81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_3078 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_3078  CopG family transcriptional regulator  100 
 
 		 157 aa  309  9e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal  0.368123 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3433  CopG family transcriptional regulator  98.09 
 
 		 157 aa  303  7e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.022435  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1293  putative transcriptional regulator, CopG family  44.65 
 
 		 159 aa  144  5e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3341  nickel responsive regulator  43.08 
 
 		 138 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.370359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3004  nickel responsive regulator  40.15 
 
 		 138 aa  91.3  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.37343 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6071  CopG family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 153 aa  88.2  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2412  nickel responsive regulator  34.04 
 
 		 140 aa  84.3  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.0049093  normal  0.0222031 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0039  CopG family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 152 aa  80.5  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.248709 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5239  nickel responsive regulator  33.87 
 
 		 147 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3039  nickel responsive regulator  31.91 
 
 		 139 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0271  transcriptional regulator NikR, CopG family  32.58 
 
 		 135 aa  77  0.00000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1234  nickel responsive regulator  30.67 
 
 		 153 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6191  CopG family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 167 aa  75.9  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0220  transcriptional regulator NikR, CopG family  32.84 
 
 		 139 aa  74.3  0.0000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3947  nickel responsive regulator  32.58 
 
 		 154 aa  72.8  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3111  nickel responsive regulator  33.08 
 
 		 164 aa  72  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0755  nickel responsive regulator  29.55 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0805  nickel responsive regulator  29.55 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.822913  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1953  nickel responsive regulator  32.54 
 
 		 167 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.414583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2805  nickel responsive regulator  30.08 
 
 		 156 aa  69.3  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.20015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4064  CopG family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 147 aa  67.8  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.516784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1765  nickel responsive regulator  33.33 
 
 		 138 aa  67.4  0.00000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2008  CopG family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 139 aa  67.4  0.00000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2980  nickel responsive regulator  25.93 
 
 		 139 aa  65.5  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2956  nickel responsive regulator  28.36 
 
 		 139 aa  63.9  0.0000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0649578  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0772  nickel responsive regulator  25.93 
 
 		 139 aa  62.4  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1839  nickel responsive regulator  33.83 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.442629  normal  0.0456101 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0234  putative transcriptional regulator, CopG family  32.33 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03283  hypothetical protein  32.33 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3965  nickel responsive regulator  32.33 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3680  nickel responsive regulator  32.33 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0235  nickel responsive regulator  32.33 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4821  nickel responsive regulator  32.33 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3765  nickel responsive regulator  30.36 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03330  nickel responsive regulator  32.33 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3840  nickel responsive regulator  32.33 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7612  nickel responsive regulator  29.77 
 
 		 132 aa  61.6  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3776  nickel responsive regulator  30.36 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.472074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0494  nickel responsive regulator  23.7 
 
 		 139 aa  60.1  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3853  nickel responsive regulator  32.33 
 
 		 145 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3896  nickel responsive regulator  32.33 
 
 		 145 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3786  nickel responsive regulator  32.33 
 
 		 145 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3956  nickel responsive regulator  32.33 
 
 		 145 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1768  putative transcriptional regulator, CopG family  27.48 
 
 		 135 aa  60.5  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.123509  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0474  nickel responsive regulator  27.61 
 
 		 139 aa  59.7  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0139967 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0193  nickel responsive regulator  24.59 
 
 		 143 aa  59.3  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0129549  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2090  nickel responsive regulator  25.6 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000414666  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1855  CopG family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 156 aa  57.8  0.00000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3562  nickel responsive regulator  24.8 
 
 		 139 aa  56.6  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0076  CopG family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 151 aa  56.6  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3628  nickel responsive regulator  24.8 
 
 		 139 aa  56.6  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1344  putative transcriptional regulator, CopG family  27.78 
 
 		 147 aa  56.6  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000723092  unclonable  0.00000108063 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1320  nickel responsive regulator  26.12 
 
 		 139 aa  56.2  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00541993 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1371  transcriptional regulator NikR, CopG family  23.66 
 
 		 135 aa  55.8  0.0000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.551897  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0355  nickel responsive regulator  26.98 
 
 		 137 aa  54.3  0.0000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000375481  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3231  nickel responsive regulator  25.2 
 
 		 139 aa  53.5  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.758254  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1897  nickel responsive regulator  26.19 
 
 		 137 aa  53.1  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2003  putative transcriptional regulator, CopG family  25 
 
 		 134 aa  52.4  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000417208  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4446  CopG family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 154 aa  52.8  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0870  nickel-responsive regulator  27.61 
 
 		 138 aa  52.8  0.000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2765  nickel responsive regulator  25.4 
 
 		 139 aa  52.4  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.648121  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1100  NikR nickel binding protein  24.59 
 
 		 137 aa  50.8  0.000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1135  putative transcriptional regulator, CopG family  26.98 
 
 		 131 aa  50.8  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.548865 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0210  transcriptional regulator NikR, CopG family  26.56 
 
 		 140 aa  50.4  0.000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.547655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0488  CopG family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 134 aa  50.4  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.632627  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0193  CopG family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 132 aa  47.4  0.00008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.272405 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00610  predicted transcriptional regulator with CopG/Arc/MetJ DNA-binding domain protein and metal-binding domain protein  25.2 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0616517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3086  putative transcriptional regulator, CopG family  23.53 
 
 		 150 aa  46.2  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.817448  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2218  nickel responsive regulator  24 
 
 		 141 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0455847  hitchhiker  0.00550238 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1397  putative transcriptional regulator, CopG family  26.23 
 
 		 139 aa  44.7  0.0005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.640554  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3075  transcriptional regulator NikR, CopG family  24.22 
 
 		 140 aa  44.3  0.0007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.251737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0934  nickel responsive regulator  25.38 
 
 		 140 aa  43.9  0.0008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1674  nickel-responsive regulator  23.97 
 
 		 136 aa  43.9  0.0008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.750347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0795  transcriptional regulator NikR, CopG family  23.53 
 
 		 148 aa  43.9  0.0008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1563  CopG family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 130 aa  43.1  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1664  nickel responsive regulator  26.56 
 
 		 141 aa  42.4  0.002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1201  nickel responsive regulator  26.19 
 
 		 141 aa  42.7  0.002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2041  CopG family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 140 aa  43.1  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000563555  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0507  nickel responsive regulator  24.62 
 
 		 140 aa  43.1  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00550  predicted transcriptional regulator with CopG/Arc/MetJ DNA-binding domain and metal-binding domain  21.71 
 
 		 172 aa  42  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0327438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0929  nickel responsive regulator  26.56 
 
 		 141 aa  42  0.003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>