More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4974 on replicon NC_010683
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010683  Rpic_4974  peptidase S24 and S26 domain protein  100 
 
 
212 aa  429  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2517  peptidase S24 and S26 domain protein  97.4 
 
 
192 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.983902  normal  0.477555 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1781  putative prophage repressor  37.31 
 
 
194 aa  124  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000051926  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3718  LexA repressor  36.65 
 
 
199 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.875348  normal  0.435562 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2596  putative prophage repressor  32.86 
 
 
210 aa  109  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1981  putative prophage repressor  38.76 
 
 
148 aa  74.3  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1475  LexA repressor  31.63 
 
 
211 aa  74.3  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.457406 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1966  DNA polymerase V subunit UmuD  36.72 
 
 
139 aa  72.4  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000484403  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01158  DNA polymerase V, subunit D  36.72 
 
 
139 aa  72  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000619271  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2465  peptidase S24 and S26 domain protein  36.72 
 
 
139 aa  72  0.000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2442  DNA polymerase V subunit UmuD  36.72 
 
 
139 aa  72  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000116875  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1670  DNA polymerase V subunit UmuD  36.72 
 
 
139 aa  72  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267382  normal  0.982493 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1328  DNA polymerase V subunit UmuD  36.72 
 
 
139 aa  72  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000143224  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1340  DNA polymerase V subunit UmuD  36.72 
 
 
139 aa  72  0.000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000577771  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1286  DNA polymerase V subunit UmuD  36.72 
 
 
139 aa  72  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000137402  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01168  hypothetical protein  36.72 
 
 
139 aa  72  0.000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000352689  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2081  SOS-response transcriptional repressor, LexA  33.83 
 
 
132 aa  71.6  0.000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0527419 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1669  hypothetical protein  32.03 
 
 
138 aa  70.9  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1663  hypothetical protein  32.03 
 
 
138 aa  70.9  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2520  LexA repressor  33.51 
 
 
205 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0774546  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0020  SOS-response transcriptional repressor, LexA  26.6 
 
 
199 aa  70.9  0.00000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000309012  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3515  LexA repressor  28.57 
 
 
205 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2105  SOS mutagenesis protein UmuD  36.57 
 
 
238 aa  70.1  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.499933  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1939  LexA repressor  31.19 
 
 
201 aa  69.7  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269028  normal  0.116637 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3152  LexA repressor  33.17 
 
 
205 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0200  LexA repressor  27.92 
 
 
206 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3997  LexA repressor  27.75 
 
 
206 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0176  peptidase S24 and S26 domain protein  39.5 
 
 
153 aa  68.9  0.00000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0180  LexA repressor  29.59 
 
 
205 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0899  Peptidase S24, S26A and S26B, conserved region  41.03 
 
 
148 aa  68.6  0.00000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2213  DNA polymerase V subunit UmuD  37.01 
 
 
139 aa  68.2  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0542538 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02088  LexA repressor  39.87 
 
 
201 aa  68.2  0.00000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3116  LexA repressor  31.16 
 
 
202 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.553087 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2792  LexA repressor  32.11 
 
 
202 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.147289  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2006  peptidase S24 and S26 domain protein  34.11 
 
 
139 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000362452 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0668  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32.21 
 
 
207 aa  67.4  0.0000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.396258  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2341  putative prophage repressor  34.11 
 
 
139 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2352  putative prophage repressor  34.11 
 
 
139 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2457  peptidase S24/S26 domain-containing protein  34.11 
 
 
139 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2601  LexA repressor  30.85 
 
 
205 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0863  SOS mutagenesis protein UmuD  33.59 
 
 
138 aa  66.2  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0265877  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2425  LexA repressor  31.16 
 
 
205 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0927  SOS-response transcriptional repressor, LexA  28.27 
 
 
206 aa  66.6  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2163  DNA polymerase V subunit UmuD  36.5 
 
 
139 aa  65.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.21769  normal  0.16696 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2216  DNA polymerase V subunit UmuD  36.5 
 
 
139 aa  65.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.113166  normal  0.676536 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1832  transcriptional repressor, LexA family  32.02 
 
 
207 aa  66.2  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000994173 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2741  LexA repressor  30.85 
 
 
205 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2159  DNA polymerase V subunit UmuD  36.5 
 
 
139 aa  65.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0649907  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1207  transcriptional repressor, LexA family  28.12 
 
 
210 aa  65.5  0.0000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000325213  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4056  LexA family transcriptional regulator  28.08 
 
 
200 aa  65.1  0.0000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.442182  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3481  LexA repressor  28.57 
 
 
207 aa  64.7  0.0000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.216025 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0237  LexA repressor  24.64 
 
 
211 aa  64.7  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0532878  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1739  LexA repressor  28.34 
 
 
202 aa  63.9  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00150  LexA repressor  31.34 
 
 
213 aa  63.9  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0733  LexA repressor  25.74 
 
 
202 aa  63.5  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.461848  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25160  LexA repressor  28.18 
 
 
204 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1587  LexA repressor  29.28 
 
 
204 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.477026 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0127  LexA repressor  29.44 
 
 
205 aa  63.9  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0041  LexA repressor  43.48 
 
 
201 aa  63.2  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1693  SOS-response transcriptional repressor, LexA  27.23 
 
 
215 aa  63.2  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.026271  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14510  LexA repressor  28.88 
 
 
202 aa  63.2  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3510  LexA repressor  30.43 
 
 
202 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.9651  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3283  LexA repressor  30.22 
 
 
202 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10191  putative SOS mutagenesis protein UmuD  32.54 
 
 
143 aa  62.8  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0704  putative prophage repressor  35.34 
 
 
163 aa  62.8  0.000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0247  LexA repressor  26.17 
 
 
202 aa  62.8  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0945075  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3074  Repressor lexA  33.16 
 
 
197 aa  62.8  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.459225  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3524  LexA repressor  27.5 
 
 
203 aa  62.4  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2152  LexA repressor  27.62 
 
 
204 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09241  putative SOS mutagenesis protein UmuD  32.03 
 
 
138 aa  62  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1364  LexA repressor  41.18 
 
 
203 aa  62  0.000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000105475  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1177  LexA repressor  41.18 
 
 
203 aa  62  0.000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000269483  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2683  umuD protein  35.78 
 
 
137 aa  61.6  0.000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0640806  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0514  LexA repressor  25.25 
 
 
202 aa  62  0.000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09221  putative SOS mutagenesis protein UmuD  32.03 
 
 
138 aa  61.6  0.000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  decreased coverage  0.00588824  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1549  SOS mutagenesis protein UmuD  31.78 
 
 
186 aa  61.6  0.000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.093809 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1579  transcriptional repressor, LexA family  29.41 
 
 
202 aa  60.8  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0037  protein ImpA  33.33 
 
 
145 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0603297 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3398  LexA repressor  26.5 
 
 
203 aa  60.5  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4429  LexA repressor  25.35 
 
 
202 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000308575 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4494  LexA repressor  25.35 
 
 
202 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4631  LexA repressor  25.35 
 
 
202 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.381765 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1439  SOS-response transcriptional repressor, LexA  39.08 
 
 
201 aa  60.5  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4579  LexA repressor  25.35 
 
 
202 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4580  LexA repressor  25.35 
 
 
202 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.285079 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2007  LexA repressor  27.75 
 
 
202 aa  60.1  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.417718  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3565  LexA repressor  26.82 
 
 
224 aa  60.1  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000173958  hitchhiker  0.00714221 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1483  SOS-response transcriptional repressor, LexA  30.2 
 
 
261 aa  60.1  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.639619  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2543  LexA family transcriptional regulator  37.08 
 
 
204 aa  60.1  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0539699  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3872  LexA repressor  28.02 
 
 
202 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315226  normal  0.945039 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0001  protein SamA  30.71 
 
 
141 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4342  putative prophage repressor  31.45 
 
 
146 aa  59.7  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2070  SOS-response transcriptional repressor, LexA  29.59 
 
 
212 aa  60.1  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2143  LexA repressor  29.35 
 
 
202 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0821224 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3599  LexA repressor  29.35 
 
 
202 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0155169  normal  0.533875 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3770  LexA repressor  25.87 
 
 
202 aa  59.3  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.638288  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3860  LexA repressor  25.87 
 
 
202 aa  59.3  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.528638  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1659  LexA repressor  28.57 
 
 
202 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1300  LexA repressor  25.87 
 
 
202 aa  59.3  0.00000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1866  LexA repressor  28.96 
 
 
225 aa  59.3  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.306175  normal  0.097815 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>