More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2154 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2154  50S ribosomal protein L4P  100 
 
 
211 aa  416  9.999999999999999e-116  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0120405  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1341  ribosomal protein L4/L1e  43.98 
 
 
210 aa  144  9e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  39.71 
 
 
207 aa  143  2e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  0.0000000146284 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  40.2 
 
 
207 aa  140  9.999999999999999e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000403747  hitchhiker  0.0000000000267396 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  40.21 
 
 
207 aa  138  6e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  40 
 
 
207 aa  137  1e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000045126  hitchhiker  0.00000000148432 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  40.69 
 
 
206 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000569503  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0789  50S ribosomal protein L4  36.53 
 
 
221 aa  137  2e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1306  50S ribosomal protein L4  42.31 
 
 
219 aa  136  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.265076  normal  0.163333 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  36.23 
 
 
207 aa  136  3.0000000000000003e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  37.25 
 
 
207 aa  134  7.000000000000001e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  38.73 
 
 
207 aa  134  8e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  43.14 
 
 
207 aa  134  8e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  39.68 
 
 
207 aa  134  8e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000475036  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  33.82 
 
 
207 aa  132  3e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  39.02 
 
 
209 aa  132  3e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  38.24 
 
 
206 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  34.8 
 
 
206 aa  130  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  39.51 
 
 
206 aa  130  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5048  50S ribosomal protein L4  39.56 
 
 
218 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.5122  normal  0.277146 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1041  50S ribosomal protein L4  40.66 
 
 
219 aa  129  3e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1014  50S ribosomal protein L4  40.66 
 
 
219 aa  129  3e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1031  50S ribosomal protein L4  40.66 
 
 
219 aa  129  3e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.658773 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  38.42 
 
 
207 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0681  50S ribosomal protein L4  33.5 
 
 
207 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.486374  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1068  50S ribosomal protein L4  37.06 
 
 
207 aa  128  5.0000000000000004e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000351414  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3142  ribosomal protein L4/L1e  38.81 
 
 
221 aa  129  5.0000000000000004e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.083105  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1160  ribosomal protein L4/L1e  38.33 
 
 
208 aa  128  6e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000738717  hitchhiker  0.000000590673 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0399  ribosomal protein L4/L1e  45.41 
 
 
214 aa  128  7.000000000000001e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2645  50S ribosomal protein L4  38.28 
 
 
222 aa  128  7.000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.264538  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  35.61 
 
 
208 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17150  LSU ribosomal protein L4P  40.96 
 
 
211 aa  127  1.0000000000000001e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4506  ribosomal protein L4/L1e  38.43 
 
 
292 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1087  50S ribosomal protein L4  38.83 
 
 
215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10489 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0709  50S ribosomal protein L4  39.05 
 
 
205 aa  126  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0382078  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  36.27 
 
 
205 aa  126  3e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000472593  unclonable  1.9716100000000001e-28 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  35.29 
 
 
207 aa  125  5e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0290  ribosomal protein L4/L1e  35.96 
 
 
208 aa  125  5e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00437959  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3327  50S ribosomal protein L4  34.8 
 
 
207 aa  125  5e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.78315e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0934  50S ribosomal protein L4  34.8 
 
 
207 aa  125  5e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000521211  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  34.8 
 
 
207 aa  125  6e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000335339  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0932  ribosomal protein L4/L1e  39.09 
 
 
217 aa  124  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106023  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  36.27 
 
 
207 aa  123  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0843  ribosomal protein L4/L1e  44.69 
 
 
214 aa  122  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  36.27 
 
 
207 aa  122  3e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10716  50S ribosomal protein L4  40.11 
 
 
223 aa  122  3e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.311364 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1616  ribosomal protein L4/L1e  38.66 
 
 
212 aa  122  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  36.7 
 
 
221 aa  122  4e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000111144  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0563  50S ribosomal protein L4/L1e  37.44 
 
 
216 aa  122  5e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3434  ribosomal protein L4/L1e  39.27 
 
 
217 aa  122  6e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0689  ribosomal protein L4/L1e  38.31 
 
 
234 aa  121  7e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.443511 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1148  50S ribosomal protein L4  37.95 
 
 
209 aa  121  8e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000671055  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  35.64 
 
 
206 aa  121  8e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  37 
 
 
207 aa  120  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  37 
 
 
207 aa  120  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0196  50S ribosomal protein L4  38.27 
 
 
210 aa  120  9.999999999999999e-27  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.371225 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0396  50S ribosomal protein L4  37.97 
 
 
209 aa  120  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  34 
 
 
207 aa  120  1.9999999999999998e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  37.75 
 
 
207 aa  120  1.9999999999999998e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2686  ribosomal protein L4/L1e  37.11 
 
 
206 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.751145 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5125  ribosomal protein L4/L1e  36.71 
 
 
223 aa  119  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  35.78 
 
 
207 aa  119  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  35.78 
 
 
207 aa  119  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  35.78 
 
 
207 aa  119  3e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  35.78 
 
 
207 aa  119  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  35.78 
 
 
207 aa  119  3e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  35.78 
 
 
207 aa  119  3e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  35.78 
 
 
207 aa  119  3e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  35.78 
 
 
207 aa  119  3e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  35.78 
 
 
207 aa  119  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  35.78 
 
 
207 aa  119  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  41.62 
 
 
209 aa  119  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0307  50S ribosomal protein L4P  41.49 
 
 
220 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00224676 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2974  50S ribosomal protein L4P  36.55 
 
 
205 aa  118  6e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.601617  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0628  ribosomal protein L4/L1e  36.23 
 
 
232 aa  118  7.999999999999999e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2231  50S ribosomal protein L4  39.44 
 
 
210 aa  117  9e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.402946 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2856  50S ribosomal protein L4  35 
 
 
207 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.400345  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  36 
 
 
207 aa  117  9.999999999999999e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03990  LSU ribosomal protein L4P  39.29 
 
 
228 aa  117  9.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3011  50S ribosomal protein L4  36.26 
 
 
212 aa  117  9.999999999999999e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00787083 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  34.8 
 
 
206 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  41.24 
 
 
221 aa  116  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000717748 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3704  50S ribosomal protein L4  39.9 
 
 
210 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  34.15 
 
 
208 aa  116  1.9999999999999998e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000036372  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1764  50S ribosomal protein L4  34.8 
 
 
206 aa  116  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00135584  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  37.1 
 
 
214 aa  115  3.9999999999999997e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  40.68 
 
 
223 aa  115  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0695  50S ribosomal protein L4  32.99 
 
 
208 aa  115  3.9999999999999997e-25  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2560  50S ribosomal protein L4/L1e  40.11 
 
 
210 aa  115  3.9999999999999997e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0559575  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  33.82 
 
 
207 aa  115  5e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000791532  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4314  ribosomal protein L4/L1e  39.46 
 
 
216 aa  115  5e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0116181 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0248  50S ribosomal protein L4  38.97 
 
 
211 aa  115  6e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.890563  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0251  50S ribosomal protein L4  38.97 
 
 
211 aa  115  6e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0627  50S ribosomal protein L4  32.84 
 
 
220 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000530014  hitchhiker  0.00000000000031805 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  32.5 
 
 
207 aa  114  7.999999999999999e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0848  50S ribosomal protein L4P  37.5 
 
 
207 aa  114  8.999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000392239  decreased coverage  0.0000122182 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3922  ribosomal protein L4/L1e  36.32 
 
 
216 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05720  50S ribosomal protein L4  34.62 
 
 
208 aa  114  1.0000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.316206  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2256  50S ribosomal protein L4  34.33 
 
 
206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000129639  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6048  50S ribosomal protein L4  39.27 
 
 
247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.239817 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>