More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0413 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP0413  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 358 aa  718    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0787  diguanylate cyclase  82.02 
 
 		 356 aa  582  1.0000000000000001e-165  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.0010071  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0770  diguanylate cyclase  82.02 
 
 		 356 aa  582  1.0000000000000001e-165  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000555933  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5208  diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 351 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 368 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5267  GGDEF domain-containing protein  38.3 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5094  hypothetical protein  38.3 
 
 		 351 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5111  hypothetical protein  38.3 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5509  GGDEF domain protein  38.3 
 
 		 351 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5664  GGDEF domain-containing protein  38.3 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5538  ggdef family protein  38.25 
 
 		 352 aa  127  3e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5543  GGDEF domain-containing protein  38.81 
 
 		 352 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5414  ggdef family protein  39.9 
 
 		 352 aa  125  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 363 aa  124  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 480 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5594  GGDEF domain protein  36.7 
 
 		 348 aa  119  6e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 489 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  29.74 
 
 		 566 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0892  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.501117 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 386 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 355 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 278 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  33.71 
 
 		 476 aa  107  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  31.19 
 
 		 389 aa  106  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  35.12 
 
 		 946 aa  105  9e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 251 aa  105  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 369 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  28.28 
 
 		 544 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 634 aa  104  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 339 aa  105  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 332 aa  104  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 479 aa  103  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 482 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 630 aa  104  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 359 aa  104  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  29.95 
 
 		 405 aa  103  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  35.62 
 
 		 548 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 423 aa  103  5e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  36.71 
 
 		 564 aa  103  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 307 aa  103  6e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 641 aa  103  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 387 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  36.88 
 
 		 457 aa  102  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 638 aa  102  8e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  30.98 
 
 		 806 aa  102  8e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  35.85 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 263 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 291 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1338  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 469 aa  101  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0898942  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  27.59 
 
 		 523 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 395 aa  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 625 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 625 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  33.14 
 
 		 625 aa  100  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0226  PAS sensor diguanylate cyclase and phophodiesterase  32.07 
 
 		 591 aa  100  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 628 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 457 aa  101  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 357 aa  100  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0196  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 356 aa  100  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 487 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  35.71 
 
 		 487 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 487 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 532 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 487 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  35.71 
 
 		 487 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 487 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.94 
 
 		 665 aa  100  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  35.71 
 
 		 528 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.16 
 
 		 483 aa  100  5e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 564 aa  100  5e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00420  GGDEF domain protein  34.46 
 
 		 464 aa  100  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 395 aa  99.8  7e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  33.72 
 
 		 400 aa  99.8  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  34.97 
 
 		 525 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  35.8 
 
 		 507 aa  99.4  9e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2643  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 470 aa  99.4  9e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 631 aa  99.4  9e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 622 aa  99  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  35.54 
 
 		 965 aa  99  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  32.93 
 
 		 628 aa  98.6  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 342 aa  99  1e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4960  GGDEF  36.75 
 
 		 413 aa  99.4  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.806512  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0540  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 489 aa  99  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 349 aa  99.4  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 569 aa  98.6  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 537 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  30.51 
 
 		 539 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 640 aa  99.4  1e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 354 aa  98.6  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 496 aa  99  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 493 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0735  diguanylate cyclase  32.72 
 
 		 375 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  37.04 
 
 		 456 aa  97.8  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.09 
 
 		 648 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  35 
 
 		 710 aa  98.6  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3587  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 364 aa  97.8  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.684884  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  32.7 
 
 		 393 aa  98.2  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 456 aa  98.2  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>