120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_5017 on replicon NC_010683
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010683  Rpic_5017  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
183 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.260237  normal 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5422  Lytic transglycosylase catalytic  98.91 
 
 
183 aa  367  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.984316  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4498  lytic transglycosylase, catalytic  51.11 
 
 
404 aa  176  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1265  lytic transglycosylase catalytic  55.83 
 
 
407 aa  176  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.254605 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1239  lytic transglycosylase, catalytic  52.25 
 
 
404 aa  175  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1337  lytic transglycosylase catalytic  62.79 
 
 
408 aa  174  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545884  normal  0.0328335 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1355  lytic transglycosylase, catalytic  62.79 
 
 
408 aa  174  8e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0669029  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0873  lytic transglycosylase, catalytic  62.79 
 
 
599 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1938  lytic transglycosylase catalytic  57.64 
 
 
438 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0154763 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6566  lytic transglycosylase catalytic  62.5 
 
 
140 aa  162  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5550  lytic transglycosylase catalytic  58.87 
 
 
141 aa  160  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0239978 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7409  Lytic transglycosylase catalytic  60.83 
 
 
226 aa  152  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5439  Lytic transglycosylase catalytic  61.74 
 
 
145 aa  150  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5033  Lytic transglycosylase catalytic  61.74 
 
 
145 aa  150  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6296  lytic transglycosylase, catalytic  56.15 
 
 
140 aa  147  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270773  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5196  Lytic transglycosylase catalytic  58.87 
 
 
158 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1531  Lytic transglycosylase catalytic  58.87 
 
 
158 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0379  invasion protein  51.3 
 
 
146 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.135493  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05356  putative lipoprotein  44.17 
 
 
232 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.592846  normal  0.453874 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0006  BapC protein  48.28 
 
 
149 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0007  lytic transglycosylase, catalytic  48.25 
 
 
164 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37161  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0063  lytic transglycosylase, catalytic  48.25 
 
 
164 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0063  lytic transglycosylase catalytic  47.2 
 
 
149 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0847  BapC protein  50 
 
 
182 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4502  hypothetical protein  43.66 
 
 
148 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0006  putative invasion protein  44.62 
 
 
161 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2156  BapC protein  46.53 
 
 
187 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3935  Lytic transglycosylase catalytic  48.25 
 
 
148 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0219  HpaH precursor  44.62 
 
 
161 aa  117  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0006  putative invasion protein  44.62 
 
 
161 aa  117  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.435281  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2787  ipgF protein, putative  44.62 
 
 
152 aa  117  7e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.062319  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3519  putative ipgF protein  44.62 
 
 
216 aa  117  7e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1891  putative ipgF protein  44.62 
 
 
152 aa  117  7e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.65052  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2661  putative ipgF protein  44.62 
 
 
152 aa  117  7e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1524  BapC protein  45.83 
 
 
187 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.177877  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0565  BapC protein  45.83 
 
 
187 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.146526  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3245  lytic transglycosylase  48.25 
 
 
149 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.432237 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2079  BapC protein  45.83 
 
 
187 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.22209  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0760  BapC protein  45.83 
 
 
187 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.832936  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0053  lytic transglycosylase, catalytic  46.4 
 
 
159 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2068  BapC protein  51.69 
 
 
187 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0527025  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0064  lytic transglycosylase catalytic  46.4 
 
 
148 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0082  lytic transglycosylase catalytic  48.25 
 
 
161 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0005  transglycosylase SLT domain-containing protein  45.65 
 
 
168 aa  115  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2896  hypothetical protein  44.03 
 
 
170 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2121  transglycosylase SLT domain-containing protein  45.31 
 
 
168 aa  114  7.999999999999999e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_23  transglycosylase PilT  42.47 
 
 
145 aa  113  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.846222  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5894  lytic transglycosylase catalytic  45.8 
 
 
161 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.431421  normal  0.0993718 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0193  lytic transglycosylase, catalytic  43.41 
 
 
168 aa  112  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3069  lytic transglycosylase catalytic  44.09 
 
 
147 aa  112  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0145622 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1098  Lytic transglycosylase catalytic  43.18 
 
 
213 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.891571  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4187  lytic transglycosylase, catalytic  49.59 
 
 
166 aa  107  7.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000629  decreased coverage  0.0000117899 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0248  Lytic transglycosylase catalytic  44.27 
 
 
168 aa  107  7.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3138  Lytic transglycosylase catalytic  43.22 
 
 
157 aa  107  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.82617  normal  0.443685 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2772  Lytic transglycosylase catalytic  43.22 
 
 
157 aa  105  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.806121 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0964  Lytic transglycosylase catalytic  39.58 
 
 
153 aa  105  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2361  lytic transglycosylase, catalytic  41.73 
 
 
155 aa  104  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0782158  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0195  lytic transglycosylase catalytic protein  38.35 
 
 
239 aa  104  8e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4766  Lytic transglycosylase catalytic  40.44 
 
 
161 aa  103  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0177  Lytic transglycosylase catalytic  37.59 
 
 
239 aa  102  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000012846 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3187  cell invasion protein  42.86 
 
 
160 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.927975 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4488  lytic transglycosylase, catalytic  36.6 
 
 
248 aa  102  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3082  cell invasion protein  42.86 
 
 
160 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000116628 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2999  invasion protein IagB  42.86 
 
 
160 aa  102  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000303944  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3066  invasion protein IagB  42.86 
 
 
160 aa  102  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.490533 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3030  invasion protein IagB  42.86 
 
 
160 aa  102  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0325324 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3673  lytic transglycosylase catalytic  42.11 
 
 
164 aa  100  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.25232 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5437  lytic transglycosylase, catalytic  42.11 
 
 
179 aa  99.8  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.43825  normal  0.56373 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2644  lytic transglycosylase, catalytic  45.39 
 
 
182 aa  99  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5666  lytic transglycosylase catalytic  43.24 
 
 
155 aa  98.2  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326026  hitchhiker  0.0069947 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0043  lytic transglycosylase  41.18 
 
 
215 aa  97.4  9e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5883  lytic transglycosylase, catalytic  43.75 
 
 
155 aa  97.4  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.161206  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1544  lytic transglycosylase, catalytic  42.66 
 
 
175 aa  95.9  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0439375  normal  0.269164 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1431  lytic transglycosylase, catalytic  45.76 
 
 
170 aa  93.6  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4125  lytic transglycosylase PilT  37.31 
 
 
167 aa  94  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000476698 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2311  lytic transglycosylase, catalytic  43.08 
 
 
183 aa  92  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5233  lytic transglycosylase, catalytic  39.13 
 
 
203 aa  91.7  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00145184  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3796  lytic transglycosylase, catalytic  32.91 
 
 
179 aa  90.9  9e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.823369  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2099  lytic transglycosylase, catalytic  38.66 
 
 
210 aa  90.1  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462435  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4280  lytic transglycosylase, catalytic  38.94 
 
 
157 aa  90.1  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.227858  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5072  transglycosylase SLT domain protein  40.16 
 
 
152 aa  86.3  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.110513 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03391  Hpa2  44 
 
 
108 aa  86.7  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0168  protein IpgF  33.33 
 
 
152 aa  84  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00546577  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6234  lytic transglycosylase catalytic  41.53 
 
 
151 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0042  pilT protein  37.91 
 
 
163 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4243  lytic transglycosylase, catalytic  37.82 
 
 
178 aa  80.1  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.547585  normal 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0111  lytic transglycosylase PilT  34.13 
 
 
186 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0049  pilT protein, putative  37.06 
 
 
150 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6789  lytic transglycosylase, catalytic  38.58 
 
 
165 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0632  Lytic transglycosylase catalytic  39.25 
 
 
175 aa  75.1  0.0000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.23689  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0860  lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 
124 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.720569  normal 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0011  conjugal transfer protein  29.84 
 
 
159 aa  72  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0163  lytic transglycosylase, catalytic  31.25 
 
 
145 aa  71.6  0.000000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0042056  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0834  Lytic transglycosylase catalytic  35.71 
 
 
124 aa  68.9  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0562  Lytic transglycosylase catalytic  28.93 
 
 
180 aa  67.4  0.0000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0253  Lytic transglycosylase catalytic  27.81 
 
 
164 aa  64.3  0.0000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1065  conjugal transfer protein, putative  31.33 
 
 
196 aa  62  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0060  hypothetical protein  29.27 
 
 
187 aa  61.6  0.000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00816784 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3682  lytic transglycosylase catalytic  30.58 
 
 
170 aa  59.3  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.325069 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0014  conserved hypothetical protein, SLT family  31.25 
 
 
192 aa  56.2  0.0000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>