol oxidase, subunit II  35.52 
 
 
281 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158358  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4073  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  35.57 
 
 
326 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0581224  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0042  ubiquinol oxidase, subunit II  35.95 
 
 
341 aa  157  4e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3649  ubiquinol oxidase, subunit II  35.77 
 
 
299 aa  157  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0042  ubiquinol oxidase, subunit II  35.95 
 
 
341 aa  157  4e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5824  ubiquinol oxidase, subunit II  33.22 
 
 
305 aa  156  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.189475 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4046  ubiquinol oxidase, subunit II  36.07 
 
 
342 aa  156  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.25718  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0656  ubiquinol oxidase, subunit II  36.76 
 
 
319 aa  156  7e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0366  ubiquinol oxidase, subunit II  35.22 
 
 
316 aa  155  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2716  ubiquinol oxidase, subunit II  35.52 
 
 
330 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2572  ubiquinol oxidase, subunit II  35.52 
 
 
330 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0194  ubiquinol oxidase, subunit II  37.45 
 
 
300 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0225  ubiquinol oxidase, subunit II  37.45 
 
 
295 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0993  ubiquinol oxidase, subunit II  37.45 
 
 
300 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.616609  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1566  ubiquinol oxidase, subunit II  37.45 
 
 
295 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03912  Ubiquinol oxidase polypeptide II (Cytochrome o subunit 2) (Oxidase BO(3) subunit 2) (Cytochrome o ubiquinol oxidase subunit  37.15 
 
 
313 aa  154  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1637  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  34.33 
 
 
297 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140878  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1369  ubiquinol oxidase, subunit II  37.45 
 
 
300 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0948  ubiquinol oxidase, subunit II  37.83 
 
 
322 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0741  cytochrome O ubiquinol oxidase subunit II  36.76 
 
 
319 aa  154  2e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.586473  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4372  ubiquinol oxidase, subunit II  33.72 
 
 
392 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2775  ubiquinol oxidase, subunit II  33.99 
 
 
349 aa  153  4e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.608558 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0511  cytochrome c oxidase subunit II  35.91 
 
 
298 aa  154  4e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.263206  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5608  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  34.23 
 
 
349 aa  153  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4778  ubiquinol oxidase, subunit II  34.96 
 
 
385 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213947  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2265  ubiquinol oxidase, subunit II  33.6 
 
 
349 aa  152  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.384743  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0479  ubiquinol oxidase, subunit II  36.6 
 
 
295 aa  152  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.607947  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0812  ubiquinol oxidase subunit 2  38.98 
 
 
313 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  0.642349 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2917  transmembrane cytochrome O ubiquinol oxidase subunit II  36.73 
 
 
329 aa  151  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.215988  normal  0.435396 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0849  ubiquinol oxidase, subunit II  38.98 
 
 
313 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0835  ubiquinol oxidase, subunit II  38.98 
 
 
313 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2107  ubiquinol oxidase, subunit II  38.46 
 
 
295 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.295579  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3241  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  38.31 
 
 
318 aa  150  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.46443  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3098  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  38.31 
 
 
318 aa  150  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.384204  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3060  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  38.31 
 
 
318 aa  150  4e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000967712  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5735  ubiquinol oxidase, subunit II  34.82 
 
 
426 aa  150  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.010556 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2749  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit II  36.56 
 
 
277 aa  149  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4057  ubiquinol oxidase, subunit II  35.69 
 
 
348 aa  149  6e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.202899  normal  0.167706 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1043  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  37.15 
 
 
320 aa  149  6e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0760278  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3795  ubiquinol oxidase, subunit II  35.2 
 
 
301 aa  149  6e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4376  ubiquinol oxidase, subunit II  40.97 
 
 
314 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.918748  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3269  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  37.94 
 
 
320 aa  149  8e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.854016  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>