132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1144 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A1144  benzoate membrane transport protein  100 
 
 
408 aa  782    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0985  benzoate transporter  80.59 
 
 
413 aa  636    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2303  benzoate transporter  90.89 
 
 
421 aa  691    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3137  benzoate transporter  90.02 
 
 
410 aa  654    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4140  benzoate transporter  86.21 
 
 
411 aa  642    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3710  benzoate transporter  81.49 
 
 
418 aa  630  1e-179  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0186854 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1567  benzoate transporter  78.77 
 
 
404 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.963654 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2035  benzoate transporter  77.75 
 
 
404 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3707  benzoate transporter  77.75 
 
 
404 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2316  benzoate membrane transport protein  51.64 
 
 
401 aa  388  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.688329  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1428  benzoate transporter  47.59 
 
 
396 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.110565  normal  0.345439 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0295  benzoate transporter  46.89 
 
 
388 aa  338  8e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0943  benzoate transporter  45.93 
 
 
402 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.516309  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3317  benzoate membrane transport protein  46.25 
 
 
406 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3891  benzoate transporter  47.09 
 
 
396 aa  335  7e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.228348 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2321  benzoate transporter  45.08 
 
 
390 aa  335  7.999999999999999e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2107  benzoate transporter  46.19 
 
 
393 aa  334  1e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.07884  normal  0.334527 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1398  benzoate transporter  46.84 
 
 
396 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1820  benzoate transporter  47.09 
 
 
398 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0615207  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3246  benzoate transporter  45.34 
 
 
400 aa  333  4e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.334236 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2678  benzoate transporter  45.21 
 
 
396 aa  331  1e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950649  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3621  putative transporter  45.29 
 
 
430 aa  329  4e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1229  benzoate transporter  46.25 
 
 
406 aa  328  9e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.803319  normal  0.810178 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5095  benzoate transporter  44.56 
 
 
400 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.149673  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4316  benzoate transporter  45.24 
 
 
400 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.860854  hitchhiker  0.000181126 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4997  benzoate transporter  45.43 
 
 
402 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43160  putative transporter  45.04 
 
 
400 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.243206 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5863  benzoate transporter  45.43 
 
 
402 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0963  benzoate transport protein  45.33 
 
 
405 aa  327  3e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1369  benzoate transporter  44.13 
 
 
398 aa  325  8.000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00588057  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5676  benzoate membrane transport protein  46.42 
 
 
403 aa  324  2e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1792  benzoate membrane transport protein  46.19 
 
 
396 aa  320  3e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42070  Benzoate membrane transport protein  45.18 
 
 
406 aa  320  3.9999999999999996e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5243  benzoate transporter  45.77 
 
 
398 aa  319  5e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456093  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1722  benzoate transporter  46.15 
 
 
403 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.982368  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2334  benzoate transporter  46.15 
 
 
403 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2357  benzoate transporter  46.15 
 
 
403 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2373  benzoate transporter  45.89 
 
 
403 aa  317  3e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1839  benzoate membrane transport protein  46.13 
 
 
397 aa  316  5e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.25228  normal  0.411896 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0629  benzoate transporter  44.33 
 
 
398 aa  315  8e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2253  benzoate transporter  45.36 
 
 
403 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.763643  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1328  benzoate transport protein  43.51 
 
 
481 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0713293  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2976  benzoate membrane transport protein  46.07 
 
 
440 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1014  benzoate transporter  43.51 
 
 
405 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0851  benzoate transporter  43.51 
 
 
405 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.399687  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1168  benzoate transporter  43.51 
 
 
405 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0297  benzoate transporter  43.51 
 
 
405 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1938  benzoate transport protein  43.51 
 
 
405 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.064917  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0328  benzoate transporter  43.36 
 
 
395 aa  312  9e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00262556  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1176  benzoate transporter  43.51 
 
 
405 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.254375  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0322  benzoate transporter  43.09 
 
 
395 aa  311  1e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000013011  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3994  benzoate transporter  43.46 
 
 
395 aa  311  1e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000979992  normal  0.049779 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5351  benzoate membrane transport protein  45.01 
 
 
405 aa  311  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0179  benzoate transporter  45.31 
 
 
390 aa  309  5e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0324  benzoate transporter  42.82 
 
 
395 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000364152  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0329  benzoate transporter  42.82 
 
 
395 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000780494  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2548  benzoate transporter  46.72 
 
 
399 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0425  benzoate transporter  42.82 
 
 
395 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3167  benzoate transporter  46.19 
 
 
423 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.267314  normal  0.62461 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2103  benzoate transporter  45.6 
 
 
403 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36671 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3908  benzoate transporter  42.42 
 
 
402 aa  301  1e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00157906  normal  0.79315 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2702  benzoate transporter  45.03 
 
 
399 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.796248  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2960  benzoate membrane transport protein  43.13 
 
 
399 aa  300  4e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0927  benzoate transporter  43.44 
 
 
395 aa  300  4e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2682  benzoate transporter  44.22 
 
 
405 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2362  benzoate membrane transport protein  45.15 
 
 
392 aa  298  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0320  benzoate transporter  43.2 
 
 
396 aa  296  4e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000109894  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3699  benzoate transporter  43.63 
 
 
398 aa  296  6e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00161934  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4540  benzoate transporter  43.27 
 
 
395 aa  295  9e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2541  benzoate transporter  43.11 
 
 
395 aa  295  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.630125 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2485  benzoate transporter  44.33 
 
 
392 aa  293  3e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0546857 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1783  benzoate transporter  41.98 
 
 
398 aa  291  2e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.01116 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0325  benzoate transporter  43.63 
 
 
386 aa  290  3e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.072313  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2241  benzoate transporter  45.56 
 
 
407 aa  290  4e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.739572 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1263  benzoate transporter  43.05 
 
 
409 aa  287  2e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5995  benzoate transporter  42.78 
 
 
393 aa  287  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00202849 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1641  benzoate transporter  44.53 
 
 
392 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0221313  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3257  benzoate transporter  42.07 
 
 
403 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00676766  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1518  benzoate transporter  39.69 
 
 
422 aa  279  6e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01391  predicted benzoate transporter  40.21 
 
 
391 aa  279  7e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2213  benzoate transporter  40.21 
 
 
391 aa  279  7e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.8089  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01401  hypothetical protein  40.21 
 
 
391 aa  279  7e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2226  benzoate transporter  40.21 
 
 
391 aa  279  7e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.711061 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1612  benzoate transporter  39.18 
 
 
422 aa  277  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.795088  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2230  benzoate transporter  42.86 
 
 
397 aa  273  6e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000339357 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1720  benzoate transporter  40.99 
 
 
392 aa  272  9e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3526  benzoate transporter  46.05 
 
 
477 aa  272  1e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149229  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4269  benzoate transporter  41.56 
 
 
394 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4590  benzoate transporter  41.94 
 
 
394 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0431  benzoate transporter  42.86 
 
 
421 aa  266  5.999999999999999e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.586868  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1555  benzoate transporter  40.82 
 
 
392 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1736  benzoate transporter  40.82 
 
 
392 aa  263  6e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1723  benzoate transporter  40.82 
 
 
392 aa  262  6e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.26811  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1981  benzoate transporter  40.48 
 
 
388 aa  258  2e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.646856 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1662  benzoate transporter  34.95 
 
 
392 aa  248  1e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.760414  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2115  benzoate transport protein, putative  39.63 
 
 
383 aa  243  5e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.63913  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2031  putative benzoate transport protein  39.36 
 
 
647 aa  239  5e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0805  benzoate transporter  38.3 
 
 
383 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03312  benzoate transporter  41.02 
 
 
332 aa  217  2.9999999999999998e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000811175  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0767  benzoate transporter  41.38 
 
 
381 aa  212  9e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.966435 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>