More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1616 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1616  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  100 
 
 
239 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.064801  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0032  sigma factor FliA (sigma-28 group, flagellar)  92.86 
 
 
239 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1662  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  92.86 
 
 
239 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.798298  normal  0.0434803 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1281  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.07 
 
 
242 aa  181  8.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1175  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  42.11 
 
 
253 aa  162  3e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.216131  normal  0.392171 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1338  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.75 
 
 
241 aa  158  8e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.426403  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3096  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.37 
 
 
237 aa  153  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  39.37 
 
 
237 aa  153  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.374768 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0596  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.46 
 
 
237 aa  147  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1622  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.44 
 
 
238 aa  146  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00524411 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2902  RNA polymerase, sigma 28 subunit  37.95 
 
 
248 aa  145  6e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5619  sigma-70 region 4  38.98 
 
 
238 aa  143  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.496645  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3702  RNA polymerase sigma 28 (sigma F) factor  38.14 
 
 
238 aa  143  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0322756 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.77 
 
 
238 aa  143  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3081  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  35.45 
 
 
237 aa  143  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0439211  normal  0.490466 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1862  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.06 
 
 
247 aa  142  6e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.347265  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2934  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.01 
 
 
257 aa  142  7e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142861  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3710  sigma 28 (flagella/sporulation)  34.84 
 
 
238 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3074  sigma 28 (flagella/sporulation)  34.35 
 
 
244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.891855  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0929  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.05 
 
 
241 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1180  RNA polymerase sigma-70 factor  36.92 
 
 
236 aa  139  6e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.2 
 
 
247 aa  138  8.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1948  flagellar biosynthesis sigma factor  37.39 
 
 
244 aa  137  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1746  flagellar biosynthesis sigma factor  35.59 
 
 
238 aa  137  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1746  flagellar biosynthesis sigma factor  34.51 
 
 
238 aa  137  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3428  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.97 
 
 
245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2155  Sigma28 (flagella)  36.84 
 
 
234 aa  135  5e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1390  flagellar biosynthesis sigma factor  37.04 
 
 
253 aa  134  9e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2843  flagellar biosynthesis sigma factor  37.74 
 
 
244 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.540839  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0743  sigma-70 region 4  35.11 
 
 
248 aa  134  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0058  flagellar biosynthesis sigma factor  37.74 
 
 
243 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4070  flagellar biosynthesis sigma factor  37.74 
 
 
253 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0910892  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1699  flagellar biosynthesis sigma factor  37.74 
 
 
244 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621105  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4182  flagellar biosynthesis sigma factor  37.74 
 
 
253 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.142926  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3921  flagellar biosynthesis sigma factor  37.74 
 
 
244 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3132  flagellar biosynthesis sigma factor  37.74 
 
 
244 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3840  flagellar biosynthesis sigma factor  37.74 
 
 
244 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3419  flagellar biosynthesis sigma factor  37.74 
 
 
244 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3166  flagellar biosynthesis sigma factor  37.74 
 
 
243 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0179  flagellar biosynthesis sigma factor  38.21 
 
 
244 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.123657 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.17 
 
 
262 aa  133  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2805  flagellar biosynthesis sigma factor  36.4 
 
 
248 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.838536  normal  0.135389 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3872  flagellar biosynthesis sigma factor  34.18 
 
 
239 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107932  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002832  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  36.36 
 
 
244 aa  132  5e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000415282  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03144  flagellar biosynthesis sigma factor  36.36 
 
 
244 aa  132  5e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45630  flagellar biosynthesis sigma factor  34.18 
 
 
247 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531213  normal  0.225194 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2960  flagellar biosynthesis sigma factor  35.59 
 
 
244 aa  132  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal  0.239261 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  35.65 
 
 
231 aa  132  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06209  RNA polymerase sigma factor FliA  37.18 
 
 
251 aa  132  6.999999999999999e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.795953  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2164  flagellar protein FliS  35.16 
 
 
250 aa  132  6.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.980839  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00957  RNA polymerase sigma factor FliA  37.18 
 
 
251 aa  132  6.999999999999999e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.651524  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0134  flagellar biosynthesis sigma factor  35.59 
 
 
244 aa  131  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0477  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  35.75 
 
 
247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.965458  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.56 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2290  flagellar biosynthesis sigma factor  34.56 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  37.1 
 
 
232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3800  flagellar biosynthesis sigma factor  35.17 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353237  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1979  motility sigma factor FliA  36.2 
 
 
246 aa  129  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317165  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3437  flagellar biosynthesis sigma factor  36.2 
 
 
246 aa  129  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0675365  normal  0.612127 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1563  flagellar biosynthesis sigma factor  35.29 
 
 
246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.074099  normal  0.0505791 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1654  flagellar biosynthesis sigma factor  36.84 
 
 
244 aa  129  6e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000445498  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2836  flagellar biosynthesis sigma factor  36.79 
 
 
243 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0271  flagellar biosynthesis sigma factor  36.79 
 
 
243 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.842416  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0253  flagellar biosynthesis sigma factor  36.79 
 
 
243 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910548  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0985  RNA polymerase, sigma 28 subunit  35.84 
 
 
242 aa  128  8.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.337517 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3374  flagellar biosynthesis sigma factor  36.79 
 
 
244 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300341  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0185  flagellar biosynthesis sigma factor  36.79 
 
 
243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0747  sigma 28 (flagella/sporulation)  33.18 
 
 
241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.592046  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3037  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  31.65 
 
 
260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3667  flagellar biosynthesis sigma factor  35.45 
 
 
246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0670648  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0198  flagellar biosynthesis sigma factor  36.79 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.410275  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4341  flagellar biosynthesis sigma factor  35.43 
 
 
246 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  0.695948 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1526  flagellar biosynthesis sigma factor  35.43 
 
 
246 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733925  normal  0.50237 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1249  RNA polymerase sigma-70 factor  32.88 
 
 
246 aa  125  8.000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.923056  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1519  flagellar biosynthesis sigma factor  31.34 
 
 
239 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3994  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  33.92 
 
 
266 aa  124  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  35.96 
 
 
240 aa  123  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3910  flagellar biosynthesis sigma factor  34.53 
 
 
246 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2112  flagellar biosynthesis sigma factor  36.75 
 
 
239 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.970254  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3030  flagellar biosynthesis sigma factor  33.48 
 
 
242 aa  122  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02870  flagellar biosynthesis sigma factor  31.69 
 
 
243 aa  122  6e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000184148  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2118  flagellar biosynthesis sigma factor  37.33 
 
 
229 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000381946 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1164  flagellar biosynthesis sigma factor  37.33 
 
 
229 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.072114  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1287  flagellar biosynthesis sigma factor  37.33 
 
 
229 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.867666  hitchhiker  0.000600244 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2171  flagellar biosynthesis sigma factor  37.33 
 
 
229 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000579574 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1558  flagellar biosynthesis sigma factor  35.68 
 
 
240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3053  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  33.33 
 
 
250 aa  119  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2559  flagellar biosynthesis sigma factor  34.26 
 
 
237 aa  119  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2030  RNA polymerase sigma factor SigD  34.05 
 
 
251 aa  119  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1724  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.33 
 
 
239 aa  119  6e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0719948  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1260  flagellar biosynthesis sigma factor  34.33 
 
 
239 aa  119  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0429  sigma 28 (flagella/sporulation)  32.46 
 
 
250 aa  119  6e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2696  flagellar biosynthesis sigma factor  34.33 
 
 
239 aa  119  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.099334 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0717  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  32.26 
 
 
239 aa  118  6e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1717  flagellar biosynthesis sigma factor  34.33 
 
 
239 aa  119  6e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2156  flagellar biosynthesis sigma factor  34.33 
 
 
239 aa  119  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1359  flagellar biosynthesis sigma factor  34.26 
 
 
237 aa  118  7e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.273626  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2919  flagellar biosynthesis sigma factor  34.1 
 
 
237 aa  118  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.429378  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1454  flagellar biosynthesis sigma factor  34.1 
 
 
237 aa  118  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.375178  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2021  flagellar biosynthesis sigma factor  34.33 
 
 
239 aa  118  9e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>