125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0228 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0228  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
300 aa  598  1e-170  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0351  beta-lactamase  54.06 
 
 
296 aa  284  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.154712 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2728  Beta-lactamase  51.01 
 
 
299 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0079236  normal  0.0883749 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0088  Beta-lactamase  51.2 
 
 
291 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.748085 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0855  Beta-lactamase  48.16 
 
 
296 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.689397  normal  0.580537 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0446  Beta-lactamase  55.85 
 
 
297 aa  282  5.000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1164  Beta-lactamase  51.51 
 
 
300 aa  280  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.590965  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0978  Beta-lactamase  47.23 
 
 
304 aa  280  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.518614  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4009  Beta-lactamase  50.79 
 
 
315 aa  277  1e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0366  Beta-lactamase  58.05 
 
 
291 aa  275  6e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0385843  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0594  Beta-lactamase  50.99 
 
 
296 aa  274  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.272363  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1080  Beta-lactamase  51.52 
 
 
301 aa  266  2e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0392714  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4439  putative Beta-lactamase  53.78 
 
 
288 aa  263  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3689  Beta-lactamase  51.15 
 
 
302 aa  254  8e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000248785  normal  0.574937 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3231  Beta-lactamase  49.4 
 
 
299 aa  254  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4929  Beta-lactamase  49.2 
 
 
312 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000432948  normal  0.0487719 
 
 
 
NC_010515  Bcenmc03_5358  Beta-lactamase  48.8 
 
 
312 aa  250  3e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000938331  normal  0.124933 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1684  Beta-lactamase  49.8 
 
 
312 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.132046  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1381  class A beta-lactamase  47.04 
 
 
314 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0489957  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1011  beta-lactamase  51.03 
 
 
290 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2580  Beta-lactamase  42.07 
 
 
300 aa  242  3.9999999999999997e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000559373  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0762  Beta-lactamase  47.37 
 
 
315 aa  241  9e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0608621  hitchhiker  0.000417556 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2553  beta-lactamase  46.64 
 
 
309 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2552  Beta-lactamase  49.21 
 
 
300 aa  240  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0802917  normal  0.0118018 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1301  class A beta-lactamase  46.64 
 
 
314 aa  240  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1283  class A beta-lactamase  46.64 
 
 
295 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.162345  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0257  class A beta-lactamase  46.64 
 
 
314 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0527  class A beta-lactamase  46.64 
 
 
314 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.29059  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1040  class A beta-lactamase  46.64 
 
 
314 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.257126  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1450  class A beta-lactamase precursor  48.35 
 
 
322 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905636  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1529  Beta-lactamase  52.03 
 
 
296 aa  237  1e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3438  Beta-lactamase  48.8 
 
 
312 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.000000000252783  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2328  Beta-lactamase  51.63 
 
 
296 aa  235  7e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4877  Beta-lactamase  48.52 
 
 
297 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00066031  hitchhiker  0.000000000265752 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4360  Beta-lactamase  48.52 
 
 
297 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000108699  unclonable  0.00000562292 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1390  Beta-lactamase  50.73 
 
 
289 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0585114  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0130  beta-lactamase TEM  45.85 
 
 
286 aa  230  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1580  beta-lactamase TEM  45.85 
 
 
286 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.262835  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0046  beta-lactamase TEM  45.85 
 
 
286 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00171312  normal  0.356541 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4574  Beta-lactamase  46.3 
 
 
303 aa  228  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.174875  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2215  beta-lactamase  50 
 
 
290 aa  225  8e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.296886  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0997  Beta-lactamase  46.3 
 
 
304 aa  224  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.940845 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1435  Beta-lactamase  44.57 
 
 
288 aa  224  1e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2820  Beta-lactamase  46.01 
 
 
289 aa  220  3e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.893397  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001392  beta-lactamase  39.71 
 
 
283 aa  220  3e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000730239  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2595  beta-lactamase Bla1  46.46 
 
 
276 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.467167  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2331  Beta-lactamase  41.98 
 
 
309 aa  219  5e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000573292  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2503  beta-lactamase  42.97 
 
 
312 aa  218  8.999999999999998e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2522  beta-lactamase Bla1  44.26 
 
 
306 aa  217  2e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000102568 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2820  beta-lactamase Bla1  43.85 
 
 
312 aa  217  2e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000128525 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2539  beta-lactamase  44.67 
 
 
301 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000363771  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2507  beta-lactamase  43.85 
 
 
309 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5706  Beta-lactamase  46.64 
 
 
327 aa  215  5.9999999999999996e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0338924  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2328  beta-lactamase  43.85 
 
 
301 aa  215  8e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.641353  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2291  beta-lactamase  43.85 
 
 
312 aa  215  8e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000475261  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2247  beta-lactamase  43.44 
 
 
309 aa  215  8e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4082  Beta-lactamase  50.71 
 
 
292 aa  215  9e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0136649 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06370  beta-lactamase  40.89 
 
 
283 aa  210  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5163  Beta-lactamase  50.45 
 
 
322 aa  207  1e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0157119 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2421  Beta-lactamase  40.65 
 
 
310 aa  207  1e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000915272  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2862  beta-lactamase  40.08 
 
 
314 aa  206  3e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0320845 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1457  Beta-lactamase  44.72 
 
 
305 aa  204  1e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.249297 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0809  Beta-lactamase  39.67 
 
 
315 aa  204  1e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1931  Beta-lactamase  48.91 
 
 
335 aa  202  6e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2020  beta-lactamase  40.76 
 
 
319 aa  202  6e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3962  Beta-lactamase  47.45 
 
 
315 aa  199  3.9999999999999996e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.615646  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3136  Beta-lactamase  41.69 
 
 
303 aa  198  9e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0570574  normal  0.676016 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12104  class A beta-lactamase blaC  39.87 
 
 
307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0108435  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2229  Beta-lactamase  43.12 
 
 
281 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0753416  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2388  Beta-lactamase  43.22 
 
 
305 aa  196  3e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.327196  normal  0.721784 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1245  beta-lactamase  37.89 
 
 
287 aa  193  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1418  Beta-lactamase  44.12 
 
 
300 aa  191  1e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.732214  hitchhiker  0.0000172267 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2352  Beta-lactamase  41.76 
 
 
297 aa  188  8e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00445844 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2389  Beta-lactamase  39.84 
 
 
317 aa  187  2e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0172194  normal  0.719008 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4048  Beta-lactamase  43.9 
 
 
314 aa  187  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.94661 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2178  Beta-lactamase  45.81 
 
 
325 aa  186  5e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.198919  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1245  Beta-lactamase  41.09 
 
 
332 aa  185  8e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.694796  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2085  Beta-lactamase  41.82 
 
 
296 aa  185  9e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.11921 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4021  Beta-lactamase  43.33 
 
 
296 aa  185  9e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0799644 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0195  Beta-lactamase  40.64 
 
 
288 aa  183  3e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.210334  normal  0.167544 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2102  twin-arginine translocation pathway signal  41.82 
 
 
296 aa  183  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0733882  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2148  Beta-lactamase  41.82 
 
 
296 aa  183  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.748404  normal  0.133415 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4029  Beta-lactamase  45.5 
 
 
299 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.812767 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4487  Beta-lactamase  46.4 
 
 
299 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.745574 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3769  Beta-lactamase  43.16 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4599  Beta-lactamase  43.16 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5706  Beta-lactamase  42.74 
 
 
299 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0394955 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3299  Beta-lactamase  38.77 
 
 
291 aa  163  3e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2749  Beta-lactamase  29.39 
 
 
281 aa  154  2e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2827  Beta-lactamase  29.39 
 
 
281 aa  154  2e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.940774  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1461  beta-lactamase  30.92 
 
 
281 aa  150  3e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00000606935  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0003  beta-lactamase  29.03 
 
 
281 aa  148  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000347481  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1607  Beta-lactamase  28.92 
 
 
291 aa  92.4  8e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1435  Beta-lactamase  27.53 
 
 
295 aa  85.9  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3523  Beta-lactamase  25 
 
 
338 aa  83.6  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.500037  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3334  Beta-lactamase  26.25 
 
 
349 aa  82  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1460  Beta-lactamase  27.78 
 
 
334 aa  80.1  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00829053 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0174  Beta-lactamase  28.15 
 
 
388 aa  79.3  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.537021  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4151  beta-lactamase  27.97 
 
 
300 aa  78.2  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.433565 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0183  Beta-lactamase  26.05 
 
 
306 aa  78.6  0.0000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.51311 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>