More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_B0047 on replicon NC_007641
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007641  Rru_B0047  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 344 aa  714    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436263  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4280  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.55 
 
 		 345 aa  388  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0400  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.33 
 
 		 372 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0880  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.33 
 
 		 372 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1408  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.09 
 
 		 343 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.261651 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1630  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.01 
 
 		 346 aa  381  1e-105  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333823  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.92 
 
 		 345 aa  384  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0492  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.17 
 
 		 344 aa  382  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1701  GDP-mannose 4,6 dehydratase  54.01 
 
 		 346 aa  381  1e-105  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.286403  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.87 
 
 		 346 aa  381  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3277  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.46 
 
 		 344 aa  380  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0757  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.87 
 
 		 346 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1158  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.33 
 
 		 344 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00134514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0759  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.57 
 
 		 346 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582452  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1799  GDP-mannose 4,6 dehydratase  54.79 
 
 		 355 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3152  normal  0.0668302 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1005  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.87 
 
 		 348 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.403291  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1680  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.98 
 
 		 344 aa  375  1e-103  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1271  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.27 
 
 		 346 aa  375  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0368373 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2890  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.41 
 
 		 343 aa  372  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.657822  normal  0.291192 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2592  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.41 
 
 		 339 aa  372  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0916  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.59 
 
 		 343 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3292  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.41 
 
 		 343 aa  372  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.694312  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1069  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.98 
 
 		 347 aa  373  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.390497 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2977  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.41 
 
 		 339 aa  372  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.52 
 
 		 348 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.879039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3358  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.52 
 
 		 348 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.591242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2115  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.94 
 
 		 348 aa  371  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194091  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.12 
 
 		 346 aa  370  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.64 
 
 		 348 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6734  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.37 
 
 		 344 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3970  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.64 
 
 		 348 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3559  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.64 
 
 		 348 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0335248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4612  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.91 
 
 		 347 aa  367  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.714119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1965  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.6 
 
 		 347 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.6 
 
 		 347 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.666066  normal  0.301311 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0690  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.03 
 
 		 347 aa  363  3e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00490394  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  49.86 
 
 		 373 aa  362  4e-99  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1711  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.13 
 
 		 330 aa  362  7.0000000000000005e-99  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1704  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.89 
 
 		 344 aa  361  1e-98  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0232343  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0758  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.17 
 
 		 347 aa  359  3e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0627474  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2295  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.17 
 
 		 347 aa  359  3e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0502351  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2434  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.88 
 
 		 347 aa  358  6e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.186201  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1709  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.88 
 
 		 347 aa  358  6e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0269381  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1868  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.88 
 
 		 347 aa  358  6e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.350001  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1660  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.88 
 
 		 347 aa  358  6e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0540  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.88 
 
 		 347 aa  358  6e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0340  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.94 
 
 		 350 aa  358  7e-98  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000850961 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4012  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51 
 
 		 357 aa  358  8e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.562545  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.57 
 
 		 334 aa  358  9.999999999999999e-98  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2084  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.61 
 
 		 324 aa  357  9.999999999999999e-98  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.15 
 
 		 345 aa  353  2e-96  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3217  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.17 
 
 		 321 aa  349  5e-95  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3928  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.17 
 
 		 324 aa  348  9e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.9 
 
 		 325 aa  348  9e-95  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.3 
 
 		 361 aa  346  3e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.86 
 
 		 367 aa  343  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1932  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.04 
 
 		 353 aa  343  2.9999999999999997e-93  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.589078 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3814  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.47 
 
 		 360 aa  342  4e-93  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.953325  normal  0.405066 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.57 
 
 		 361 aa  342  5e-93  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0522  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.57 
 
 		 362 aa  342  7e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.14 
 
 		 363 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2843  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.72 
 
 		 362 aa  340  2.9999999999999998e-92  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1923  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.57 
 
 		 359 aa  340  2.9999999999999998e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.578659  normal  0.864029 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.3 
 
 		 363 aa  339  4e-92  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.29 
 
 		 368 aa  339  5e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1429  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.29 
 
 		 369 aa  338  7e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0425  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.72 
 
 		 353 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5712  GDP-mannose 4,6-dehydratase (GDP-D-mannose dehydratase)  48.71 
 
 		 361 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.14 
 
 		 360 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.55 
 
 		 351 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0419  GDP-mannose 4,6-dehydratase Bme9  48.99 
 
 		 356 aa  336  3.9999999999999995e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.171719  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.06 
 
 		 323 aa  335  5e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0362  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.7 
 
 		 356 aa  335  7e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.211696  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.33 
 
 		 362 aa  334  1e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71990  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.47 
 
 		 323 aa  335  1e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5682  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.88 
 
 		 323 aa  334  2e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0652  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.06 
 
 		 400 aa  333  2e-90  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.150458  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0821  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.14 
 
 		 372 aa  333  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3251  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.43 
 
 		 372 aa  334  2e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1491  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.03 
 
 		 360 aa  334  2e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0773  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.03 
 
 		 360 aa  333  2e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1053  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.45 
 
 		 333 aa  333  3e-90  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1307  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.45 
 
 		 363 aa  333  3e-90  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.111837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.25 
 
 		 342 aa  332  4e-90  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.34 
 
 		 322 aa  332  5e-90  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.86 
 
 		 372 aa  332  6e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.713411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0508  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.55 
 
 		 327 aa  332  8e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.174744  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1288  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.43 
 
 		 361 aa  331  1e-89  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1311  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.2 
 
 		 360 aa  331  1e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.782429 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0253  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.26 
 
 		 356 aa  330  2e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1525  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.97 
 
 		 360 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1146  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.85 
 
 		 372 aa  329  4e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1249  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.28 
 
 		 355 aa  329  4e-89  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0173  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.22 
 
 		 327 aa  329  4e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50 
 
 		 364 aa  329  5.0000000000000004e-89  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1085  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.3 
 
 		 372 aa  328  8e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6329  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.58 
 
 		 354 aa  328  9e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3372  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.84 
 
 		 371 aa  328  9e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2364  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.99 
 
 		 365 aa  328  1.0000000000000001e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000029315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13991  gdpmannose 4,6-dehydratase  47.27 
 
 		 380 aa  328  1.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.193432  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>