More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3305 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3305  ABC transporter component  100 
 
 
242 aa  483  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1436  ABC transporter related  70.34 
 
 
237 aa  333  1e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.450427 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3756  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  62.24 
 
 
248 aa  312  2.9999999999999996e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4076  ABC transporter related  63.52 
 
 
234 aa  311  5.999999999999999e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.229588 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2518  ABC transporter related  62.76 
 
 
248 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.778502  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3245  ABC transporter related  65.13 
 
 
246 aa  310  1e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0694781  normal  0.303257 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3166  ABC transporter related  63.07 
 
 
248 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.633767  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4448  ABC transporter related  66.23 
 
 
244 aa  309  2e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186426  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8051  ABC transporter related  66.23 
 
 
244 aa  309  2e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.215177  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2954  ABC transporter related  61.92 
 
 
254 aa  306  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.115502  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2330  ABC transporter related  62.45 
 
 
248 aa  305  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109731  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3528  ABC transporter related  62.23 
 
 
234 aa  305  4.0000000000000004e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.140844  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0937  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  64.35 
 
 
240 aa  305  6e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0476932  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2929  ABC transporter related  65.22 
 
 
230 aa  304  9.000000000000001e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1673  ABC transporter related  63.48 
 
 
251 aa  303  2.0000000000000002e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.646828  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0056  ABC transporter related  61.86 
 
 
246 aa  298  6e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.679259  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1076  ABC transporter related  59.57 
 
 
234 aa  295  4e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000101179  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0007  ABC transporter related  60.7 
 
 
234 aa  291  7e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0678223 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3370  ABC transporter related  58.33 
 
 
241 aa  290  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3519  ABC transporter-related protein  57.32 
 
 
241 aa  289  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.348394 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3592  ABC transporter-related protein  58.26 
 
 
239 aa  290  2e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6435  ABC transporter related  61.14 
 
 
234 aa  289  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.942423  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1678  ABC transporter related  58.26 
 
 
239 aa  286  2e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0084  ABC transporter related  58.8 
 
 
251 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.911043  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0086  ABC transporter related  59.66 
 
 
251 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610645  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0075  ABC transporter related  59.66 
 
 
251 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0102  ABC transporter related  58.8 
 
 
251 aa  285  7e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2971  ABC transporter related  58.8 
 
 
251 aa  285  7e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0084  ABC transporter related  58.8 
 
 
251 aa  285  7e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4074  ABC transporter related  57.79 
 
 
241 aa  285  7e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.553322 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2993  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60.09 
 
 
251 aa  284  8e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.399368  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4066  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  60.09 
 
 
251 aa  284  8e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0199  putative branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding subunit  60.09 
 
 
251 aa  284  8e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.24485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3376  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60.09 
 
 
251 aa  284  8e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1608  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60.09 
 
 
251 aa  284  8e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3992  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  60.09 
 
 
251 aa  284  8e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5163  ABC transporter related  60.85 
 
 
236 aa  283  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.726387  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0007  ABC transporter related  58.08 
 
 
234 aa  284  1.0000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.315079  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3914  ABC transporter related  58.75 
 
 
252 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3755  ABC transporter ATP-binding protein  58.62 
 
 
237 aa  282  3.0000000000000004e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.206178 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6267  ABC transporter related  57.98 
 
 
239 aa  281  5.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3343  ABC transporter ATP-binding protein  57.61 
 
 
246 aa  281  9e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.915903  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3538  ABC transporter related  57.61 
 
 
246 aa  280  1e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0777529 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3330  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  58.8 
 
 
251 aa  280  1e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3212  ABC transporter related  57.61 
 
 
246 aa  281  1e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5955  ABC transporter related  57.58 
 
 
247 aa  280  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0145925  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3266  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  57.51 
 
 
251 aa  279  2e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1376  ABC transporter related  56.3 
 
 
240 aa  280  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.374961  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3048  ABC transporter related  58.37 
 
 
251 aa  280  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2467  ABC transporter related  57.94 
 
 
237 aa  278  7e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.766044  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2866  ABC transporter related  60.61 
 
 
233 aa  278  7e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.699047 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3121  ABC transporter related  57.08 
 
 
237 aa  278  7e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.48298  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1281  ABC transporter-related protein  58.8 
 
 
237 aa  276  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.403275  normal  0.295015 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3486  ABC transporter related  57.26 
 
 
238 aa  276  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.265059  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0018  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  58.44 
 
 
252 aa  275  4e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1715  ABC transporter related  58.87 
 
 
234 aa  275  6e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0199922  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3781  ABC transporter related  54.77 
 
 
245 aa  274  7e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0955  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein LivF, putative  58.47 
 
 
241 aa  273  2.0000000000000002e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.374857  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4027  ABC transporter related  56.9 
 
 
232 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.578971  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1400  ABC transporter related  58.97 
 
 
239 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.656641  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3290  ABC transporter related  56.9 
 
 
232 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.116153  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3295  ABC branched-chain amino acid transporter, ATPase subunit  56.47 
 
 
232 aa  272  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123926  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0896  putative branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein LivF  58.05 
 
 
241 aa  270  2e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.54469  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6727  ABC transporter related  56.96 
 
 
233 aa  267  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2136  ABC branched-chain amino acid transporter, ATPase subunit  55.97 
 
 
243 aa  266  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1821  ABC transporter related  57.39 
 
 
243 aa  265  4e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5821  ABC transporter related  56.52 
 
 
233 aa  265  5e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.602049  normal  0.151305 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2029  ABC transporter related  55.06 
 
 
246 aa  255  4e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.178802  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2580  ABC transporter related protein  53.91 
 
 
230 aa  248  8e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.630043  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3521  ABC transporter related  58.65 
 
 
236 aa  245  4e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.295541  normal  0.330218 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1802  ABC transporter related  50.87 
 
 
230 aa  236  3e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.639319  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1792  ABC transporter related  50.43 
 
 
230 aa  232  4.0000000000000004e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519176 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4268  ABC transporter related  49.14 
 
 
234 aa  217  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4479  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter ATP binding protein  50.43 
 
 
234 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00225011  hitchhiker  0.00953157 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0655  ABC transporter related  52.4 
 
 
231 aa  214  9e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.139364 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0661  ABC transporter related  52.4 
 
 
231 aa  214  9e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.579097  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0615  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  52.4 
 
 
231 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3827  ABC transporter related  49.79 
 
 
237 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4904  ABC transporter related  49.79 
 
 
237 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3208  ABC transporter related  47.6 
 
 
231 aa  211  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365386  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4754  ABC transporter-related protein  48.52 
 
 
234 aa  209  4e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4185  ABC transporter related protein  48.93 
 
 
238 aa  206  2e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0263202  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0225  ABC transporter related  45.26 
 
 
237 aa  204  1e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.633175  normal  0.041415 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2562  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  46.52 
 
 
233 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2306  ABC transporter related protein  44.44 
 
 
236 aa  203  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0761  ABC transporter related  49.76 
 
 
237 aa  202  4e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3462  ABC transporter related  48.73 
 
 
235 aa  201  7e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6570  ABC transporter related  45.65 
 
 
233 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0192562  normal  0.0138442 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3456  ABC transporter related  45.93 
 
 
236 aa  199  3e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1048  ABC transporter related  46.41 
 
 
236 aa  199  3e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3165  ABC transporter related  47.86 
 
 
241 aa  198  6e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.317931  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2175  ABC transporter related protein  44.21 
 
 
232 aa  196  2.0000000000000003e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.549091  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4329  ABC transporter related  45.06 
 
 
237 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1853  ABC transporter-related protein  50.23 
 
 
235 aa  196  3e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5724  ABC transporter related  49.28 
 
 
233 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6088  ABC transporter related  49.28 
 
 
233 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.89804  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0660  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  44.64 
 
 
237 aa  195  6e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4464  ABC transporter related  43.35 
 
 
237 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.335127  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4207  ABC transporter related  47.41 
 
 
232 aa  194  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.391697  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0157  ABC transporter related  46.44 
 
 
259 aa  194  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>