51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4187 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4299  protein of unknown function DUF333  100 
 
 
145 aa  280  4.0000000000000003e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4187  protein of unknown function DUF333  100 
 
 
145 aa  280  4.0000000000000003e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133356  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03138  proline rich transmembrane protein  62.67 
 
 
142 aa  155  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.497108  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2198  protein of unknown function DUF333  50 
 
 
501 aa  65.9  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3072  hypothetical protein  41.67 
 
 
512 aa  60.5  0.000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00570768  hitchhiker  0.00425561 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0706  hypothetical protein  54.17 
 
 
201 aa  58.2  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0124  hypothetical protein  42.86 
 
 
160 aa  55.1  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0538  hemolysin  44 
 
 
93 aa  52.4  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4771  hypothetical protein  45.45 
 
 
249 aa  52.8  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000131093 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0128  hypothetical protein  46.43 
 
 
85 aa  51.2  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4226  hypothetical protein  46.43 
 
 
82 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.998691  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0132  protein of unknown function DUF333  46.43 
 
 
85 aa  50.1  0.000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0133  hypothetical protein  46.43 
 
 
85 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0995  hypothetical protein  47.17 
 
 
87 aa  50.1  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2222  hypothetical protein  52.17 
 
 
104 aa  50.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0979  protein of unknown function DUF333  43.48 
 
 
81 aa  49.3  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00603291  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0221  hypothetical protein  46.15 
 
 
124 aa  48.9  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0898  hypothetical protein  52.17 
 
 
84 aa  48.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.966435 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4072  hypothetical protein  50 
 
 
83 aa  48.1  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0719802 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1777  protein of unknown function DUF333  42.86 
 
 
92 aa  47.8  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2271  hypothetical protein  54.17 
 
 
85 aa  47.4  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.523223  normal  0.11814 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0123  hypothetical protein  41.54 
 
 
98 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0162016 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0129  hypothetical protein  41.54 
 
 
98 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000902821 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01750  hypothetical protein  50 
 
 
84 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.428407  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2046  putative lipoprotein  50 
 
 
84 aa  45.8  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01762  conserved outer membrane protein  50 
 
 
84 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.566585  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2017  putative lipoprotein  50 
 
 
84 aa  45.4  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00047259  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1850  protein of unknown function DUF333  50 
 
 
84 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2517  putative lipoprotein  50 
 
 
84 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.678196 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5610  hypothetical protein  39.13 
 
 
128 aa  45.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0668347  normal  0.937642 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1879  putative lipoprotein  50 
 
 
84 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1840  hypothetical protein  50 
 
 
84 aa  45.1  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.310442  normal  0.289479 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1398  putative lipoprotein  50 
 
 
84 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.115884  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0135  hemolysin protein, putative  44.23 
 
 
96 aa  43.9  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0128  hypothetical protein  36.36 
 
 
98 aa  43.9  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000259025 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1742  protein of unknown function DUF333  32.35 
 
 
94 aa  43.9  0.0008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000746  hemolysin  38.3 
 
 
81 aa  43.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1379  hypothetical protein  42.86 
 
 
97 aa  42  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1871  hypothetical protein  40.38 
 
 
213 aa  41.6  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.764601  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1089  hypothetical protein  40.38 
 
 
98 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0778  hypothetical protein  40.38 
 
 
98 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.994418  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1248  hypothetical protein  40.38 
 
 
98 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.302496  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1256  hypothetical protein  40.38 
 
 
98 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.186019  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1398  hypothetical protein  40.38 
 
 
98 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.632309  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1671  hypothetical protein  44.44 
 
 
93 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0833154  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2283  hypothetical protein  44.44 
 
 
93 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.395959  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2306  hypothetical protein  44.44 
 
 
93 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1026  hypothetical protein  38.46 
 
 
152 aa  40.4  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1961  hypothetical protein  37.25 
 
 
93 aa  40.4  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.426504  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2199  hypothetical protein  42.22 
 
 
93 aa  40  0.01  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2321  hypothetical protein  42.22 
 
 
93 aa  40  0.01  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>