52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4255 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4365  hypothetical protein  100 
 
 
552 aa  1063    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.878571  normal  0.937445 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4255  putative transmembrane protein  100 
 
 
552 aa  1063    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.179894 
 
 
-
 
NC_003296  RS02587  hypothetical protein  50.18 
 
 
541 aa  428  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.248324  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1528  membrane protein  34.11 
 
 
603 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.721881  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1048  membrane protein  34.11 
 
 
603 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.795857  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1771  hypothetical protein  35.05 
 
 
602 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00140523  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1504  membrane protein  34.49 
 
 
608 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000532172 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1041  hypothetical protein  35.05 
 
 
602 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0184089  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0124  hypothetical protein  35.05 
 
 
602 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000266977  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1796  hypothetical protein  35.05 
 
 
602 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00710697  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1283  hypothetical protein  35.23 
 
 
568 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00406005  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1950  hypothetical protein  34.88 
 
 
602 aa  213  9e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000061585  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1775  hypothetical protein  34.88 
 
 
602 aa  213  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00194073  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2535  hypothetical protein  35.28 
 
 
602 aa  211  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2791  hypothetical protein  36.41 
 
 
595 aa  206  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0116145  normal  0.246235 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2544  hypothetical protein  36.41 
 
 
649 aa  203  8e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.7801  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1698  hypothetical protein  36.41 
 
 
620 aa  201  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1502  hypothetical protein  36.41 
 
 
620 aa  201  3e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0355  hypothetical protein  36.41 
 
 
620 aa  201  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0321  hypothetical protein  36.24 
 
 
597 aa  200  5e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0849  hypothetical protein  36.24 
 
 
740 aa  200  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2401  hypothetical protein  36.24 
 
 
649 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.612705  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1660  cyclic nucleotide-binding protein  37.25 
 
 
596 aa  198  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.712845 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4453  hypothetical protein  31.38 
 
 
589 aa  197  4.0000000000000005e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0608  hypothetical protein  35.59 
 
 
598 aa  195  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0969981  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2319  membrane protein  31.7 
 
 
596 aa  190  5.999999999999999e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2697  hypothetical protein  31.7 
 
 
590 aa  189  9e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4668  membrane protein  35.08 
 
 
603 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.270258  decreased coverage  0.000905292 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1725  hypothetical protein  31.39 
 
 
626 aa  169  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.299353  hitchhiker  0.00000909946 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1410  membrane protein  34.98 
 
 
621 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5416  transmembrane protein  33.33 
 
 
563 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.191412  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3661  hypothetical protein  28.74 
 
 
575 aa  137  8e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55820  hypothetical protein  29.19 
 
 
556 aa  117  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1664  membrane protein-like protein  27.4 
 
 
604 aa  107  5e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0012251  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1343  hypothetical protein  26.9 
 
 
571 aa  103  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0404143  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4864  hypothetical protein  26.34 
 
 
556 aa  98.6  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250978  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2155  hypothetical protein  32.05 
 
 
603 aa  91.3  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230042  normal  0.0266885 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4372  hypothetical protein  30.73 
 
 
678 aa  90.5  6e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.323753 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1450  hypothetical protein  27.12 
 
 
648 aa  87  7e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0352344  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2328  membrane protein-like protein  31.07 
 
 
717 aa  86.3  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.548737  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2134  hypothetical protein  27.72 
 
 
543 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.243617  normal  0.504571 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2535  hypothetical protein  27.83 
 
 
554 aa  81.3  0.00000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.311216 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4832  hypothetical protein  27.72 
 
 
672 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.608231  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1635  membrane protein-like protein  31.12 
 
 
542 aa  77  0.0000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0819881 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2326  hypothetical protein  29.16 
 
 
546 aa  71.2  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.406542  normal  0.522542 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2063  membrane protein-like protein  28.15 
 
 
762 aa  70.5  0.00000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.537203 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0066  hypothetical protein  29.27 
 
 
566 aa  67.8  0.0000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.796448 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0636  hypothetical protein  30.71 
 
 
659 aa  64.7  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1102  hypothetical protein  27.79 
 
 
542 aa  64.3  0.000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1261  hypothetical protein  29.1 
 
 
576 aa  63.5  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0953243  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0838  hypothetical protein  27.98 
 
 
651 aa  57.4  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3250  membrane protein-like  29.27 
 
 
573 aa  45.4  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>