More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4650 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3574  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
466 aa  948    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.382428 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4650  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
466 aa  948    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4427  multi-sensor signal transduction histidine kinase  49.61 
 
 
462 aa  341  2e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.61 
 
 
462 aa  341  2e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.140942  normal  0.159095 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1215  PAS  50.28 
 
 
515 aa  332  9e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0191  transmembrane two component system sensor kinase transcription regulator protein  48.18 
 
 
458 aa  327  3e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0364977 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 
671 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.773791  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  49.43 
 
 
665 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.163996  normal  0.752378 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5988  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.57 
 
 
700 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.11 
 
 
684 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136482  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.37 
 
 
707 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4001  multi-sensor signal transduction histidine kinase  49.29 
 
 
700 aa  312  9e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4366  multi-sensor signal transduction histidine kinase  49.29 
 
 
700 aa  312  9e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4255  multi-sensor signal transduction histidine kinase  49.29 
 
 
703 aa  311  1e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1651  multi-sensor signal transduction histidine kinase  49.57 
 
 
703 aa  311  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.658025  normal  0.250867 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6313  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.98 
 
 
448 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1851  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  45.11 
 
 
450 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1248  sensory box histidine kinase/response regulator  43.65 
 
 
687 aa  300  4e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535727  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0126  sensory box histidine kinase/response regulator  47.62 
 
 
619 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.799989  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1633  sensory box histidine kinase  47.62 
 
 
680 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.736823  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1550  sensory box histidine kinase  47.62 
 
 
680 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4515  two-component regulatory system sensory histidine kinase  47.65 
 
 
383 aa  296  4e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0377261  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4297  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.55 
 
 
347 aa  206  6e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1399  PAS  33.52 
 
 
683 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.04458 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5809  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.01 
 
 
366 aa  166  9e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.325789  normal  0.250191 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1145  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.42 
 
 
490 aa  164  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.894172  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0754  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.02 
 
 
384 aa  161  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.961024  normal  0.0913306 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3924  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  32.95 
 
 
363 aa  154  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.278559  hitchhiker  0.00726573 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0472  sensory box histidine kinase/response regulator  40.52 
 
 
492 aa  153  7e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.798891  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0176  sensory box histidine kinase/response regulator  40.52 
 
 
492 aa  153  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1932  Signal transduction histidine kinase  40.52 
 
 
492 aa  153  7e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0476253  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1009  sensory box histidine kinase/response regulator  40.95 
 
 
463 aa  153  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1432  sensory box histidine kinase/response regulator  40.52 
 
 
492 aa  153  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.188442  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1842  response regulator/sensory box histidine kinase  40.52 
 
 
492 aa  153  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0910  sensory box histidine kinase/response regulator  40.52 
 
 
463 aa  153  8e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0380  sensory box histidine kinase/response regulator  40.52 
 
 
463 aa  153  8e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1092  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.6 
 
 
493 aa  151  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.614695 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2228  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 
654 aa  145  1e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.728607  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0301  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.3 
 
 
748 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1538  putative PAS/PAC sensor protein  28.73 
 
 
495 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0902  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.22 
 
 
509 aa  142  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3594  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 
598 aa  136  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3498  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.11 
 
 
596 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00492042 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5329  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.04 
 
 
595 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1485  two-component hybrid sensor and regulator  40.6 
 
 
575 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1352  putative membrane sensor histidine kinase  40.6 
 
 
575 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3926  histidine kinase  39.75 
 
 
598 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2882  two-component hybrid sensor and regulator  40.24 
 
 
740 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1345  putative membrane sensor histidine kinase  40.17 
 
 
575 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3077  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.77 
 
 
378 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3424  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.96 
 
 
378 aa  133  6e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.164628  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2521  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 
594 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0533071  normal  0.360744 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1573  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, dimerization and phosphoacceptor region  41.1 
 
 
373 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.29 
 
 
795 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0443  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.29 
 
 
795 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.351986  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1401  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.39 
 
 
384 aa  124  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1302  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.06 
 
 
1090 aa  123  6e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0842919  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1273  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.06 
 
 
1090 aa  123  7e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5549  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 
370 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.441753  normal  0.532681 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4793  cyclic nucleotide-binding protein  36.69 
 
 
795 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271636  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 
412 aa  121  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0429  signal transduction histidine kinase  41.3 
 
 
1093 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0440  signal transduction histidine kinase  41.3 
 
 
1093 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.790224  normal  0.127185 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3482  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.21 
 
 
489 aa  119  7.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.063872  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  46.15 
 
 
1629 aa  119  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0559  sensory box histidine kinase  30.66 
 
 
671 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4393  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.48 
 
 
582 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0746  histidine kinase  28.21 
 
 
387 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4526  histidine kinase  36.48 
 
 
582 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.218354 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6236  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.98 
 
 
553 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0848  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.35 
 
 
363 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 
526 aa  117  6e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4619  PAS  31.45 
 
 
670 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.751025 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3735  signal transduction histidine kinase  40.85 
 
 
1183 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.709518  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1894  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.54 
 
 
546 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.640259  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.18 
 
 
700 aa  114  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.6571 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0440  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.68 
 
 
795 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6241  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.38 
 
 
748 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0211  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.27 
 
 
671 aa  113  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.143322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0744  sensory box histidine kinase  34.68 
 
 
799 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.13864  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2388  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.32 
 
 
535 aa  113  8.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.219764  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4175  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.19 
 
 
1083 aa  111  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07820  putative histidine kinase  34.14 
 
 
797 aa  111  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0365473 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01020  sensory box histidine kinase  27.91 
 
 
710 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0755055  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5127  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
799 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.95 
 
 
573 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000284252 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1082  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.76 
 
 
1068 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31862 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06146  sensory box histidine kinase  27.91 
 
 
710 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0682167  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.86 
 
 
1229 aa  110  6e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3502  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.96 
 
 
807 aa  110  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.309689  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 
541 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.163324  normal  0.507763 
 
 
-
 
NC_002936  DET0662  sensor histidine kinase  32.61 
 
 
381 aa  109  9.000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1064  sensory box sensor histidine kinase  26.82 
 
 
1101 aa  109  9.000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_600  sensor histidine kinase  32.61 
 
 
381 aa  109  9.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0751439  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0631  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.48 
 
 
381 aa  109  1e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000982334  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_935  sensor histidine kinase  29.05 
 
 
1226 aa  108  2e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4005  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36 
 
 
801 aa  108  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6559  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.68 
 
 
541 aa  107  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.59439 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3495  signal transduction histidine kinase-like protein  29.95 
 
 
410 aa  107  5e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0736574  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1102  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.42 
 
 
364 aa  107  7e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>