186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1576 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1576  methylenetetrahydrofolate reductase  100 
 
 
313 aa  613  9.999999999999999e-175  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00629171  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0765  methylenetetrahydrofolate reductase  97.69 
 
 
324 aa  506  9.999999999999999e-143  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11660  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  39.67 
 
 
292 aa  214  9.999999999999999e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2887  methylenetetrahydrofolate reductase  39 
 
 
310 aa  196  3e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1819  methylenetetrahydrofolate reductase  38.24 
 
 
289 aa  192  8e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.630675 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19720  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  39.59 
 
 
274 aa  171  2e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.141972  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4354  methylenetetrahydrofolate reductase  38.57 
 
 
273 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.342919  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0063  methylenetetrahydrofolate reductase  36.59 
 
 
302 aa  138  8.999999999999999e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6552  methylenetetrahydrofolate reductase  34.85 
 
 
292 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.137851  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2769  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  29.49 
 
 
323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1411  putative 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  29.49 
 
 
309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.836355  normal  0.959502 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5841  methylenetetrahydrofolate reductase  30.92 
 
 
296 aa  108  8.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.369115  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1029  5 10-methylenetetrahydrofolate reductase-like protein  29.17 
 
 
309 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.471427  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2860  methylenetetrahydrofolate reductase  32.24 
 
 
294 aa  107  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03761  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  40.8 
 
 
311 aa  99  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2038  methylenetetrahydrofolate reductase  32.08 
 
 
289 aa  98.2  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1978  metfprotein-like  33.33 
 
 
319 aa  96.7  5e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.706266 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1185  metF protein-like  27.24 
 
 
310 aa  96.3  6e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402537  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2988  methylenetetrahydrofolate reductase  31.65 
 
 
300 aa  93.6  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2669  methylenetetrahydrofolate reductase  31.65 
 
 
300 aa  93.6  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0298352  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5726  methylenetetrahydrofolate reductase  26.33 
 
 
320 aa  92  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.799258 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1675  hypothetical protein  27.24 
 
 
308 aa  84.7  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.723201  normal  0.26163 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0703  methylenetetrahydrofolate reductase  26.1 
 
 
274 aa  78.2  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3083  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  30.85 
 
 
296 aa  67.4  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0275518  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0396  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  31.52 
 
 
282 aa  65.5  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1279  methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H)  24.86 
 
 
313 aa  63.5  0.000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1732  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  28.24 
 
 
301 aa  62.8  0.000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000245457  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0318  methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H)  28.08 
 
 
315 aa  62  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000814714  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1552  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  28.4 
 
 
290 aa  60.8  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000427747  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1108  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  29.25 
 
 
289 aa  60.5  0.00000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0624  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  23.98 
 
 
296 aa  60.1  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1723  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  24.17 
 
 
289 aa  59.7  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05590  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  30.25 
 
 
290 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0448  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  30.25 
 
 
281 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3307  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  26.46 
 
 
300 aa  58.9  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5069  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  28.12 
 
 
281 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0459  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  27.5 
 
 
281 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2651  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  26.89 
 
 
318 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5281  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  29.38 
 
 
281 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1647  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  26.54 
 
 
289 aa  56.2  0.0000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.150812  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_71674  predicted protein  27.68 
 
 
613 aa  55.8  0.0000009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.506465 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0530  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  29.63 
 
 
282 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4977  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  27.67 
 
 
295 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1498  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  25.77 
 
 
296 aa  55.8  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00302896  normal  0.843154 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5126  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  27.59 
 
 
291 aa  55.1  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.170004  normal  0.0750337 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0488  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  28.75 
 
 
281 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2788  Methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H)  27.59 
 
 
310 aa  55.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.419297  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1758  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  30.71 
 
 
295 aa  55.1  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1345  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  27.94 
 
 
308 aa  54.7  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.407843  hitchhiker  0.000920684 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3034  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  27.4 
 
 
291 aa  54.3  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.222741 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5026  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  27.04 
 
 
281 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4850  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  27.04 
 
 
281 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0546784 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0642  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  23.08 
 
 
298 aa  54.3  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1992  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  26.97 
 
 
291 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.000000776799  normal  0.337398 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_28431  predicted protein  23.7 
 
 
634 aa  53.9  0.000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.120876  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3734  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  25 
 
 
298 aa  53.9  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.130481  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1089  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  25.57 
 
 
290 aa  53.9  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03550  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  29.01 
 
 
281 aa  53.5  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3044  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  25.93 
 
 
289 aa  53.1  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.208666  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3477  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  27.37 
 
 
305 aa  53.1  0.000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.112199  hitchhiker  0.00918813 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0522  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  24.66 
 
 
296 aa  53.1  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2525  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  27.09 
 
 
316 aa  52.8  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.0000000000354745  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2393  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  25.62 
 
 
284 aa  52.8  0.000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.235833  normal  0.350806 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3250  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  28.57 
 
 
305 aa  52.8  0.000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.670776  normal  0.484115 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0933  methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H)  23.97 
 
 
284 aa  52  0.00001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4039  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  23.08 
 
 
296 aa  52  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2878  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  24.56 
 
 
313 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.856826  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0620  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  29.03 
 
 
279 aa  52  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0731  methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H)  27.21 
 
 
305 aa  52  0.00001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0215  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  29.01 
 
 
276 aa  51.2  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.474341  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0599  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  29.03 
 
 
279 aa  51.6  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0867  Methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H)  29.05 
 
 
317 aa  51.2  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006681  CNL04820  methylenetetrahydrofolate reductase (NADPH), putative  26.5 
 
 
617 aa  50.8  0.00003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.999767  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0183  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  26.58 
 
 
274 aa  50.8  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.562647  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0482  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  31.02 
 
 
291 aa  50.8  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.971858  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2896  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  27.16 
 
 
286 aa  50.8  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0692  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  27.54 
 
 
272 aa  50.8  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000194482  unclonable  0.000000000127629 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1367  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  23.79 
 
 
285 aa  50.8  0.00003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0535  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  27.54 
 
 
272 aa  50.8  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.64764  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0182  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  29.5 
 
 
276 aa  50.1  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.344153  normal  0.0379106 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0537  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  23.64 
 
 
284 aa  50.1  0.00005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.854439  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3800  Methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H)  25.62 
 
 
318 aa  50.1  0.00005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.880865  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23510  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  29.37 
 
 
286 aa  50.1  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000341345 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0051  Methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H)  23.73 
 
 
323 aa  50.1  0.00005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.756837  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0137  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  26.18 
 
 
289 aa  49.7  0.00006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.455806  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0091  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase oxidoreductase protein  27.86 
 
 
276 aa  49.7  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2367  Deleted entry  25.33 
 
 
323 aa  49.7  0.00007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.38264  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2925  methylenetetrahydrofolate reductase  27.93 
 
 
305 aa  49.7  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.760958  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1389  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  25.62 
 
 
298 aa  49.3  0.00008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.695264  hitchhiker  0.000418344 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3335  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  28.57 
 
 
276 aa  49.3  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0538  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  25.11 
 
 
295 aa  49.3  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0566  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  25.11 
 
 
295 aa  49.3  0.00009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3774  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  25.11 
 
 
295 aa  49.3  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0562  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  25.11 
 
 
295 aa  49.3  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0618  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  25.11 
 
 
295 aa  49.3  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3658  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  28.57 
 
 
276 aa  49.3  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0674  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  25.99 
 
 
294 aa  48.5  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.363262  normal  0.312205 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0172  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  26.92 
 
 
276 aa  48.9  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.010717  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3544  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  28.37 
 
 
306 aa  48.9  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.373461 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0977  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  27.61 
 
 
293 aa  48.9  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.310623  normal  0.108882 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>