More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3955 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_3955  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 		 171 aa  349  1e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.420948  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4068  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 		 171 aa  349  1e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3441  MarR family transcriptional regulator  66.44 
 
 		 174 aa  201  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1679  transcriptional regulator, MarR family  65.56 
 
 		 157 aa  198  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3276  MarR family transcriptional regulator  59.63 
 
 		 168 aa  195  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2013  transcriptional regulator, MarR family  68.35 
 
 		 145 aa  194  5.000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3271  MarR family transcriptional regulator  58.94 
 
 		 155 aa  178  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2934  Transcriptional regulator protein  52.94 
 
 		 158 aa  172  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4007  MarR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 184 aa  169  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4874  regulatory protein, MarR  33.59 
 
 		 161 aa  86.3  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0298906  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1411  MarR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 147 aa  80.5  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.168618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2522  transcriptional regulator, MarR family  35.61 
 
 		 148 aa  79.3  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.615461 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2867  transcriptional regulator, MarR family  36 
 
 		 152 aa  77.8  0.00000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0322809  normal  0.0426996 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4139  transcriptional regulator, MarR family  36.61 
 
 		 149 aa  77.4  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.200731  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3367  transcriptional regulator, MarR family  35.71 
 
 		 154 aa  73.9  0.0000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03320  transcriptional regulator  35.54 
 
 		 150 aa  73.6  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05199  transcription regulator protein  31.16 
 
 		 154 aa  72.8  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000214035  normal  0.0753058 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4112  transcriptional regulator, MarR family  33.58 
 
 		 152 aa  72  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0425216  normal  0.0879154 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0324  transcriptional regulator, MarR family  29.41 
 
 		 150 aa  72  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.491291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4021  transcriptional regulator, MarR family  31.58 
 
 		 166 aa  71.2  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000632832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12901  transcriptional regulator  33.09 
 
 		 139 aa  70.9  0.000000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.562288  normal  0.906652 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3714  MarR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 150 aa  68.2  0.00000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3787  MarR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 150 aa  68.2  0.00000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.557158  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3727  MarR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 150 aa  68.2  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0619  MarR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 160 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.267818  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2352  MarR family regulatory protein  28.67 
 
 		 160 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1813  MarR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 160 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.213004  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1055  MarR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 160 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.435281  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0848  MarR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 160 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0779  MarR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 167 aa  67  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1140  MarR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 160 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3216  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 174 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0422342 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2008  MarR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 140 aa  65.5  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.146884 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3564  transcriptional regulator, MarR family  32 
 
 		 151 aa  65.1  0.0000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.352306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2075  transcriptional regulator, MarR family  32.28 
 
 		 150 aa  64.7  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0279  MarR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 165 aa  63.5  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.159434  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1703  transcriptional regulator MarR family  31.65 
 
 		 172 aa  63.2  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.135356  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8819  transcriptional regulator, MarR family  32 
 
 		 214 aa  63.2  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0213904  normal  0.276407 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4187  MarR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 158 aa  62.4  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2467  MarR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 158 aa  62  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.411287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0049  MarR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 167 aa  60.8  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5222  MarR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 167 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5466  MarR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 167 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.17419 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4592  MarR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 167 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00218111 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1882  MarR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 154 aa  59.3  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.64976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4917  MarR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 167 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.36194  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5637  MarR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 147 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.701492  normal  0.0148213 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1638  transcriptional regulator, MarR family  30.72 
 
 		 171 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00207859 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1961  MarR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 143 aa  58.9  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2814  MarR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 172 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.388946 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26700  transcriptional regulator  35.42 
 
 		 166 aa  57.8  0.00000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.347504  normal  0.248869 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4809  transcriptional regulator, MarR family  29.03 
 
 		 161 aa  57.8  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.577759  normal  0.746027 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1895  MarR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 143 aa  57.8  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.423532 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5379  Transcriptional regulators-like protein  30.58 
 
 		 162 aa  57.4  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.0934088 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3289  MarR family transcriptional regulator  34 
 
 		 147 aa  57.4  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.131138 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3121  transcriptional regulator, MarR family  33.61 
 
 		 193 aa  56.6  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3945  MarR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 145 aa  56.6  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.341405 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1723  MarR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 171 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1950  transcriptional regulator, MarR family  31.5 
 
 		 152 aa  54.7  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.146852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0818  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 144 aa  54.7  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1634  transcriptional regulator, MarR family  25.78 
 
 		 140 aa  54.7  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0355019  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2197  MarR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 170 aa  54.3  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0027451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32610  transcriptional regulator  34.82 
 
 		 166 aa  53.5  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0590673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2897  MarR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 141 aa  53.5  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0962  MarR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 165 aa  53.5  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4899  transcriptional regulator, MarR family  28.39 
 
 		 161 aa  53.9  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.529551  normal  0.428583 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1150  Transcriptional regulators-like protein  28.85 
 
 		 168 aa  53.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0264  MarR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 171 aa  53.1  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000861696 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0263  MarR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 151 aa  52.4  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2068  MarR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 142 aa  52  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1915  MarR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 128 aa  52  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0464318  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0613  MarR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 150 aa  52  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.31364  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1251  MarR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 155 aa  51.6  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.461848  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1192  MarR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 143 aa  51.6  0.000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.428453  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2232  transcriptional regulator, MarR family  31.01 
 
 		 151 aa  50.8  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00982992  hitchhiker  0.00000264817 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1143  MarR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 205 aa  50.4  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3363  transcriptional regulator, MarR family  29.75 
 
 		 154 aa  50.4  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.7144  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4476  MarR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 174 aa  50.4  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4492  transcriptional regulator, MarR family  31.62 
 
 		 193 aa  50.4  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.57372  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4560  MarR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 195 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000343036 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0660  MarR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 175 aa  50.1  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.327844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1639  transcriptional regulator, MarR family  25.2 
 
 		 149 aa  49.7  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20850  MarR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 144 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0259  transcriptional regulator, MarR family  28.47 
 
 		 171 aa  49.7  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.623858  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1502  MarR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 157 aa  49.7  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1789  putative transcriptional regulator  26.32 
 
 		 144 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0934  MarR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 303 aa  48.9  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0213342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1757  MarR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 150 aa  48.9  0.00004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.888678  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3105  transcriptional regulator, MarR family  30.25 
 
 		 154 aa  48.5  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0272572 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0844  regulatory protein MarR  30.77 
 
 		 213 aa  48.5  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0324688  normal  0.429878 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7239  transcriptional regulator, MarR family  34.23 
 
 		 147 aa  48.9  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0803  transcriptional regulator, MarR family  30.77 
 
 		 213 aa  48.5  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262116  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  27.83 
 
 		 149 aa  48.9  0.00004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1055  MarR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 165 aa  48.1  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283145  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1922  MarR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 165 aa  48.1  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.236753  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0768  transcriptional regulator, MarR family  30.77 
 
 		 219 aa  48.5  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.225791  normal  0.012772 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0997  MarR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 165 aa  48.1  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1501  MarR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 165 aa  48.1  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.340787  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0169  MarR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 165 aa  48.1  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00968003  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1746  MarR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 165 aa  48.1  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0867491  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>