More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0100 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0100  Sel1 domain protein repeat-containing protein  100 
 
 
256 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.334736  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0107  Sel1 domain protein repeat-containing protein  92.41 
 
 
253 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0793  hypothetical protein  60 
 
 
254 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.303568  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3794  Sel1 domain-containing protein  58.59 
 
 
251 aa  235  4e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00889747 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1689  TPR repeat-containing protein  60 
 
 
248 aa  234  8e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0199  hypothetical protein  60 
 
 
248 aa  234  8e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.0026614  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0893  TPR repeat-containing protein  60.85 
 
 
257 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0664052  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1202  hypothetical protein  60.45 
 
 
247 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5474  Sel1 domain-containing protein  58.18 
 
 
251 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.617627  normal  0.0666513 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3558  Sel1 repeat-containing protein  58.18 
 
 
251 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4809  Sel1 domain-containing protein  58.18 
 
 
251 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4191  Sel1 domain-containing protein  60.38 
 
 
251 aa  231  9e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1608  hypothetical protein  60 
 
 
248 aa  230  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4713  Sel1 domain-containing protein  59.91 
 
 
251 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.767637 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0097  Sel1  50.92 
 
 
254 aa  222  4e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4024  Sel1 domain-containing protein  53.54 
 
 
250 aa  212  5.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0800  Sel1 repeat-containing protein  47.11 
 
 
252 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.414864 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58600  hypothetical protein  45.89 
 
 
271 aa  171  9e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12410  tetratricopeptide-like helical protein  50.75 
 
 
253 aa  171  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2045  Sel1 domain protein repeat-containing protein  47.53 
 
 
233 aa  170  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5130  hypothetical protein  45.89 
 
 
271 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0219324  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2732  Sel1  42.33 
 
 
307 aa  168  9e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000135758  unclonable  0.000000152447 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0991  Sel1 domain protein repeat-containing protein  45.54 
 
 
239 aa  167  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.659562  normal  0.202953 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4315  Sel1 domain-containing protein  45.66 
 
 
249 aa  158  6e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0906  Sel1 domain-containing protein  44.76 
 
 
249 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0760134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0893  Sel1 domain-containing protein  45.36 
 
 
249 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0863  Sel1 domain protein repeat-containing protein  43.81 
 
 
256 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.442351  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1079  Sel1 domain protein repeat-containing protein  41.55 
 
 
328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.909914  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1950  Sel1 domain protein repeat-containing protein  40.19 
 
 
245 aa  139  6e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1217  hypothetical protein  39.63 
 
 
1402 aa  108  9.000000000000001e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000624156 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1174  hypothetical protein  39.29 
 
 
490 aa  107  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1180  hypothetical protein  39.29 
 
 
490 aa  106  5e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2003  Sel1 domain-containing protein  35.29 
 
 
831 aa  103  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0515794  normal  0.0202924 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0851  hypothetical protein  38.1 
 
 
961 aa  103  3e-21  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00404215 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2982  Sel1 domain protein repeat-containing protein  37.14 
 
 
325 aa  102  8e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.805315  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3001  Sel1 domain-containing protein  37.14 
 
 
325 aa  102  8e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0360  hypothetical protein  36.53 
 
 
305 aa  100  2e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.162937  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0670  hypothetical protein  38.27 
 
 
285 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0277429  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0895  hypothetical protein  33.53 
 
 
1493 aa  97.8  1e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.213201 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0607  hypothetical protein  34.86 
 
 
327 aa  96.7  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0852  hypothetical protein  34.52 
 
 
789 aa  95.9  6e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00159871 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1736  Sel1 domain protein repeat-containing protein  34.12 
 
 
318 aa  95.5  7e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.425462  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2174  hypothetical protein  33.69 
 
 
373 aa  95.1  9e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0854  hypothetical protein  33.33 
 
 
684 aa  94.4  2e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00109274 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0664  hypothetical protein  34.29 
 
 
325 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.575154  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2147  hypothetical protein  33.16 
 
 
373 aa  92  9e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5233  Sel1 domain-containing protein  36.63 
 
 
416 aa  92  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.831763  normal  0.86382 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1767  hypothetical protein  30.77 
 
 
1037 aa  90.9  2e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.636968 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1985  Sel1 domain-containing protein  36.25 
 
 
557 aa  90.5  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000285463  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3372  Sel1 domain-containing protein  34.32 
 
 
685 aa  90.1  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0437762  normal  0.412593 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0104  Sel1 repeat-containing protein  34.86 
 
 
489 aa  89.7  4e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0781  Sel1 domain-containing protein  35.58 
 
 
393 aa  89.4  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000364549  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2230  Sel1  31.67 
 
 
264 aa  89.4  5e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0660698 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1106  TPR repeat- and Sel1 domain-containing protein  31.69 
 
 
523 aa  89  7e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0432  hypothetical protein  33.52 
 
 
1002 aa  87.8  2e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0267452 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0711  Sel1 repeat family  32.32 
 
 
331 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.556165  normal  0.833851 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0340  hypothetical protein  31.21 
 
 
2413 aa  86.3  5e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.259192 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0758  sel1 repeat-containing family protein  32.32 
 
 
331 aa  85.9  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1864  Sel1 domain protein repeat-containing protein  34.46 
 
 
278 aa  85.9  6e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00318997  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04070  TPR repeat-containing protein  34.52 
 
 
1032 aa  85.9  6e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.350939 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1450  Sel1 domain protein repeat-containing protein  36.14 
 
 
380 aa  85.5  8e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0771  hypothetical protein  32.32 
 
 
331 aa  85.1  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.535764  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1171  hypothetical protein  32.28 
 
 
267 aa  85.1  0.000000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.786913  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0727  hypothetical protein  30.45 
 
 
1366 aa  85.1  0.000000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.989916 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2554  Sel1 domain protein repeat-containing protein  35.03 
 
 
392 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.311361  normal  0.38185 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0066  Sel1 repeat-containing protein  38.37 
 
 
249 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1584  hypothetical protein  34.21 
 
 
185 aa  84  0.000000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0106246 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4233  Sel1  38.51 
 
 
315 aa  84  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0312  TPR repeat-containing protein  33.74 
 
 
223 aa  84  0.000000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.21253  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0697  sel1 repeat-containing family protein  34.15 
 
 
331 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.10663  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1504  Sel1 domain protein repeat-containing protein  32.8 
 
 
528 aa  82.8  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0043  Sel1  36.26 
 
 
236 aa  82.4  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.521433  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1987  Sel1 domain-containing protein  36.93 
 
 
505 aa  82.4  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.461505  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1888  Sel1 domain protein repeat-containing protein  37.2 
 
 
346 aa  82.4  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.15133  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1126  Sel1 domain protein repeat-containing protein  34.55 
 
 
343 aa  82  0.000000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3725  Sel1 domain protein repeat-containing protein  37.42 
 
 
248 aa  82  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3402  Sel1 domain protein repeat-containing protein  37.42 
 
 
248 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02823  hypothetical protein  35.48 
 
 
256 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3235  AAA ATPase  39.01 
 
 
839 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.333619  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2686  hypothetical protein  32.81 
 
 
365 aa  80.9  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.715666  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1612  Sel1  35.76 
 
 
232 aa  81.3  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0239674 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2310  Sel1 domain protein repeat-containing protein  32 
 
 
321 aa  80.9  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.519602  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1127  Sel1 domain protein repeat-containing protein  31.55 
 
 
272 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111937  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3151  Sel1 domain-containing protein  30.26 
 
 
255 aa  79.7  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.221921  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1533  TPR repeat-containing protein  33.14 
 
 
976 aa  79.3  0.00000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0954  hypothetical protein  32.48 
 
 
838 aa  79  0.00000000000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1307  hypothetical protein  33.33 
 
 
376 aa  78.6  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2894  hypothetical protein  33.53 
 
 
245 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2703  Sel1 domain-containing protein  28.66 
 
 
693 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00296283 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2411  hypothetical protein  32.72 
 
 
235 aa  78.2  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0196875  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1310  hypothetical protein  33.33 
 
 
376 aa  78.2  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1118  hypothetical protein  31.82 
 
 
329 aa  77.4  0.0000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.420783 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1938  Sel1 repeat-containing protein  34.81 
 
 
425 aa  77.8  0.0000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0892  hypothetical protein  31.71 
 
 
1877 aa  77.4  0.0000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.413085 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0937  serine/threonine protein kinase  35.76 
 
 
1430 aa  77.8  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0370289 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0921  hypothetical protein  33.55 
 
 
1281 aa  76.6  0.0000000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.081521 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2718  Sel1 domain-containing protein  30.85 
 
 
254 aa  77  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2836  Sel1 domain-containing protein  29.79 
 
 
380 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.812231  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0313  TPR repeat-containing protein  35.14 
 
 
252 aa  77  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.526725  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1288  hypothetical protein  30.98 
 
 
731 aa  76.6  0.0000000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0920599 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>