166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1712 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1712  beta-lactamase  100 
 
 
576 aa  1130    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3876  beta-lactamase  28.06 
 
 
468 aa  115  2.0000000000000002e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0589748 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0491  putative beta-lactamase protein  27.36 
 
 
440 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5194  beta-lactamase  30.31 
 
 
323 aa  114  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0602  beta-lactamase  30.61 
 
 
274 aa  114  5e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0954  peptidoglycan binding domain-containing protein  27.34 
 
 
422 aa  114  5e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2343  beta-lactamase  30.43 
 
 
803 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.23617 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4223  beta-lactamase  26.95 
 
 
508 aa  109  1e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1169  Beta-lactamase class A-like protein  29.1 
 
 
383 aa  107  7e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4774  beta-lactamase  26.38 
 
 
442 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00167145 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4151  beta-lactamase  27.56 
 
 
300 aa  104  5e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.433565 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1147  putative beta-lactamase  27.08 
 
 
423 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0316  beta-lactamase  34.32 
 
 
315 aa  102  3e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00360568 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1608  beta-lactamase  27.5 
 
 
425 aa  101  4e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3104  beta-lactamase  28.87 
 
 
292 aa  101  5e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0156614  normal  0.401813 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1408  penicillin-binding protein, transpeptidase  24.18 
 
 
504 aa  100  7e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2092  penicillin-binding protein, transpeptidase  24.79 
 
 
424 aa  100  8e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00783255  hitchhiker  0.00000266476 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1634  beta-lactamase  27.5 
 
 
425 aa  99.8  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.54925  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6176  beta-lactamase  28.27 
 
 
286 aa  96.3  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0566092 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1388  putative beta-lactamase  24.8 
 
 
259 aa  96.7  1e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1202  beta-lactamase, putative  24.8 
 
 
259 aa  96.7  1e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.291582  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2055  peptidoglycan-binding LysM  26.88 
 
 
333 aa  94  7e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000227262  normal  0.0328069 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1603  beta-lactamase  24.3 
 
 
375 aa  93.2  1e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.955317  normal  0.378927 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3023  Beta-lactamase class A-like protein  30.8 
 
 
277 aa  89.4  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0538064  normal  0.499976 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0697  putative beta-lactamase  25.19 
 
 
357 aa  88.2  3e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15311  putative beta-lactamase  25.56 
 
 
357 aa  88.6  3e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.709796  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1950  beta-lactamase family protein  30.94 
 
 
381 aa  87.4  7e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6642  putative beta-lactamase precursor protein  32.73 
 
 
287 aa  86.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.156711 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3212  beta-lactamase  30.28 
 
 
304 aa  86.3  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184009 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0715  beta-lactamase family protein  30.51 
 
 
388 aa  85.5  0.000000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3334  Beta-lactamase  27 
 
 
349 aa  85.5  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11351  Beta-lactamase class A  31.16 
 
 
356 aa  84  0.000000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.470021  normal  0.82694 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0182  beta-lactamase  38.98 
 
 
327 aa  82.4  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.689531 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4021  Beta-lactamase  29.15 
 
 
296 aa  80.5  0.00000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0799644 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2437  putative beta-lactamase precursor protein  29.5 
 
 
290 aa  79  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.651142  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0725  Beta-lactamase class A-like protein  26.45 
 
 
370 aa  78.6  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.725916  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2815  beta-lactamase  30.08 
 
 
296 aa  76.6  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4436  beta-lactamase class A-like protein  31.2 
 
 
293 aa  75.5  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0101027  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5713  beta-lactamase  30.89 
 
 
292 aa  73.9  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716912  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1443  beta-lactamase  31.23 
 
 
283 aa  72.8  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.69594  normal  0.126584 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1435  Beta-lactamase  27.6 
 
 
295 aa  72  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1080  Beta-lactamase  29.22 
 
 
301 aa  71.2  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0392714  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08971  putative beta-lactamase  26.36 
 
 
386 aa  70.9  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.712716 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1446  beta-lactamase related protein  28.75 
 
 
320 aa  70.5  0.00000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2043  beta-lactamase  27.57 
 
 
271 aa  67.8  0.0000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0136357  normal  0.676262 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2328  Beta-lactamase  31.03 
 
 
296 aa  67  0.0000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2352  Beta-lactamase  27.78 
 
 
297 aa  66.6  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00445844 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2552  Beta-lactamase  31.03 
 
 
300 aa  66.2  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0802917  normal  0.0118018 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3133  beta-lactamase  31.28 
 
 
283 aa  67  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0788  beta-lactamase  25.95 
 
 
418 aa  66.6  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1250  hypothetical protein  25.47 
 
 
504 aa  66.6  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1450  class A beta-lactamase precursor  30.86 
 
 
322 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905636  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0183  beta-lactamase  26.27 
 
 
436 aa  66.2  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.975829 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0351  beta-lactamase  29.11 
 
 
296 aa  65.1  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.154712 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1529  Beta-lactamase  30.53 
 
 
296 aa  65.1  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3441  Beta-lactamase class A-like protein  29.02 
 
 
347 aa  64.3  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000016591  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3361  beta-lactamase  29.02 
 
 
282 aa  64.3  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282427 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0280  Beta-lactamase  25.09 
 
 
353 aa  64.3  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2820  Beta-lactamase  27.72 
 
 
289 aa  64.3  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.893397  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2386  beta-lactamase  36.36 
 
 
302 aa  63.2  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.721784 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2152  hypothetical protein  26.86 
 
 
513 aa  63.2  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0167915  hitchhiker  0.00298164 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0366  Beta-lactamase  30.7 
 
 
291 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0385843  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3023  hypothetical protein  27.16 
 
 
516 aa  62.4  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.698448  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2580  Beta-lactamase  28.03 
 
 
300 aa  62.8  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000559373  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26600  hypothetical protein  26.38 
 
 
380 aa  62.4  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.61546  normal  0.94722 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0446  Beta-lactamase  28.27 
 
 
297 aa  61.2  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0195  Beta-lactamase  26.16 
 
 
288 aa  60.1  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.210334  normal  0.167544 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1381  class A beta-lactamase  29.63 
 
 
314 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0489957  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0228  twin-arginine translocation pathway signal  28.93 
 
 
300 aa  58.9  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0257  class A beta-lactamase  30.04 
 
 
314 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0527  class A beta-lactamase  30.04 
 
 
314 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.29059  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1301  class A beta-lactamase  30.04 
 
 
314 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1040  class A beta-lactamase  30.04 
 
 
314 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.257126  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1011  beta-lactamase  28.38 
 
 
290 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4877  Beta-lactamase  31.25 
 
 
297 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00066031  hitchhiker  0.000000000265752 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1283  class A beta-lactamase  30.04 
 
 
295 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.162345  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2553  beta-lactamase  30.04 
 
 
309 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3972  beta-lactamase  31.25 
 
 
305 aa  58.5  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0506092  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1390  Beta-lactamase  29.67 
 
 
289 aa  58.2  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0585114  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3960  hypothetical protein  34.15 
 
 
295 aa  57.8  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4360  Beta-lactamase  31.4 
 
 
297 aa  57.8  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000108699  unclonable  0.00000562292 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1435  Beta-lactamase  27.67 
 
 
288 aa  57.4  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1770  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  33.33 
 
 
411 aa  57  0.0000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1855  Peptidoglycan-binding LysM  27.11 
 
 
414 aa  56.6  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0762  Beta-lactamase  30.42 
 
 
315 aa  55.8  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0608621  hitchhiker  0.000417556 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4929  Beta-lactamase  36.03 
 
 
312 aa  55.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000432948  normal  0.0487719 
 
 
 
NC_011083  SeHA_C1580  beta-lactamase TEM  27.32 
 
 
286 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.262835  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0046  beta-lactamase TEM  27.32 
 
 
286 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00171312  normal  0.356541 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3689  Beta-lactamase  30.2 
 
 
302 aa  55.8  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000248785  normal  0.574937 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0130  beta-lactamase TEM  27.32 
 
 
286 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2728  Beta-lactamase  29.73 
 
 
299 aa  55.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0079236  normal  0.0883749 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3299  Beta-lactamase  28.11 
 
 
291 aa  54.7  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0997  Beta-lactamase  27.1 
 
 
304 aa  54.7  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.940845 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5358  Beta-lactamase  35.29 
 
 
312 aa  53.9  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000938331  normal  0.124933 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2063  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  27.45 
 
 
392 aa  53.1  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0436268  normal 
 
 
-
 
NC_006663  SEA0003  beta-lactamase  24.89 
 
 
281 aa  53.1  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000347481  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1164  Beta-lactamase  30.18 
 
 
300 aa  53.5  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.590965  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1458  beta-lactamase  35.04 
 
 
306 aa  53.1  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.755992  normal  0.236565 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4009  Beta-lactamase  32.19 
 
 
315 aa  52.4  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2749  Beta-lactamase  24.47 
 
 
281 aa  52.8  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>