More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_3854 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3124  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  587  1e-167  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3854  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  587  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 298 aa  211  9e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 297 aa  211  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 296 aa  209  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 313 aa  207  1e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.46 
 
 		 293 aa  206  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 299 aa  202  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 313 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 294 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 295 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  36.77 
 
 		 300 aa  195  8.000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 301 aa  192  7e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2713  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 300 aa  189  5e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  36.95 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  34.92 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 301 aa  187  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.7 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 399 aa  186  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.93 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  34.25 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 296 aa  186  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 299 aa  185  8e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 304 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 327 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 298 aa  182  4.0000000000000006e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.59 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 322 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  35.71 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 296 aa  182  8.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 299 aa  182  9.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 299 aa  182  9.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 298 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  39.01 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.33 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 291 aa  181  1e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 319 aa  181  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.58 
 
 		 300 aa  180  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.81 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 342 aa  180  2e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 300 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0549  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0269293 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 309 aa  180  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 326 aa  181  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 312 aa  180  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 344 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  37.1 
 
 		 289 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.3 
 
 		 304 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 293 aa  179  7e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  36.7 
 
 		 309 aa  179  7e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 289 aa  179  7e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 302 aa  178  8e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  34.25 
 
 		 328 aa  178  9e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>