135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0606 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0606  protein of unknown function DUF477  100 
 
 
287 aa  555  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0554  protein of unknown function DUF477  96.62 
 
 
287 aa  421  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.475788  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0663  putative glycine rich transmembrane protein  84.81 
 
 
279 aa  400  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.928357  normal  0.553573 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0664  hypothetical protein  65.57 
 
 
274 aa  296  3e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.613077 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2627  hypothetical protein  67.45 
 
 
288 aa  277  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6199  hypothetical protein  56.63 
 
 
283 aa  186  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5308  protein of unknown function DUF477  52.91 
 
 
293 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.16736  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1696  protein of unknown function DUF477  52.91 
 
 
286 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.973781  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2047  hypothetical protein  48.83 
 
 
283 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.976247  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1903  putative glycine rich membrane protein  49.47 
 
 
285 aa  180  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.521889 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0416  hypothetical protein  55.76 
 
 
287 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3392  hypothetical protein  51.52 
 
 
277 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1510  hypothetical protein  44.44 
 
 
292 aa  176  4e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.402719  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0327  putative lipoprotein  51.27 
 
 
282 aa  175  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0509  putative lipoprotein  50.76 
 
 
282 aa  175  8e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4545  hypothetical protein  50.53 
 
 
286 aa  175  8e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.127077  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3371  putative lipoprotein  49.75 
 
 
282 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3041  putative lipoprotein  49.75 
 
 
282 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2051  putative lipoprotein  49.75 
 
 
282 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2233  putative lipoprotein  49.75 
 
 
282 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0285  putative lipoprotein  57.33 
 
 
284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562494  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0314  putative lipoprotein  49.75 
 
 
282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3401  hypothetical protein  47.2 
 
 
288 aa  172  9e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2118  hypothetical protein  46.73 
 
 
336 aa  169  5e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2693  hypothetical protein  47.42 
 
 
301 aa  169  5e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1189  hypothetical protein  46.73 
 
 
281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0258  hypothetical protein  42.67 
 
 
310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.734577  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6688  hypothetical protein  46.58 
 
 
295 aa  162  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0102145  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3955  hypothetical protein  43.42 
 
 
302 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.742071 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1334  hypothetical protein  45.91 
 
 
290 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.600581  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1720  hypothetical protein  53.02 
 
 
320 aa  159  7e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1762  protein of unknown function DUF477  47.74 
 
 
307 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.485399  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0330  hypothetical protein  42.86 
 
 
309 aa  149  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.570024 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3713  hypothetical protein  42.79 
 
 
301 aa  148  8e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.915027  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0639  hypothetical protein  48.65 
 
 
343 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06980  hypothetical protein  48 
 
 
341 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3876  glycine rich protein  49.67 
 
 
440 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04652  glycine rich protein  47.65 
 
 
288 aa  145  8.000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00734388  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2520  protein of unknown function DUF477  52.12 
 
 
298 aa  145  9e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45700  hypothetical protein  51.41 
 
 
453 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0315  hypothetical protein  49.47 
 
 
300 aa  143  4e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.551867 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0380  hypothetical protein  43.61 
 
 
313 aa  142  6e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0310  protein of unknown function DUF477  49.47 
 
 
302 aa  142  7e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.176101  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0659  protein of unknown function DUF477  44.97 
 
 
295 aa  140  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0103  hypothetical protein  44.51 
 
 
306 aa  139  7e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.504217  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4854  protein of unknown function DUF477  47.26 
 
 
314 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0146  hypothetical protein  44.69 
 
 
305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202851  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0424  hypothetical protein  50 
 
 
290 aa  133  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1478  hypothetical protein  46.88 
 
 
299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.507898  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1372  hypothetical protein  48.03 
 
 
290 aa  130  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740234  hitchhiker  0.000166638 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2033  hypothetical protein  47.79 
 
 
285 aa  129  6e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45710  hypothetical protein  42.68 
 
 
419 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3877  hypothetical protein  40.94 
 
 
422 aa  122  7e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.488803  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1228  protein of unknown function DUF477  40.23 
 
 
315 aa  122  8e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1773  hypothetical protein  35.6 
 
 
256 aa  122  9e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.61154  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1073  hypothetical protein  40 
 
 
313 aa  121  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4038  hypothetical protein  37.44 
 
 
301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000052611  normal  0.949055 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3227  hypothetical protein  39.89 
 
 
277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2277  hypothetical protein  41.72 
 
 
235 aa  119  7e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000559255  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1255  protein of unknown function DUF477  35.32 
 
 
302 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1230  protein of unknown function DUF477  35.32 
 
 
294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0298184 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1419  protein of unknown function DUF477  40.12 
 
 
315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.370568 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2422  protein of unknown function DUF477  34.74 
 
 
287 aa  117  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2363  protein of unknown function DUF477  36.75 
 
 
246 aa  116  5e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.116241  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0394  hypothetical protein  41.33 
 
 
259 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.729327  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3875  hypothetical protein  35.47 
 
 
270 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.063736 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2527  hypothetical protein  43.61 
 
 
256 aa  112  6e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00024916  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47040  hypothetical protein  40.54 
 
 
237 aa  112  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0812  hypothetical protein  33.98 
 
 
260 aa  112  6e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1259  protein of unknown function DUF477  40.41 
 
 
315 aa  112  8.000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.642039  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1082  hypothetical protein  35.53 
 
 
299 aa  112  9e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1795  protein of unknown function DUF477  34.69 
 
 
288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.039663 
 
 
-
 
NC_004310  BR1821  hypothetical protein  36.63 
 
 
267 aa  110  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1753  hypothetical protein  36.63 
 
 
266 aa  110  3e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2296  protein of unknown function DUF477  43.07 
 
 
261 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00760531 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1299  hypothetical protein  34.67 
 
 
250 aa  109  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0218065  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2019  hypothetical protein  42.07 
 
 
261 aa  109  5e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1823  protein of unknown function DUF477  36.21 
 
 
250 aa  108  1e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0387884  normal  0.867329 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2915  hypothetical protein  39.1 
 
 
294 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0386021  normal  0.901055 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1981  protein of unknown function DUF477  43.07 
 
 
262 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.537403  normal  0.307553 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0956  hypothetical protein  34.29 
 
 
264 aa  107  2e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2913  hypothetical protein  39.42 
 
 
297 aa  107  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00131763  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0414  protein of unknown function DUF477  36.9 
 
 
246 aa  105  8e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1392  hypothetical protein  42.86 
 
 
166 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1222  protein of unknown function DUF477  40.96 
 
 
253 aa  103  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2026  protein of unknown function DUF477  37.11 
 
 
260 aa  102  9e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.903181 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3453  hypothetical protein  37.63 
 
 
299 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.529474  normal  0.0920314 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2021  hypothetical protein  38.35 
 
 
229 aa  100  4e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000021885  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3082  hypothetical protein  30.46 
 
 
290 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000317552  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02623  hypothetical protein  29.95 
 
 
290 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000105105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0910  protein of unknown function DUF477  29.95 
 
 
290 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203504  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1288  hypothetical protein  39.39 
 
 
423 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.103511  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02585  hypothetical protein  29.95 
 
 
290 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000156395  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0410  hypothetical protein  35.48 
 
 
386 aa  94.4  2e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00804923 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4747  hypothetical protein  37.85 
 
 
251 aa  93.6  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0582717 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2920  hypothetical protein  29.95 
 
 
242 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.83358e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4334  protein of unknown function DUF477  36.54 
 
 
260 aa  93.2  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.82734 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1821  protein of unknown function DUF477  36.24 
 
 
271 aa  92.8  6e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.367248  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6373  hypothetical protein  35.12 
 
 
265 aa  92.4  8e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0774641  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0990  hypothetical protein  38.85 
 
 
281 aa  91.3  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.698284  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>