More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1241 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1241  50S ribosomal protein L27  100 
 
 		 85 aa  170  6.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.572861  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1461  50S ribosomal protein L27  80.46 
 
 		 89 aa  137  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0317862 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3006  50S ribosomal protein L27  77.65 
 
 		 89 aa  135  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.549132 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1051  50S ribosomal protein L27  77.01 
 
 		 89 aa  132  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212456  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4287  50S ribosomal protein L27  73.81 
 
 		 90 aa  131  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.835773  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1849  50S ribosomal protein L27  75.86 
 
 		 89 aa  130  5e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1781  50S ribosomal protein L27  75.86 
 
 		 89 aa  130  5e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.810643  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3870  50S ribosomal protein L27  71.76 
 
 		 89 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.403314  normal  0.0137956 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4194  50S ribosomal protein L27  71.76 
 
 		 89 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3282  50S ribosomal protein L27  77.38 
 
 		 91 aa  128  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0455195 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1482  50S ribosomal protein L27  76.47 
 
 		 93 aa  128  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0107  50S ribosomal protein L27  77.01 
 
 		 88 aa  128  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.176189 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1201  50S ribosomal protein L27  71.76 
 
 		 89 aa  127  5.0000000000000004e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.862516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3460  50S ribosomal protein L27  75.31 
 
 		 89 aa  127  7.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.159862  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3892  50S ribosomal protein L27  74.71 
 
 		 89 aa  126  8.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.624543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0417  50S ribosomal protein L27  73.17 
 
 		 91 aa  126  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.302693 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4921  50S ribosomal protein L27  74.12 
 
 		 88 aa  125  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0271507  normal  0.71556 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4413  50S ribosomal protein L27  74.12 
 
 		 88 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2042  50S ribosomal protein L27  73.56 
 
 		 89 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.20995 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4876  50S ribosomal protein L27  74.12 
 
 		 88 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.387156 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0930  50S ribosomal protein L27  73.56 
 
 		 89 aa  124  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4724  50S ribosomal protein L27  73.17 
 
 		 88 aa  123  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0668122  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2281  50S ribosomal protein L27  69.41 
 
 		 89 aa  123  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.350544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4102  50S ribosomal protein L27  68.29 
 
 		 90 aa  122  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500877 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4211  50S ribosomal protein L27  71.95 
 
 		 93 aa  122  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.121619 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3512  50S ribosomal protein L27  68.24 
 
 		 89 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3820  50S ribosomal protein L27  68.24 
 
 		 89 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.360985  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0232  50S ribosomal protein L27  75.31 
 
 		 89 aa  121  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3800  50S ribosomal protein L27  68.24 
 
 		 89 aa  121  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0310  50S ribosomal protein L27  67.06 
 
 		 89 aa  121  3e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001672  LSU ribosomal protein L27p  71.76 
 
 		 85 aa  120  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000226464  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2143  50S ribosomal protein L27  68.24 
 
 		 90 aa  121  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.672881 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00801  50S ribosomal protein L27  71.76 
 
 		 85 aa  120  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0246  50S ribosomal protein L27  70.59 
 
 		 85 aa  121  4e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000945082  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3188  50S ribosomal protein L27  74.7 
 
 		 89 aa  121  4e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.263255  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3359  ribosomal protein L27  69.41 
 
 		 85 aa  120  6e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000421163  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0362  50S ribosomal protein L27  70.59 
 
 		 85 aa  120  8e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000249852  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0794  50S ribosomal protein L27  69.41 
 
 		 85 aa  119  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000203934  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2785  50S ribosomal protein L27  74.07 
 
 		 89 aa  119  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0242571  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0559  50S ribosomal protein L27  68.24 
 
 		 85 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00191418  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0284  50S ribosomal protein L27  69.77 
 
 		 86 aa  118  3e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.349085  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0461  50S ribosomal protein L27  69.77 
 
 		 86 aa  118  3e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00297252 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3478  ribosomal protein L27  68.24 
 
 		 85 aa  118  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000653762  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03050  50S ribosomal protein L27  68.24 
 
 		 85 aa  117  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00726587  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0522  ribosomal protein L27  68.24 
 
 		 85 aa  117  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000023922  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4507  50S ribosomal protein L27  68.24 
 
 		 85 aa  117  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000060246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3378  50S ribosomal protein L27  68.24 
 
 		 85 aa  117  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.4045e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3481  50S ribosomal protein L27  68.24 
 
 		 85 aa  117  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000491459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3670  50S ribosomal protein L27  68.24 
 
 		 85 aa  117  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000967389  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03001  hypothetical protein  68.24 
 
 		 85 aa  117  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0066535  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0515  50S ribosomal protein L27  68.24 
 
 		 85 aa  117  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000794781  normal  0.0169565 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3207  ribosomal protein L27  68.67 
 
 		 85 aa  117  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3585  50S ribosomal protein L27  68.24 
 
 		 85 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000250774  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3564  50S ribosomal protein L27  67.06 
 
 		 85 aa  117  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00211833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1070  50S ribosomal protein L27  69.05 
 
 		 84 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000153229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3493  50S ribosomal protein L27  67.06 
 
 		 85 aa  117  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000310399  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3322  50S ribosomal protein L27  69.05 
 
 		 84 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000182867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0870  50S ribosomal protein L27  69.05 
 
 		 84 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000545576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0968  50S ribosomal protein L27  69.05 
 
 		 84 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000160226  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3662  50S ribosomal protein L27  67.06 
 
 		 85 aa  117  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000324123  normal  0.0701159 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3495  50S ribosomal protein L27  67.06 
 
 		 85 aa  117  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3600  50S ribosomal protein L27  67.06 
 
 		 85 aa  117  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00592088  normal  0.834432 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1037  50S ribosomal protein L27  69.05 
 
 		 84 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000911721  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1009  50S ribosomal protein L27  70.24 
 
 		 85 aa  117  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000911893  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4511  50S ribosomal protein L27  64.71 
 
 		 85 aa  117  7e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3611  50S ribosomal protein L27  68.24 
 
 		 85 aa  116  7.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000711047  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3975  50S ribosomal protein L27  68.24 
 
 		 85 aa  116  7.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000219143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3756  50S ribosomal protein L27  68.24 
 
 		 85 aa  116  7.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000137777  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3088  50S ribosomal protein L27  69.05 
 
 		 84 aa  116  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03730  50S ribosomal protein L27  67.06 
 
 		 85 aa  116  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00000322672  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0980  50S ribosomal protein L27  69.05 
 
 		 84 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000110997  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3621  50S ribosomal protein L27  67.06 
 
 		 85 aa  116  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000351057  normal  0.260967 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3651  50S ribosomal protein L27  69.05 
 
 		 84 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0474  50S ribosomal protein L27  68.24 
 
 		 85 aa  115  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000537628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0853  50S ribosomal protein L27  69.51 
 
 		 84 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000152445  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2854  50S ribosomal protein L27  70.73 
 
 		 86 aa  116  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000234792  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0955  50S ribosomal protein L27  69.51 
 
 		 84 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.455715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0896  50S ribosomal protein L27  69.05 
 
 		 84 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000837185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3124  50S ribosomal protein L27  69.05 
 
 		 84 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000107863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3218  50S ribosomal protein L27  69.05 
 
 		 84 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000270517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2828  50S ribosomal protein L27  70.73 
 
 		 84 aa  115  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000113295  normal  0.198807 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0865  50S ribosomal protein L27  74.29 
 
 		 87 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.437144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1415  50S ribosomal protein L27  65.88 
 
 		 85 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0588  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 		 90 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0152  50S ribosomal protein L27  67.06 
 
 		 90 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.670785  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3737  50S ribosomal protein L27  65.88 
 
 		 85 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000346028  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0526  50S ribosomal protein L27  67.06 
 
 		 85 aa  115  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0154  50S ribosomal protein L27  65.88 
 
 		 90 aa  115  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2926  50S ribosomal protein L27  67.86 
 
 		 84 aa  115  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000309766  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0269  50S ribosomal protein L27  65.06 
 
 		 85 aa  115  3e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.876975  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1005  50S ribosomal protein L27  69.51 
 
 		 84 aa  114  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000876711  decreased coverage  0.00000356458 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0515  50S ribosomal protein L27  69.51 
 
 		 90 aa  114  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0247  50S ribosomal protein L27  65.88 
 
 		 89 aa  114  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2247  50S ribosomal protein L27  68.67 
 
 		 85 aa  114  6e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000000479005  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0193  50S ribosomal protein L27  67.47 
 
 		 90 aa  114  6.9999999999999995e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.451706 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0841  ribosomal protein L27  65.48 
 
 		 84 aa  113  7.999999999999999e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.82493e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0897  50S ribosomal protein L27  70.73 
 
 		 82 aa  113  7.999999999999999e-25  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0856  50S ribosomal protein L27  65.12 
 
 		 86 aa  113  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.701213  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0440  50S ribosomal protein L27  68.29 
 
 		 90 aa  113  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.944777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0546  50S ribosomal protein L27  67.06 
 
 		 88 aa  112  1.0000000000000001e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>