112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3034 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3034  hypothetical protein  100 
 
 
299 aa  568  1e-161  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1761  hypothetical protein  68.2 
 
 
290 aa  369  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0150156  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3482  hypothetical protein  67.84 
 
 
290 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.183799 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1649  DMT family permease  67.77 
 
 
290 aa  347  1e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.799428  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1866  hypothetical protein  65.93 
 
 
290 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0810  protein of unknown function DUF6 transmembrane  41.78 
 
 
293 aa  186  4e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.617842  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5448  hypothetical protein  40.61 
 
 
327 aa  185  8e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0881  hypothetical protein  41.55 
 
 
303 aa  181  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.443506  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5906  hypothetical protein  42.28 
 
 
287 aa  179  7e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1129  hypothetical protein  40.48 
 
 
288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.475409 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3629  hypothetical protein  42.81 
 
 
293 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539858  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4117  protein of unknown function DUF6 transmembrane  41.14 
 
 
293 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30570  membrane protein  41.52 
 
 
287 aa  161  1e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1077  hypothetical protein  41.07 
 
 
297 aa  143  4e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.407086 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4302  protein of unknown function DUF6 transmembrane  39.64 
 
 
286 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3756  hypothetical protein  36.62 
 
 
285 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.83129  normal  0.119763 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2841  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.75 
 
 
306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_6007  hypothetical protein  35.52 
 
 
287 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4020  hypothetical protein  35.44 
 
 
285 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.799358  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4347  hypothetical protein  35.44 
 
 
285 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4230  hypothetical protein  38.39 
 
 
251 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.220159  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1949  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.45 
 
 
277 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0296573  normal  0.100068 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2290  hypothetical protein  31.93 
 
 
275 aa  99.8  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.825928 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1673  hypothetical protein  34.74 
 
 
303 aa  99.4  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0779725  normal  0.510796 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0011  hypothetical protein  33.56 
 
 
280 aa  98.2  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4271  hypothetical protein  34.01 
 
 
285 aa  96.7  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.564552  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2272  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.14 
 
 
277 aa  96.3  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0944  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.91 
 
 
281 aa  95.1  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.632965 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2742  hypothetical protein  28.06 
 
 
308 aa  94.7  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4078  integral membrane protein  33.46 
 
 
286 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4128  integral membrane protein  33.46 
 
 
286 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4007  integral membrane protein  33.46 
 
 
286 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4023  integral membrane protein  33.46 
 
 
286 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4186  integral membrane protein  33.46 
 
 
277 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0706  hypothetical protein  31.93 
 
 
281 aa  92.4  9e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3577  hypothetical protein  33.79 
 
 
284 aa  91.7  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04883  hypothetical protein  28.83 
 
 
301 aa  92  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3416  hypothetical protein  30.9 
 
 
276 aa  91.3  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2138  hypothetical protein  31.8 
 
 
280 aa  90.1  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186321  normal  0.806194 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0697  hypothetical protein  31.58 
 
 
281 aa  90.1  4e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3474  DMT family permease  33.62 
 
 
280 aa  89.4  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2580  hypothetical protein  31.12 
 
 
281 aa  89.4  6e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.527852  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000762  permease  28.85 
 
 
302 aa  89.4  7e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0541  hypothetical protein  27.16 
 
 
301 aa  89  8e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4973  hypothetical protein  31.36 
 
 
277 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.364055  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4846  hypothetical protein  31.36 
 
 
277 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0252834  normal  0.350213 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5022  hypothetical protein  31.36 
 
 
277 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.752327 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5275  hypothetical protein  30.24 
 
 
277 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5892  hypothetical protein  31.23 
 
 
280 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1099  hypothetical protein  32.16 
 
 
281 aa  84.3  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.112723 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0142  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.41 
 
 
286 aa  84.3  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4689  hypothetical protein  33.1 
 
 
285 aa  83.2  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.673663  normal 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4360  hypothetical protein  69.84 
 
 
90 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0286  hypothetical protein  29.31 
 
 
293 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2949  hypothetical protein  27.91 
 
 
290 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2940  hypothetical protein  31.1 
 
 
280 aa  78.2  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0704111  hitchhiker  0.00163659 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0492  hypothetical protein  28.86 
 
 
277 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3089  hypothetical protein  33.03 
 
 
280 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.522035  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0865  hypothetical protein  29.71 
 
 
295 aa  74.3  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0566496  normal  0.513013 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0532  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.29 
 
 
273 aa  74.7  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0613856  normal  0.397799 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07010  hypothetical protein  31.56 
 
 
276 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3366  hypothetical protein  30.31 
 
 
278 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4521  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.7 
 
 
278 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5358  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.19 
 
 
279 aa  72.8  0.000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.961807  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0997  hypothetical protein  31.8 
 
 
286 aa  72.8  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0642  hypothetical protein  31.79 
 
 
276 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0806  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.52 
 
 
290 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000304842  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0836  hypothetical protein  30.3 
 
 
278 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.217739 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0853  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.19 
 
 
290 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1927  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.18 
 
 
277 aa  71.6  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.642083  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2052  hypothetical protein  28.24 
 
 
290 aa  70.5  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00300116  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1474  hypothetical protein  32.88 
 
 
277 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0501  hypothetical protein  32.88 
 
 
277 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.777031  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0404  hypothetical protein  32.58 
 
 
327 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.92172  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4620  hypothetical protein  26.38 
 
 
278 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.331328 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1239  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.52 
 
 
278 aa  69.7  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570084  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4709  hypothetical protein  31.22 
 
 
278 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.328299  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2117  hypothetical protein  31.67 
 
 
292 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.107207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0149  hypothetical protein  31.95 
 
 
332 aa  68.9  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.376586  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2134  hypothetical protein  32.13 
 
 
354 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0818  hypothetical protein  32.13 
 
 
354 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1643  hypothetical protein  26.71 
 
 
290 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000157651  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2724  hypothetical protein  32.13 
 
 
300 aa  67.8  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.35059  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4911  hypothetical protein  30.14 
 
 
278 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5239  hypothetical protein  30.32 
 
 
278 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3337  hypothetical protein  29.86 
 
 
281 aa  66.2  0.0000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3007  hypothetical protein  30.14 
 
 
278 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.558663  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5359  hypothetical protein  30.14 
 
 
278 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4193  putative 10 TMS drug/metabolite exporter, DME family, DMT superfamily  30.8 
 
 
280 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0556115 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3717  hypothetical protein  28.17 
 
 
283 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.657811  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1326  putative permease protein  29.25 
 
 
278 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.182128  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1842  drug/metabolite exporter (DME) family protein  29.44 
 
 
301 aa  63.5  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.129137  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0491  hypothetical protein  29.44 
 
 
301 aa  63.5  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.177704  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0631  hypothetical protein  30.77 
 
 
301 aa  63.5  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.945692 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0566  DMT family permease  25.86 
 
 
278 aa  62.8  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.7079  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2218  hypothetical protein  25.86 
 
 
278 aa  62.8  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0823132  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1215  hypothetical protein  30 
 
 
300 aa  62  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.935221 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1831  hypothetical protein  39.45 
 
 
356 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1941  hypothetical protein  30.38 
 
 
302 aa  58.9  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.192478  normal  0.151746 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0498  hypothetical protein  26.57 
 
 
303 aa  57  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.146008  normal  0.505926 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>