72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4246 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4246  TadE family protein  100 
 
 
167 aa  327  4e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.324708 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4356  TadE family protein  100 
 
 
167 aa  327  4e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02595  hypothetical protein  74.27 
 
 
163 aa  181  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.775818 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3652  putative tight adherence (TadE/G) protein  46.58 
 
 
153 aa  112  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5407  TadE-like  47.02 
 
 
154 aa  111  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1939  hypothetical protein  41.06 
 
 
155 aa  98.6  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0225925  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1050  TadE family protein  41.06 
 
 
155 aa  98.6  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.10258  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1787  TadE family protein  41.06 
 
 
155 aa  98.6  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.972115  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1766  TadE family protein  41.06 
 
 
155 aa  98.6  4e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.586094  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0115  hypothetical protein  41.06 
 
 
155 aa  98.6  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.583483  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1780  TadE family protein  41.06 
 
 
155 aa  98.6  4e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2544  hypothetical protein  40.76 
 
 
155 aa  97.4  7e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.307641  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1651  TadE family protein  39.64 
 
 
165 aa  90.9  8e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257032  normal  0.635162 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4659  Flp pilus assembly protein TadG  37.58 
 
 
164 aa  87.4  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000790558  hitchhiker  0.00303362 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1519  TadE family protein  38.71 
 
 
164 aa  86.3  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000188684  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1039  TadE-like  38.71 
 
 
164 aa  86.3  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000150805  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1495  TadE family protein  38.71 
 
 
164 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000514648  hitchhiker  0.0000117146 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1401  TadE family protein  39.19 
 
 
156 aa  84.7  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0415098  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2328  TadE family protein  36.02 
 
 
165 aa  81.6  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2707  hypothetical protein  36.02 
 
 
161 aa  81.3  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0242246  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2800  putative transmembrane protein  38.12 
 
 
165 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1734  TadE family protein  35.15 
 
 
167 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0104166  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1441  TadE family protein  34.73 
 
 
168 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.810829  normal  0.348575 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2319  TadE family protein  37.06 
 
 
158 aa  67  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.208671 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4452  TadE family protein  33.1 
 
 
156 aa  57.4  0.00000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0658  hypothetical protein  50 
 
 
140 aa  54.7  0.0000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0921771 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1644  TadE-like protein  28.76 
 
 
160 aa  54.7  0.0000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000291587  normal  0.422269 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2917  TadE family protein  50 
 
 
136 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.354094  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3251  TadE family protein  34.01 
 
 
166 aa  53.1  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2065  TadE family protein  30.86 
 
 
171 aa  52.8  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.261024  normal  0.604779 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0798  hypothetical protein  29.01 
 
 
156 aa  52  0.000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3970  TadE family protein  51.02 
 
 
134 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.043722  normal  0.677829 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1165  TadE family protein  38.1 
 
 
143 aa  49.7  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0463265  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0542  TadE family protein  34.48 
 
 
157 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0422176  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2635  TadE family protein  46.15 
 
 
148 aa  49.7  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.857387 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2829  TadE-like  48.08 
 
 
136 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.891584  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2051  TadE family protein  35.87 
 
 
138 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0078  TadE family protein  28.46 
 
 
140 aa  49.3  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.413809  normal  0.991188 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3005  TadE family protein  40.58 
 
 
140 aa  48.9  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5822  TadE family protein  34.04 
 
 
152 aa  47.8  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.943338  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1749  Flp pilus assembly protein TadG  31.72 
 
 
151 aa  47.4  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1525  hypothetical protein  25.88 
 
 
174 aa  46.6  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.815078 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4440  TadE family protein  35.44 
 
 
126 aa  46.2  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0344205 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2929  TadE family protein  39.68 
 
 
129 aa  45.1  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.197954  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2154  TadE family protein  33.77 
 
 
174 aa  45.4  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.168979  normal  0.0583008 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0138  TadE family protein  39.74 
 
 
135 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3426  TadE family protein  39.58 
 
 
132 aa  45.1  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0764833  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2064  TadE family protein  26.44 
 
 
180 aa  45.1  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.221684  normal  0.769574 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1665  TadE-like protein  32 
 
 
153 aa  44.7  0.0006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0478529  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2536  TadE-like protein  29.93 
 
 
146 aa  44.7  0.0006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.39522 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1164  TadE family protein  37.93 
 
 
135 aa  44.3  0.0007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.167453  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0638  TadE-like  29.14 
 
 
146 aa  44.3  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7197  TadE-like protein  33.72 
 
 
147 aa  43.9  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0163564  normal  0.273639 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0396  TadE-like  34.92 
 
 
189 aa  43.1  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.385276  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4138  TadE family protein  36.62 
 
 
143 aa  43.1  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2732  TadE family protein  32.89 
 
 
162 aa  43.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4196  TadE family protein  29.69 
 
 
177 aa  42.4  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.394929  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5494  TadE-like  31.25 
 
 
147 aa  42.4  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0094498  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6780  TadE family protein  31.25 
 
 
147 aa  42.4  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0136653  normal  0.216151 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2112  TadE family protein  29.87 
 
 
137 aa  42.4  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5858  TadE family protein  45.07 
 
 
153 aa  42.4  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0252169  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3935  TadE family protein  32.88 
 
 
142 aa  42.4  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0926444  normal  0.0826596 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6368  TadE family protein  31.25 
 
 
147 aa  42.4  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.455628  normal  0.902056 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0306  Flp pilus assembly protein TadG  32.43 
 
 
186 aa  42  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1789  TadE-like  27.42 
 
 
181 aa  42  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3428  TadE family protein  32.88 
 
 
142 aa  42  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.059057  normal  0.388912 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2271  hypothetical protein  41.67 
 
 
180 aa  41.6  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.58997  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0585  TadE family protein  31.33 
 
 
148 aa  41.6  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.786226 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1260  TadE family protein  35.29 
 
 
165 aa  41.2  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.398874  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3088  TadE family protein  41.67 
 
 
180 aa  41.2  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5904  TadE family protein  37.25 
 
 
134 aa  41.2  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.781531  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6296  TadE family protein  32.69 
 
 
147 aa  40.8  0.01  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>