249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4408 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4541  polysaccharide deacetylase  100 
 
 
263 aa  545  1e-154  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00515582 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4408  polysaccharide deacetylase  100 
 
 
263 aa  545  1e-154  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.158219  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5874  polysaccharide deacetylase  56.76 
 
 
296 aa  309  4e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199758  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6214  polysaccharide deacetylase  56.92 
 
 
264 aa  308  5e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282001  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2322  polysaccharide deacetylase family protein  53.45 
 
 
310 aa  249  2e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2052  polysaccharide deacetylase family protein  50.61 
 
 
395 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1076  polysaccharide deacetylase family protein  50.2 
 
 
274 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2342  polysaccharide deacetylase family protein  50.2 
 
 
274 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.769381  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1359  polysaccharide deacetylase family protein  50.61 
 
 
437 aa  241  9e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5605  polysaccharide deacetylase  48.39 
 
 
357 aa  241  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.221698  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1448  polysaccharide deacetylase family protein  52.86 
 
 
378 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3226  polysaccharide deacetylase family protein  52.86 
 
 
437 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.107526  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3111  polysaccharide deacetylase family protein  52.86 
 
 
296 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0897  polysaccharide deacetylase  42.75 
 
 
264 aa  231  1e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000608973 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2543  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  45.18 
 
 
258 aa  225  7e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0976  polysaccharide deacetylase  43.57 
 
 
274 aa  218  1e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000769924  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1542  polysaccharide deacetylase  42.74 
 
 
273 aa  216  4e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.04781e-18 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3100  polysaccharide deacetylase  40.42 
 
 
262 aa  216  4e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2170  polysaccharide deacetylase family protein  41.11 
 
 
256 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1828  polysaccharide deacetylase  41.11 
 
 
278 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2698  polysaccharide deacetylase  43.36 
 
 
295 aa  208  8e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000289703  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0448  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  47.18 
 
 
456 aa  207  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2622  polysaccharide deacetylase family protein  46.64 
 
 
279 aa  198  7e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.424992  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2765  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  46.64 
 
 
554 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0887626  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1030  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  46.64 
 
 
617 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0150  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  46.64 
 
 
279 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1178  polysaccharide deacetylase  33.76 
 
 
370 aa  119  6e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0616  polysaccharide deacetylase  30 
 
 
373 aa  103  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.638459  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0653  regulatory protein, LacI  29.87 
 
 
363 aa  102  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.773413  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4235  polysaccharide deacetylase  27.83 
 
 
349 aa  97.1  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.638047  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1616  polysaccharide deacetylase  28.71 
 
 
488 aa  93.6  3e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2114  polysaccharide deacetylase  32.62 
 
 
321 aa  92.8  5e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1858  polysaccharide deacetylase  29.02 
 
 
347 aa  90.1  4e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000052436  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3801  polysaccharide deacetylase  28.57 
 
 
348 aa  89.7  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3874  polysaccharide deacetylase  28.57 
 
 
348 aa  89.7  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0225  polysaccharide deacetylase family protein  27.06 
 
 
357 aa  88.6  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0372  polysaccharide deacetylase family protein  26.7 
 
 
306 aa  88.2  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04002  Polysaccharide deacetylase family protein  26.54 
 
 
391 aa  88.2  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0367  xylanase/chitin deacetilase  25.79 
 
 
306 aa  87.4  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4008  polysaccharide deacetylase  27.14 
 
 
348 aa  87  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1782  polysaccharide deacetylase  24.55 
 
 
305 aa  86.7  3e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4122  polysaccharide deacetylase  29.72 
 
 
348 aa  86.7  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0145  polysaccharide deacetylase  29.72 
 
 
348 aa  87  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4321  polysaccharide deacetylase  29.72 
 
 
348 aa  86.3  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1249  polysaccharide deacetylase  26.15 
 
 
254 aa  86.3  5e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.651285  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4190  polysaccharide deacetylase  29.72 
 
 
348 aa  86.3  5e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4616  polysaccharide deacetylase family protein  28.84 
 
 
348 aa  85.5  7e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4000  polysaccharide deacetylase  27.62 
 
 
348 aa  85.9  7e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3615  polysaccharide deacetylase  29.15 
 
 
319 aa  85.5  9e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000857717  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3791  polysaccharide deacetylase  30.56 
 
 
348 aa  85.5  9e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2381  polysaccharide deacetylase  23.68 
 
 
336 aa  84.7  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.437029  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2112  glycosy hydrolase family protein  27.03 
 
 
320 aa  83.6  0.000000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3791  polysaccharide deacetylase  25.46 
 
 
354 aa  82.8  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000112343  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0340  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  26.32 
 
 
319 aa  82.8  0.000000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0441347  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04327  biofilm PGA synthesis lipoprotein PgaB  25.26 
 
 
624 aa  82.8  0.000000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.215859  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2619  hypothetical protein  27.76 
 
 
590 aa  82  0.000000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3052  polysaccharide deacetylase  25.3 
 
 
279 aa  82  0.000000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1595  polysaccharide deacetylase  27.04 
 
 
510 aa  81.6  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0639378  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0869  polysaccharide deacetylase  26.89 
 
 
615 aa  80.9  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0895  polysaccharide deacetylase  26.89 
 
 
615 aa  80.9  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0313662  normal  0.429695 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0136  polysaccharide deacetylase  30.09 
 
 
316 aa  81.3  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2791  hypothetical protein  27.43 
 
 
640 aa  80.5  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.291104  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0181  polysaccharide deacetylase  28.3 
 
 
353 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2279  polysaccharide deacetylase  25.84 
 
 
318 aa  79.7  0.00000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5057  polysaccharide deacetylase  26.14 
 
 
645 aa  79.3  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1620  polysaccharide deacetylase  25.73 
 
 
278 aa  79.3  0.00000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2241  polysaccharide deacetylase  23.81 
 
 
297 aa  78.2  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3249  polysaccharide deacetylase  31.25 
 
 
266 aa  78.2  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2717  polysaccharide deacetylase  25.94 
 
 
628 aa  77.8  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3050  polysaccharide deacetylase  27.18 
 
 
282 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0264951  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3500  polysaccharide deacetylase family protein  31.33 
 
 
349 aa  77  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0020  polysaccharide deacetylase  26.32 
 
 
381 aa  76.6  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0751  polysaccharide deacetylase  23.83 
 
 
673 aa  75.9  0.0000000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.442489  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0108  polysaccharide deacetylase  27.23 
 
 
348 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2023  polysaccharide deacetylase  29.3 
 
 
275 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.385946 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0091  xylanase/chitin deacetylase  22.18 
 
 
318 aa  74.7  0.000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0161  polysaccharide deacetylase  26.2 
 
 
342 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2295  intercellular adhesion protein B  20.79 
 
 
289 aa  73.2  0.000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0572032  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0287  polysaccharide deacetylase  23.04 
 
 
319 aa  72.8  0.000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.316315  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1081  polysaccharide deacetylase  27.05 
 
 
255 aa  72.8  0.000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00669059  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4842  polysaccharide deacetylase  25.46 
 
 
712 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3765  polysaccharide deacetylase  25.46 
 
 
712 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.21811  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0273  polysaccharide deacetylase  24.02 
 
 
627 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2320  polysaccharide deacetylase  29.33 
 
 
313 aa  70.5  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1457  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  26.81 
 
 
237 aa  69.7  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3118  polysaccharide deacetylase  23.74 
 
 
660 aa  69.7  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3011  polysaccharide deacetylase  23.74 
 
 
659 aa  69.7  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.245243  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2104  polysaccharide deacetylase  25.89 
 
 
276 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2926  polysaccharide deacetylase  23.92 
 
 
659 aa  69.3  0.00000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1196  polysaccharide deacetylase  20.48 
 
 
224 aa  68.6  0.00000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.822308  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3589  polysaccharide deacetylase  25.73 
 
 
264 aa  68.2  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525818  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0846  polysaccharide deacetylase  25.93 
 
 
280 aa  68.2  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0659  polysaccharide deacetylase  22.84 
 
 
271 aa  67  0.0000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0665283  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2127  polysaccharide deacetylase  25.82 
 
 
256 aa  66.6  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1796  polysaccharide deacetylase  27.27 
 
 
344 aa  66.6  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0375  polysaccharide deacetylase  22.86 
 
 
323 aa  65.9  0.0000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0881899  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4676  polysaccharide deacetylase  27.23 
 
 
322 aa  65.9  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.629157  normal  0.272149 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0287  putative hemin storage signal peptide protein  23.61 
 
 
724 aa  65.9  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.111967  normal  0.0817308 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0663  polysaccharide deacetylase family protein  22.97 
 
 
261 aa  65.1  0.000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00585388  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2752  polysaccharide deacetylase  26.22 
 
 
251 aa  65.1  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>