90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3855 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_3855  protein of unknown function DUF58  100 
 
 
357 aa  706    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3969  protein of unknown function DUF58  100 
 
 
357 aa  706    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.068653 
 
 
-
 
NC_003296  RS03012  hypothetical protein  79.04 
 
 
352 aa  503  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3625  hypothetical protein  45.74 
 
 
316 aa  273  3e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5566  hypothetical protein  47.69 
 
 
346 aa  251  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.708703  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1490  hypothetical protein  37.22 
 
 
326 aa  177  3e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00153565  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0467  hypothetical protein  37.58 
 
 
321 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2249  hypothetical protein  35.83 
 
 
327 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.497774  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1324  protein of unknown function DUF58  36.45 
 
 
344 aa  172  1e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.12431  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3010  protein of unknown function DUF58  35.75 
 
 
333 aa  166  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.29026  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2530  hypothetical protein  36.62 
 
 
341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2518  hypothetical protein  33.23 
 
 
316 aa  160  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.451759  normal  0.113037 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1218  hypothetical protein  35.1 
 
 
355 aa  159  6e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.892265  normal  0.23692 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1838  hypothetical protein  36.79 
 
 
317 aa  158  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2385  hypothetical protein  38.36 
 
 
344 aa  156  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2054  hypothetical protein  34.7 
 
 
318 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.285922  normal  0.509055 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02437  hypothetical protein  39.87 
 
 
318 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3378  protein of unknown function DUF58  36 
 
 
323 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1244  hypothetical protein  39.87 
 
 
336 aa  152  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0164654  normal  0.183066 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2280  hypothetical protein  37.42 
 
 
317 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2304  protein of unknown function DUF58  36.19 
 
 
341 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2815  hypothetical protein  36.19 
 
 
341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.682313  normal  0.278413 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0863  protein of unknown function DUF58  40 
 
 
314 aa  145  8.000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.344005  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2369  hypothetical protein  27.13 
 
 
323 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.366253  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1576  hypothetical protein  35 
 
 
339 aa  144  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0183217  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3147  hypothetical protein  36.42 
 
 
337 aa  142  8e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.210354 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2097  hypothetical protein  38.18 
 
 
372 aa  140  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2068  hypothetical protein  31.87 
 
 
349 aa  139  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.604941 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1117  hypothetical protein  33.96 
 
 
319 aa  138  1e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1211  hypothetical protein  33.96 
 
 
319 aa  138  1e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2075  protein of unknown function DUF58  33.89 
 
 
315 aa  138  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0220521  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2449  hypothetical protein  35.28 
 
 
318 aa  136  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.340294  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2162  hypothetical protein  36.7 
 
 
339 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0151001  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2913  hypothetical protein  36.69 
 
 
362 aa  130  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.278272 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0727  protein of unknown function DUF58  30.55 
 
 
302 aa  123  5e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1884  hypothetical protein  33.66 
 
 
323 aa  119  7e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.65449  normal  0.844493 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1872  hypothetical protein  26.3 
 
 
316 aa  119  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1863  hypothetical protein  25.08 
 
 
316 aa  116  6.9999999999999995e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26920  hypothetical protein  32.82 
 
 
318 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2417  hypothetical protein  27.91 
 
 
338 aa  105  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.479744  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1878  hypothetical protein  30.67 
 
 
330 aa  104  2e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0820  hypothetical protein  30.35 
 
 
323 aa  104  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2108  hypothetical protein  29.06 
 
 
354 aa  101  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2777  hypothetical protein  25 
 
 
337 aa  100  6e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.668338  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2531  hypothetical protein  26.17 
 
 
372 aa  98.2  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2127  hypothetical protein  26.98 
 
 
334 aa  97.1  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2349  hypothetical protein  26.61 
 
 
417 aa  96.7  5e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2624  hypothetical protein  29.38 
 
 
329 aa  96.7  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.681677  normal  0.0502315 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1966  hypothetical protein  25.89 
 
 
329 aa  93.6  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2243  hypothetical protein  27.64 
 
 
361 aa  93.2  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.760307  normal  0.435241 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02556  hypothetical protein  24.04 
 
 
374 aa  91.7  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2151  hypothetical protein  27.16 
 
 
346 aa  91.7  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1898  hypothetical protein  27.64 
 
 
342 aa  90.9  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1855  hypothetical protein  27.64 
 
 
361 aa  90.5  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.270651  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1777  hypothetical protein  27.33 
 
 
361 aa  89.7  8e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4562  hypothetical protein  28.4 
 
 
365 aa  87  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2276  hypothetical protein  28.4 
 
 
365 aa  87  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2050  hypothetical protein  28.22 
 
 
365 aa  85.9  9e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2097  hypothetical protein  28.22 
 
 
365 aa  85.9  9e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1944  hypothetical protein  27.02 
 
 
353 aa  85.9  9e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2288  protein of unknown function DUF58  28.09 
 
 
365 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.523334  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1793  transglutaminase-like protein  30.56 
 
 
943 aa  80.5  0.00000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.634482  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1675  hypothetical protein  24.67 
 
 
353 aa  72.8  0.000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1320  protein of unknown function DUF58  28.57 
 
 
275 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.5057  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2963  protein of unknown function DUF58  28.21 
 
 
275 aa  66.6  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.023693 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3276  hypothetical protein  23.55 
 
 
294 aa  66.6  0.0000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.864378  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2043  protein of unknown function DUF58  25.1 
 
 
267 aa  60.1  0.00000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2086  protein of unknown function DUF58  24.59 
 
 
384 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3160  hypothetical protein  26.59 
 
 
442 aa  57.8  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.491633  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2130  protein of unknown function DUF58  25.6 
 
 
384 aa  57  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.66506 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0817  protein of unknown function DUF58  24.6 
 
 
552 aa  53.1  0.000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1099  hypothetical protein  32.6 
 
 
392 aa  52  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.430277  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6585  protein of unknown function DUF58  31.01 
 
 
380 aa  52.4  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.433364 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2888  hypothetical protein  27.44 
 
 
426 aa  50.8  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0586  hypothetical protein  25.44 
 
 
385 aa  50.8  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0370904 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0188  hypothetical protein  27.72 
 
 
412 aa  50.8  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3417  protein of unknown function DUF58  26.8 
 
 
384 aa  49.7  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3388  protein of unknown function DUF58  26.1 
 
 
385 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2053  hypothetical protein  24.82 
 
 
263 aa  47.8  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0403432  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0048  protein of unknown function DUF58  24.39 
 
 
363 aa  47.4  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1324  hypothetical protein  23.48 
 
 
433 aa  47  0.0005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1642  hypothetical protein  31.09 
 
 
386 aa  47  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.656469 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1569  hypothetical protein  23.87 
 
 
384 aa  47  0.0006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.339258  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2276  protein of unknown function DUF58  23.67 
 
 
398 aa  46.6  0.0006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.29626  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1522  protein of unknown function DUF58  17.52 
 
 
293 aa  45.8  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0493  protein of unknown function DUF58  22.31 
 
 
398 aa  45.4  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0629  protein of unknown function DUF58  29.59 
 
 
325 aa  45.1  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.165682 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1633  hypothetical protein  23.9 
 
 
257 aa  44.7  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447033  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2425  hypothetical protein  25.81 
 
 
276 aa  44.7  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00337672  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1279  protein of unknown function DUF58  29.66 
 
 
491 aa  42.7  0.009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000779401 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>