22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0761 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0761  Fimbrial protein  100 
 
 
194 aa  381  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.977833  normal  0.0148789 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3922  Fimbrial protein  82.56 
 
 
195 aa  318  3e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.308919  normal  0.422951 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3809  Fimbrial protein  82.56 
 
 
195 aa  318  3e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00136767  normal  0.0813635 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0830  Fimbrial protein  81.54 
 
 
195 aa  290  7e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.513104  normal  0.115817 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3042  fimbrial protein  38.15 
 
 
195 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000700395  normal  0.254903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3753  fimbrial protein-like protein  35 
 
 
199 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1131  fimbrial protein  30 
 
 
194 aa  51.2  0.000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0729525 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3290  fimbrial protein  33.15 
 
 
197 aa  50.1  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0324288 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1312  fimbral biosynthesis protein  29.76 
 
 
194 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.467009  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3393  fimbrial protein  30.16 
 
 
176 aa  48.1  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1014  type I pilus biogensis protein FimA  28.36 
 
 
187 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1055  fimbrial protein  30.86 
 
 
193 aa  47  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0378165 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5164  fimbrial protein  25.94 
 
 
200 aa  44.7  0.0008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.312284 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4096  long polar fimbrial operon protein LpfA  27.98 
 
 
190 aa  43.9  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161781 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04146  hypothetical protein  24.38 
 
 
179 aa  43.1  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04184  fimbrial protein involved in type 1 pilus biosynthesis  24.38 
 
 
179 aa  43.1  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4541  type-1 fimbrial protein  24.38 
 
 
179 aa  43.1  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0222698  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3682  Fimbrial protein  24.38 
 
 
179 aa  43.1  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.548011  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4193  long polar fimbrial operon protein LpfA  27.98 
 
 
190 aa  42.7  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4243  fimbrial protein  27.98 
 
 
190 aa  42.7  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3853  long polar fimbria protein A  32.98 
 
 
174 aa  41.6  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4408  fimbrial subunit CupC1  28.04 
 
 
203 aa  41.2  0.01  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>