121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3999 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_3999  YheO domain protein  100 
 
 		 213 aa  426  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4112  YheO domain protein  100 
 
 		 213 aa  426  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.246313 
 
 
-
 
NC_003296  RS04794  hypothetical protein  86.19 
 
 		 214 aa  365  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.40629  normal  0.0119092 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2000  YheO domain-containing protein  54.81 
 
 		 217 aa  227  1e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.35427  normal  0.0222508 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3127  YheO domain protein  49.02 
 
 		 218 aa  204  7e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284624  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4823  hypothetical protein  46.63 
 
 		 208 aa  202  5e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00729669  normal  0.42509 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3919  YheO-like  50.74 
 
 		 212 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4449  YheO domain-containing protein  50.74 
 
 		 212 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5858  YheO domain-containing protein  50.74 
 
 		 212 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.575899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3881  YheO domain-containing protein  49.51 
 
 		 212 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0788485 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5755  YheO domain-containing protein  48.1 
 
 		 216 aa  196  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00241536  hitchhiker  0.000000000000540056 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0153  YheO domain-containing protein  48.02 
 
 		 210 aa  195  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000848869 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1494  hypothetical protein  51 
 
 		 212 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101034  normal  0.19833 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2249  YheO domain protein  46.53 
 
 		 207 aa  195  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2555  YheO domain protein  45.73 
 
 		 206 aa  194  7e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.94886  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4342  YheO domain-containing protein  49.02 
 
 		 212 aa  193  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4371  hypothetical protein  48.56 
 
 		 212 aa  193  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4178  YheO domain-containing protein  49.5 
 
 		 236 aa  190  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3785  YheO domain-containing protein  45.77 
 
 		 210 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.81805  normal  0.997739 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3404  YheO domain-containing protein  46.84 
 
 		 224 aa  187  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0420  YheO domain protein  32.52 
 
 		 211 aa  107  1e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2566  YheO domain protein  33.33 
 
 		 220 aa  97.4  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.086205  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0541  hypothetical protein  28.22 
 
 		 210 aa  95.1  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0602  YheO domain-containing protein  28.22 
 
 		 210 aa  95.1  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.156271  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0613  YheO domain-containing protein  31.07 
 
 		 224 aa  88.6  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2761  YheO domain-containing protein  31.7 
 
 		 234 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1030  YheO domain-containing protein  32.02 
 
 		 223 aa  87.8  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2931  YheO domain protein  31.7 
 
 		 274 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20890  YheO domain protein  28.16 
 
 		 221 aa  86.3  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2841  YheO domain-containing protein  29 
 
 		 224 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378743 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2109  YheO domain-containing protein  28.08 
 
 		 216 aa  84.7  9e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.763786  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0810  hypothetical protein  30.54 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1803  YheO domain protein  26.37 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00197351  decreased coverage  0.000758988 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1367  YheO domain-containing protein  27 
 
 		 224 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0038  YheO domain-containing protein  30 
 
 		 201 aa  80.9  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.214034 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00061  hypothetical protein  26.42 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002293  hypothetical protein  26.42 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000331987  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1772  YheO domain protein  32.65 
 
 		 580 aa  79.7  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0235  YheO domain protein  27.36 
 
 		 215 aa  79.3  0.00000000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1636  hypothetical protein  25 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2434  YheO domain protein  28.57 
 
 		 230 aa  77  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000217954  normal  0.0165675 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0689  YheO domain-containing protein  27.06 
 
 		 225 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3043  YheO domain protein  25.24 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2335  YheO domain protein  24.76 
 
 		 263 aa  75.9  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.579523  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2767  hypothetical protein  25.82 
 
 		 240 aa  75.5  0.0000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000230271  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2540  YheO domain-containing protein  28.5 
 
 		 263 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0968  hypothetical protein  31.63 
 
 		 213 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3430  YheO domain-containing protein  26.79 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3834  YheO domain protein  26.21 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.249663  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3512  putative DNA-binding protein  27.4 
 
 		 225 aa  73.6  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.651472  normal  0.122215 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3722  hypothetical protein  26.24 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000194242  normal  0.0632253 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3757  hypothetical protein  26.24 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0543637  normal  0.202333 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3648  hypothetical protein  26.24 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000508468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3649  hypothetical protein  26.24 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000157298  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3820  hypothetical protein  26.24 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000148293  normal  0.984767 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1209  DNA repair protein RecN (recombination protein N)  26.29 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4555  YheO domain-containing protein  25.93 
 
 		 240 aa  73.2  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495528  normal  0.271247 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4655  hypothetical protein  26.24 
 
 		 240 aa  73.2  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000142414  normal  0.0121567 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0312  YheO domain protein  26.21 
 
 		 240 aa  73.2  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000232167  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0394  YheO domain protein  25 
 
 		 249 aa  73.2  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00468087  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4014  YheO domain protein  26.21 
 
 		 248 aa  72.8  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.182407  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3568  YheO domain-containing protein  29 
 
 		 209 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.634176  normal  0.263492 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3925  hypothetical protein  26.89 
 
 		 240 aa  72.8  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000338087  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3682  hypothetical protein  26.89 
 
 		 240 aa  72.8  0.000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00382981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0271  YheO domain-containing protein  26.89 
 
 		 240 aa  72.8  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0835286  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2073  YheO domain protein  26.09 
 
 		 231 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0868612 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03197  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.17 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000385535  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0367  YheO domain protein  26.17 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000615981  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2524  YheO domain-containing protein  26.7 
 
 		 201 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0563238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3542  hypothetical protein  26.17 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.9543e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3815  hypothetical protein  26.17 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000129937  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0367  YheO domain-containing protein  26.17 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.044939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3627  hypothetical protein  26.17 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000861494  hitchhiker  0.00116448 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3720  hypothetical protein  26.17 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156568  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03148  hypothetical protein  26.17 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000388396  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2673  YheO domain-containing protein  26.63 
 
 		 204 aa  72  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0108  YheO domain protein  24.87 
 
 		 224 aa  72  0.000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3937  hypothetical protein  27.72 
 
 		 219 aa  72  0.000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0928038  hitchhiker  0.00381937 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0364  YheO-like  28 
 
 		 240 aa  72  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14000  hypothetical protein  27.96 
 
 		 210 aa  71.6  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.234213  normal  0.0113357 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0847  YheO domain-containing protein  27.72 
 
 		 215 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.262344  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0819  YheO domain-containing protein  28 
 
 		 264 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229038  normal  0.717767 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3192  hypothetical protein  25.85 
 
 		 201 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0722  YheO domain-containing protein  28 
 
 		 264 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3763  YheO domain-containing protein  26.19 
 
 		 240 aa  70.9  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000101154  hitchhiker  0.00366713 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0739  YheO domain-containing protein  28 
 
 		 264 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.074862 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02785  hypothetical protein  24.06 
 
 		 222 aa  69.3  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2028  YheO domain-containing protein  26.77 
 
 		 223 aa  68.6  0.00000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0390581  normal  0.0444206 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1241  hypothetical protein  26.89 
 
 		 210 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1451  hypothetical protein  26.49 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.112752  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2536  MukF protein  25.35 
 
 		 215 aa  67  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1208  YheO domain-containing protein  25 
 
 		 227 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0520  YheO domain protein  32.98 
 
 		 204 aa  65.5  0.0000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0306  putative DNA-binding protein  24.42 
 
 		 237 aa  64.7  0.0000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0301161  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4191  hypothetical protein  31.4 
 
 		 284 aa  63.5  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000545617 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4078  YheO domain-containing protein  25.93 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3071  YheO domain-containing protein  23.44 
 
 		 219 aa  62  0.000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3081  YheO domain-containing protein  23.44 
 
 		 219 aa  62  0.000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3224  YheO domain-containing protein  23.44 
 
 		 219 aa  62  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1295  YheO domain protein  23.44 
 
 		 219 aa  62  0.000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>