27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3809 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3922  Fimbrial protein  100 
 
 		 195 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.308919  normal  0.422951 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3809  Fimbrial protein  100 
 
 		 195 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00136767  normal  0.0813635 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0830  Fimbrial protein  87.18 
 
 		 195 aa  303  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.513104  normal  0.115817 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0761  Fimbrial protein  82.56 
 
 		 194 aa  298  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.977833  normal  0.0148789 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3042  fimbrial protein  34.12 
 
 		 195 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000700395  normal  0.254903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3753  fimbrial protein-like protein  34.1 
 
 		 199 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1131  fimbrial protein  30.89 
 
 		 194 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0729525 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1312  fimbral biosynthesis protein  30.69 
 
 		 194 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.467009  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3290  fimbrial protein  32.42 
 
 		 197 aa  49.3  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0324288 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4408  fimbrial subunit CupC1  28.5 
 
 		 203 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3682  Fimbrial protein  26.7 
 
 		 179 aa  47  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.548011  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04146  hypothetical protein  26.7 
 
 		 179 aa  47  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4541  type-1 fimbrial protein  26.7 
 
 		 179 aa  47  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0222698  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04184  fimbrial protein involved in type 1 pilus biosynthesis  26.7 
 
 		 179 aa  47  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5164  fimbrial protein  25.91 
 
 		 200 aa  45.1  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.312284 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4096  long polar fimbrial operon protein LpfA  29.44 
 
 		 190 aa  44.3  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.161781 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1055  fimbrial protein  31.82 
 
 		 193 aa  44.3  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0378165 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4193  long polar fimbrial operon protein LpfA  29.44 
 
 		 190 aa  42.4  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4243  fimbrial protein  29.44 
 
 		 190 aa  42.4  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5821  type-1 fimbrial protein homolog  28.11 
 
 		 165 aa  42.4  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4842  type-1 fimbrial protein  26.97 
 
 		 165 aa  42  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51470  fimbrial subunit CupC1  29.86 
 
 		 205 aa  41.6  0.007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00125924  hitchhiker  0.000154945 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3918  long polar fimbria protein A  30.3 
 
 		 174 aa  41.6  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.817058 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3962  long polar fimbria protein A  30.3 
 
 		 174 aa  41.6  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4023  long polar fimbria protein A  30.3 
 
 		 174 aa  41.6  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4804  type-1 fimbrial protein homolog  27.53 
 
 		 165 aa  41.2  0.009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4540  type-1 fimbrial protein  32.2 
 
 		 184 aa  41.2  0.01  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00344914  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>