More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3290 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3012  50S ribosomal protein L16  100 
 
 
138 aa  278  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000599816  normal  0.0124022 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2943  50S ribosomal protein L16  100 
 
 
138 aa  278  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000488638  hitchhiker  0.000000740815 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3290  50S ribosomal protein L16  100 
 
 
138 aa  278  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000483098  decreased coverage  0.000000529176 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3310  50S ribosomal protein L16  97.83 
 
 
138 aa  272  1.0000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000336027  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3172  50S ribosomal protein L16  97.1 
 
 
138 aa  271  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000521521  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3485  50S ribosomal protein L16  93.43 
 
 
138 aa  264  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00369776  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3797  50S ribosomal protein L16  93.43 
 
 
138 aa  264  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2625  50S ribosomal protein L16  93.43 
 
 
138 aa  264  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.623647  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3769  50S ribosomal protein L16  93.43 
 
 
138 aa  264  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000165417  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3739  50S ribosomal protein L16  93.43 
 
 
138 aa  264  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000550662  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3061  50S ribosomal protein L16  93.43 
 
 
138 aa  264  2.9999999999999995e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000117854  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3162  50S ribosomal protein L16  93.43 
 
 
138 aa  264  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000364503  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1931  50S ribosomal protein L16  93.43 
 
 
138 aa  264  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000246201  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3637  50S ribosomal protein L16  93.43 
 
 
138 aa  263  5.999999999999999e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000627073  hitchhiker  0.0000000000181124 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0321  50S ribosomal protein L16  93.43 
 
 
138 aa  263  5.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000904365  decreased coverage  0.00244098 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0256  50S ribosomal protein L16  93.43 
 
 
138 aa  262  8.999999999999999e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00173139  normal  0.0172892 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2833  50S ribosomal protein L16  91.97 
 
 
138 aa  261  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000261677  normal  0.482727 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3454  50S ribosomal protein L16  92.03 
 
 
138 aa  260  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000581922  decreased coverage  0.00396929 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2752  50S ribosomal protein L16  92.03 
 
 
138 aa  260  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000962733  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0334  50S ribosomal protein L16  92.03 
 
 
138 aa  260  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000896805  normal  0.0198335 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0355  50S ribosomal protein L16  92.03 
 
 
138 aa  260  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000176857  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0283  50S ribosomal protein L16  91.3 
 
 
138 aa  259  6e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000045602  normal  0.0248702 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0274  50S ribosomal protein L16  91.3 
 
 
138 aa  259  6e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000119561  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0057  50S ribosomal protein L16  87.59 
 
 
137 aa  254  4e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000274594  hitchhiker  4.45125e-19 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0060  50S ribosomal protein L16  87.59 
 
 
137 aa  254  4e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000262847  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0412  50S ribosomal protein L16  86.96 
 
 
138 aa  248  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000749036  normal  0.231316 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3331  50S ribosomal protein L16  89.05 
 
 
138 aa  248  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000490254  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0774  50S ribosomal protein L16  86.86 
 
 
138 aa  242  9.999999999999999e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000401097  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0398  50S ribosomal protein L16  83.94 
 
 
138 aa  241  3e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0286  50S ribosomal protein L16  81.88 
 
 
138 aa  240  3.9999999999999997e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000233606  hitchhiker  0.00000173013 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0345  50S ribosomal protein L16  81.75 
 
 
138 aa  238  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.739822  decreased coverage  0.000284726 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0280  50S ribosomal protein L16  81.02 
 
 
138 aa  237  5e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000143066  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0285  50S ribosomal protein L16  81.02 
 
 
138 aa  237  5e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.931697  hitchhiker  0.0000000330456 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3436  50S ribosomal protein L16  83.21 
 
 
138 aa  236  5.999999999999999e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.109776  normal  0.197856 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4906  50S ribosomal protein L16  81.02 
 
 
138 aa  236  6.999999999999999e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0575421  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3788  50S ribosomal protein L16  81.02 
 
 
138 aa  236  1e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0821635  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0263  50S ribosomal protein L16  80.29 
 
 
138 aa  235  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.290955  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0210  50S ribosomal protein L16  79.56 
 
 
138 aa  235  2e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.334527 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3992  50S ribosomal protein L16  82.61 
 
 
138 aa  234  3e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729687 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1271  50S ribosomal protein L16  80.29 
 
 
138 aa  231  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00776716  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0504  50S ribosomal protein L16  78.68 
 
 
138 aa  225  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.110652  hitchhiker  0.000000000243822 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0334  50S ribosomal protein L16  78.68 
 
 
138 aa  225  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0307948  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0326  50S ribosomal protein L16  85.4 
 
 
137 aa  219  7e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  8.01063e-21  unclonable  0.0000000406841 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0967  50S ribosomal protein L16  75.74 
 
 
137 aa  219  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104122  hitchhiker  0.00000106632 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2365  50S ribosomal protein L16  72.79 
 
 
137 aa  215  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.309525  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0220  50S ribosomal protein L16  76.47 
 
 
136 aa  213  8e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000896692  unclonable  0.00000708625 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0726  50S ribosomal protein L16  75 
 
 
137 aa  212  9.999999999999999e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00162053  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0165  50S ribosomal protein L16  77.21 
 
 
136 aa  212  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000800282  hitchhiker  0.000293635 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0428  50S ribosomal protein L16  72.79 
 
 
137 aa  210  3.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0983834  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0191  50S ribosomal protein L16  75.74 
 
 
136 aa  210  5.999999999999999e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000239067  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2167  50S ribosomal protein L16  75 
 
 
136 aa  208  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000412231  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0327  50S ribosomal protein L16  75 
 
 
136 aa  208  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000295305  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001735  LSU ribosomal protein L16p (L10e)  75 
 
 
136 aa  207  3e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000145291  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00737  50S ribosomal protein L16  75 
 
 
136 aa  207  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3815  50S ribosomal protein L16  75.74 
 
 
136 aa  207  4e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000419502  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0177  50S ribosomal protein L16  75 
 
 
136 aa  207  4e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000245989  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3994  50S ribosomal protein L16  75.74 
 
 
136 aa  207  4e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000110255  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0330  ribosomal protein L16  75.74 
 
 
136 aa  206  6e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000097682  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4537  50S ribosomal protein L16  75 
 
 
136 aa  206  7e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000159558  hitchhiker  0.00171467 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0412  ribosomal protein L16  75.74 
 
 
136 aa  206  8e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0307436  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0155  50S ribosomal protein L16  74.26 
 
 
136 aa  206  8e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000013379  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03164  50S ribosomal protein L16  75 
 
 
136 aa  206  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00234681  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0400  ribosomal protein L16  75 
 
 
136 aa  206  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000422385  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3608  50S ribosomal protein L16  75 
 
 
136 aa  206  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000249796  normal  0.0156267 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3698  50S ribosomal protein L16  75 
 
 
136 aa  206  1e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649988  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3744  50S ribosomal protein L16  75.74 
 
 
136 aa  205  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000101532  hitchhiker  0.0036093 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3796  50S ribosomal protein L16  75 
 
 
136 aa  206  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000688504  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3507  50S ribosomal protein L16  75 
 
 
136 aa  206  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143497  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4636  50S ribosomal protein L16  75 
 
 
136 aa  206  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000060598  normal  0.151194 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03115  hypothetical protein  75 
 
 
136 aa  206  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00186538  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0400  50S ribosomal protein L16  75 
 
 
136 aa  206  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000614919  hitchhiker  0.0000683618 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3629  50S ribosomal protein L16  75 
 
 
136 aa  204  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000850628  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3737  50S ribosomal protein L16  75 
 
 
136 aa  204  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0980625  normal  0.023864 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3702  50S ribosomal protein L16  75 
 
 
136 aa  204  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00107206  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3800  50S ribosomal protein L16  75 
 
 
136 aa  204  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0333969  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3629  50S ribosomal protein L16  75 
 
 
136 aa  204  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0183832  normal  0.899526 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0330  ribosomal protein L16  70.15 
 
 
137 aa  204  3e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000439211  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0433  50S ribosomal protein L16  70.59 
 
 
137 aa  204  3e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000574852  hitchhiker  0.0000247561 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2317  50S ribosomal protein L16  70.59 
 
 
137 aa  204  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0179145  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0401  50S ribosomal protein L16  72.06 
 
 
137 aa  202  1e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0376  50S ribosomal protein L16  72.06 
 
 
137 aa  202  1e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0866  50S ribosomal protein L16  70.15 
 
 
137 aa  201  4e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2317  50S ribosomal protein L16  71.32 
 
 
137 aa  201  4e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000221172  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2162  ribosomal protein L16  69.85 
 
 
137 aa  201  4e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00554254  normal  0.180391 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3908  50S ribosomal protein L16  72.79 
 
 
136 aa  200  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000657151  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4269  50S ribosomal protein L16  77.21 
 
 
137 aa  200  5e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000832167  unclonable  0.00000000000355687 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0290  50S ribosomal protein L16  72.79 
 
 
136 aa  200  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000162666  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0591  50S ribosomal protein L16  72.79 
 
 
136 aa  200  5e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000146592  normal  0.424552 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0854  50S ribosomal protein L16  67.15 
 
 
137 aa  200  6e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000606887  hitchhiker  0.000468877 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0501  50S ribosomal protein L16  66.18 
 
 
137 aa  199  8e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00841148  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0440  50S ribosomal protein L16  66.18 
 
 
137 aa  199  8e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0595716  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0302  50S ribosomal protein L16  69.12 
 
 
137 aa  199  9.999999999999999e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00320104  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00452  50S ribosomal protein L16  70.59 
 
 
136 aa  198  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0232467  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0491  50S ribosomal protein L16  67.65 
 
 
137 aa  197  3.9999999999999996e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000419023  normal  0.026966 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04514  50S ribosomal protein L16  72.8 
 
 
137 aa  197  5e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0019993  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0496  50S ribosomal protein L16  66.91 
 
 
137 aa  196  7.999999999999999e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000877255  hitchhiker  0.00385796 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0763  50S ribosomal protein L16  71.2 
 
 
137 aa  194  3e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000217084  normal  0.115111 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0476  50S ribosomal protein L16  69.12 
 
 
136 aa  194  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0462501  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4683  50S ribosomal protein L16  75.74 
 
 
136 aa  191  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000184582  unclonable  0.0000000132516 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4310  50S ribosomal protein L16  75.74 
 
 
136 aa  191  3e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000402503  unclonable  0.0000000000462981 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>