More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3130 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3130  ABC transporter component  100 
 
 
316 aa  641    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00961649  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0164  ABC transporter ATP-binding protein  63.25 
 
 
321 aa  386  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0222802  normal  0.939633 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4664  ABC transporter related  63.04 
 
 
318 aa  386  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.019733  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0053  ABC transporter related  61.54 
 
 
326 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0056  ABC transporter related  60.38 
 
 
326 aa  383  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2926  ABC transporter related  63.95 
 
 
316 aa  375  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3453  ABC transporter related  61.74 
 
 
323 aa  375  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155551  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1793  ABC transporter related  61.39 
 
 
313 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00000132087  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5304  putative ABC transporter ATP-binding protein  62.16 
 
 
311 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.664589  normal  0.137036 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1036  ABC transporter related  62.29 
 
 
328 aa  370  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4328  ABC transporter related  58.84 
 
 
318 aa  369  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.786292 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4311  ABC transporter related  62.37 
 
 
317 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0718  ABC transporter related  60.6 
 
 
314 aa  367  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.226076  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1720  ABC transporter, ATPase subunit  59.87 
 
 
315 aa  365  1e-100  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.062047  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0403  ABC transporter, ATP-binding protein  61.82 
 
 
305 aa  362  4e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3667  ABC transporter related  61.56 
 
 
311 aa  362  6e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0349  ABC transporter-related protein  62.67 
 
 
328 aa  360  2e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2055  export ABC transporter ATP-binding protein  56.48 
 
 
312 aa  357  1.9999999999999998e-97  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.35923  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1083  ABC transport system ATPase component  60.68 
 
 
304 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.323648 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0147  ABC transporter, ATP-binding protein  56.15 
 
 
309 aa  354  1e-96  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000626362  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1745  ABC transporter, ATPase subunit  57.76 
 
 
322 aa  353  2e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0173616  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0408  ABC transporter related  63.21 
 
 
331 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.300517  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4163  ABC transporter related  56.82 
 
 
323 aa  347  1e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.417858  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3690  ABC transporter related  57.1 
 
 
323 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5056  ABC transporter related  62.67 
 
 
302 aa  341  7e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.844299 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0457  ABC transporter related  60.19 
 
 
331 aa  341  8e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0665642  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1341  ABC transporter related  52.96 
 
 
317 aa  327  2.0000000000000001e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0699  ATPase  56.86 
 
 
354 aa  325  4.0000000000000003e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2708  ABC transporter related  59.34 
 
 
691 aa  310  2e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.163982  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0505  ABC transporter related  53.87 
 
 
308 aa  309  5e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.509772  normal  0.852772 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1900  ABC transporter related  49.2 
 
 
314 aa  283  2.0000000000000002e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0738  hypothetical protein  42.12 
 
 
308 aa  273  2.0000000000000002e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4202  ABC transporter related  45.36 
 
 
335 aa  271  7e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.933672  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1355  ABC transporter related  47.99 
 
 
315 aa  270  2e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000405969  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0719  hypothetical protein  42.12 
 
 
308 aa  269  5e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06358  ABC transporter component  40.86 
 
 
308 aa  263  4e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2574  ABC transporter related  44.41 
 
 
346 aa  258  6e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2749  ABC transporter related  44.41 
 
 
346 aa  258  8e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0859  ABC transporter related  43.83 
 
 
319 aa  257  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0838587  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1249  ABC transporter, ATP-binding protein  42.76 
 
 
323 aa  256  3e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2641  ABC transporter related  45.67 
 
 
346 aa  256  4e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1264  putative ABC transporter, ATP-binding protein  42.42 
 
 
308 aa  256  5e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000993133  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1421  ABC transporter related  44.08 
 
 
317 aa  254  9e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3588  putative ABC-type multidrug transport system, ATPase component  43.81 
 
 
322 aa  255  9e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0973  ABC transporter related  41.8 
 
 
319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0657  ABC transporter-related protein  44.41 
 
 
320 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00186139 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001403  ABC-type multidrug transport system ATPase component  39.8 
 
 
308 aa  253  2.0000000000000002e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3276  ABC transporter related protein  42.43 
 
 
319 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1149  ABC transporter related  44.44 
 
 
324 aa  252  5.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.283923  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1514  ABC transporter related  44.12 
 
 
318 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1523  ABC transporter related  44.12 
 
 
318 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2832  ABC transporter related  44.12 
 
 
318 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.442904  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1912  ABC multidrug efflux pump, ATPase subunit  43.65 
 
 
316 aa  251  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0244419  normal  0.149204 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1761  ABC transporter related  46.37 
 
 
322 aa  250  2e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.726529  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1550  ABC transporter related  44.12 
 
 
318 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2448  ABC transporter-related protein  45.76 
 
 
314 aa  250  3e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0426  ABC transporter-related protein  41.37 
 
 
340 aa  249  4e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2108  ABC transporter related  45.48 
 
 
325 aa  248  1e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.947862  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1780  ABC transporter related protein  46.45 
 
 
312 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.150839  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4362  ABC transporter related  40.53 
 
 
322 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0586  ABC transporter-related protein  41.58 
 
 
327 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.737047  hitchhiker  0.000179773 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0874  ABC transporter related  41.83 
 
 
313 aa  243  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.32724 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1605  ABC transporter, ATP-binding protein  43.29 
 
 
309 aa  239  5e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.692946  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2905  ABC transporter related  53 
 
 
512 aa  239  5.999999999999999e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.725658  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1293  ABC transporter, ATP-binding protein  43.19 
 
 
350 aa  237  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.906267  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3538  ABC transporter related  41.33 
 
 
323 aa  237  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2809  ABC transporter related  50.69 
 
 
255 aa  236  3e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.640321 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1588  ABC transporter related  41.78 
 
 
307 aa  236  4e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.187855  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3462  ABC transporter-related protein  43.05 
 
 
308 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0918  ABC transporter related  44.19 
 
 
333 aa  233  3e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.800734 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2106  ABC transporter related  44.13 
 
 
311 aa  233  4.0000000000000004e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1913  ABC multidrug efflux pump, ATPase subunit  42.21 
 
 
314 aa  232  6e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173813  normal  0.389183 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5639  ABC transporter related  46.82 
 
 
248 aa  229  6e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.307001 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1763  ABC transporter related  42.72 
 
 
311 aa  227  2e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.612212  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0114  ABC transporter related  46.3 
 
 
270 aa  227  2e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3106  ABC transporter related  50.7 
 
 
510 aa  225  9e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1795  ABC transporter related  53.64 
 
 
578 aa  224  1e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2918  ABC transporter related  47.89 
 
 
247 aa  224  1e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.79893  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00600  ABC transporter, ATP binding component  52.02 
 
 
593 aa  221  9.999999999999999e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.248095  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3277  ABC transporter related protein  42.35 
 
 
307 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0115  ABC transporter related  37.79 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1148  ABC transporter related  39.53 
 
 
307 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00842419  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4697  ABC transporter related  46.25 
 
 
582 aa  219  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.793973  normal  0.717601 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00761  fused predicted transporter subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  47.3 
 
 
578 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2848  ABC transporter related protein  47.3 
 
 
578 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2849  ABC transporter related  47.3 
 
 
578 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.037407 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0848  ABC transporter, ATP-binding protein  47.3 
 
 
578 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2558  ABC transporter, ATP-binding protein  47.3 
 
 
578 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.943618  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00778  hypothetical protein  47.3 
 
 
578 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0942  ABC transporter, ATP-binding protein  47.3 
 
 
578 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0817  ABC transporter, ATP-binding protein  47.3 
 
 
578 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0859  ABC transporter, ATP-binding protein  47.3 
 
 
578 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3463  ABC transporter-related protein  40.26 
 
 
305 aa  219  5e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0917  ABC transporter related  42.02 
 
 
312 aa  219  5e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.807075 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2813  ABC transporter, ATP-binding protein  46.43 
 
 
580 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1328  ABC transporter-related protein  46.29 
 
 
576 aa  217  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2901  ABC transporter related  46.43 
 
 
580 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0972  ABC transporter related  42 
 
 
307 aa  217  2e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2421  ABC transporter related  48.17 
 
 
582 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.259147  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0894  ABC transporter related  44.3 
 
 
314 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>