74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3250 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3250  Pilus assembly protein PilP  100 
 
 		 181 aa  373  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.562736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2903  Pilus assembly protein PilP  98.9 
 
 		 181 aa  370  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.820012  normal  0.0834769 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2972  fimbrial type-4 assembly lipoprotein  86.19 
 
 		 181 aa  330  9e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.242531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3269  pilus assembly protein PilQ  61.44 
 
 		 179 aa  191  6e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3132  pilus assembly protein, PilQ  57.89 
 
 		 178 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1143  Pilus assembly protein PilP  41.44 
 
 		 180 aa  143  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0702  Pilus assembly protein PilP  40 
 
 		 183 aa  138  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0733  pilus assembly protein, PilQ  40 
 
 		 183 aa  138  3.9999999999999997e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3110  fimbrial assembly protein  38.12 
 
 		 181 aa  134  8e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.114808 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5578  pilus assembly protein PilP  38.55 
 
 		 182 aa  131  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.694592 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0999  pilus assembly protein, PilQ  40.99 
 
 		 181 aa  131  6e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.435204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0675  pilus assembly protein, PilQ  37.43 
 
 		 183 aa  125  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.14172 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2922  pilus assembly protein, PilQ  38.33 
 
 		 180 aa  125  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0784  pilus assembly protein, PilQ  38.18 
 
 		 183 aa  123  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0233715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3404  pilus assembly protein PilP  42.59 
 
 		 186 aa  123  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.392117 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0019  pilus assembly protein, PilQ  37.27 
 
 		 180 aa  119  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0205  type IV pilus assembly protein PilP  37.8 
 
 		 166 aa  115  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.272301 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0213  pilus assembly protein, PilQ  32.56 
 
 		 181 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.94525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0837  Pilus assembly protein PilP  33.94 
 
 		 174 aa  112  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2458  type IV pilus assembly protein PilP  34.57 
 
 		 176 aa  107  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.977907  normal  0.948644 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5129  type IV pilus biogenesis protein PilP  34.13 
 
 		 175 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0406  pilus assembly protein, PilQ  32.93 
 
 		 175 aa  97.4  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1940  Pilus assembly protein PilP  32.95 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3027  Pilus assembly protein PilP  32.74 
 
 		 186 aa  92.4  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1857  fimbrial assembly protein  33.96 
 
 		 176 aa  91.7  6e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00682106  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1786  pilus assembly protein PilP  33.96 
 
 		 176 aa  91.3  7e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.307006  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0328  type 4 fimbrial biogenesis protein PilP  30.86 
 
 		 180 aa  90.5  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.871784  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5778  type 4 fimbrial biogenesis protein PilP  30.81 
 
 		 173 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0545  pilus assembly protein, PilQ  28.9 
 
 		 175 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66630  type 4 fimbrial biogenesis protein PilP  31.21 
 
 		 174 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02352  fimbrial assembly protein  32.3 
 
 		 163 aa  84  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.688013  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0829  pilus assembly protein, PilQ  31.36 
 
 		 180 aa  82.8  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.792961  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45270  Pilus assembly protein  26.51 
 
 		 174 aa  83.2  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3237  Pilus assembly protein PilP  33.57 
 
 		 177 aa  82.4  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.947409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0611  pilus assembly protein, PilQ  30.18 
 
 		 186 aa  82.4  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0576908  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0961  Tfp pilus assembly protein PilP  29.3 
 
 		 194 aa  79.3  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0992  Tfp pilus assembly protein PilP  30 
 
 		 194 aa  79  0.00000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0250  pilus assembly protein, PilQ  27.38 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.624121  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0668  pilus assembly protein, PilQ  25.88 
 
 		 177 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2688  type 4 fimbrial biogenesis protein PilP  29.27 
 
 		 164 aa  75.1  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000848303  normal  0.0164816 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0408  pilus assembly protein, PilQ  28.57 
 
 		 174 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0021286  normal  0.0991539 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0470  type IV pilus biogenesis protein PilP  27.81 
 
 		 184 aa  74.3  0.0000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.385764  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0278  Pilus assembly protein PilP  27.47 
 
 		 180 aa  73.6  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.912251 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00512  putative Type IV pilus biogenesis protein PilP  29.63 
 
 		 163 aa  72.4  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4267  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.63 
 
 		 171 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2208  putative fimbrial assembly protein PilP  29.45 
 
 		 172 aa  70.5  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00448572  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0211  pilus assembly protein, PilQ  26.35 
 
 		 171 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00519508  hitchhiker  0.0081665 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4086  pilus assembly protein PilP  26.47 
 
 		 171 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4204  pilus assembly protein PilP  26.47 
 
 		 171 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4115  pilus assembly protein PilP  27.65 
 
 		 171 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0895824  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3708  pilus assembly protein, PilQ  24.56 
 
 		 172 aa  63.5  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553172  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3370  type IV pilus biogenesis protein PilP  27.38 
 
 		 172 aa  63.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0198252  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0284  type IV pilus biogenesis protein PilP  25 
 
 		 171 aa  63.5  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0373  pilus assembly protein, PilQ  24.71 
 
 		 172 aa  62.8  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.145937  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4005  Pilus assembly protein PilP  26.53 
 
 		 171 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0161  type IV pilus biogenesis protein PilP  24.55 
 
 		 174 aa  59.3  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.420826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0736  type 4 fimbrial biogenesis protein PilP, putative  28.24 
 
 		 182 aa  59.3  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0884  Pilus assembly protein PilP  28.24 
 
 		 182 aa  59.3  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0259  pilus assembly protein, PilQ  25.64 
 
 		 172 aa  58.5  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3896  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  23.65 
 
 		 171 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00151123  normal  0.208053 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0338  pilus assembly protein PilP  23.78 
 
 		 171 aa  55.8  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0245  pilus assembly protein, PilQ  23.65 
 
 		 171 aa  55.5  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.979467 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3700  pilus assembly protein, PilQ  23.65 
 
 		 171 aa  55.5  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2719  fimbrial assembly protein PilP  22.42 
 
 		 172 aa  53.5  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0236  pilus assembly protein PilP  23.08 
 
 		 172 aa  53.1  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.511899  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2200  PilP  34.43 
 
 		 180 aa  52  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2758  pilus assembly protein, PilQ  33.71 
 
 		 181 aa  52  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.912715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002325  type IV pilus biogenesis protein PilP  23.68 
 
 		 171 aa  50.4  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.089507  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00030  fimbrial assembly protein PilP  22.84 
 
 		 171 aa  48.9  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0385  type IV pili biogenesis protein PilP  27.2 
 
 		 338 aa  47.8  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2170  pilus assembly protein, PilQ  27.67 
 
 		 179 aa  47  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0954419  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1880  type IV pilus assembly  27.67 
 
 		 179 aa  46.2  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000158762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0974  putative type IV pilus assembly protein PilP  30.77 
 
 		 182 aa  42.4  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.462293 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1643  putative type IV pilus assembly protein PilP  32.38 
 
 		 188 aa  41.2  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>