68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4971 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4971  DNA helicase II  100 
 
 		 585 aa  1191    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146307 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2792  DNA helicase II  100 
 
 		 585 aa  1191    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.336571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1801  hypothetical protein  33.76 
 
 		 625 aa  257  5e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0207  hypothetical protein  33.86 
 
 		 578 aa  254  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3806  DNA helicase II  32.44 
 
 		 588 aa  243  7.999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.939631  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6475  hypothetical protein  32.79 
 
 		 628 aa  243  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.574703  normal  0.963014 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2850  hypothetical protein  32.25 
 
 		 579 aa  240  5e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3656  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  29.94 
 
 		 637 aa  230  6e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.317383  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4220  hypothetical protein  28.41 
 
 		 628 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0295  hypothetical protein  30.61 
 
 		 629 aa  209  9e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0199144 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2719  pathogenesis-related protein  29.98 
 
 		 639 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3888  hypothetical protein  31.71 
 
 		 631 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.450074  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5468  pathogenesis-related protein  29.75 
 
 		 639 aa  199  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60080  hypothetical protein  28.3 
 
 		 643 aa  192  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000581559  hitchhiker  0.0000000248833 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2418  putative ATP-dependent DNA helicase  27.47 
 
 		 622 aa  191  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.197345  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1438  pathogenesis-related protein  27.04 
 
 		 650 aa  171  4e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0692667  normal  0.776822 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0002  UvrD/REP helicase  31.35 
 
 		 627 aa  167  6.9999999999999995e-40  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.00501949  unclonable  0.0000000152261 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003290  DNA helicase  32.52 
 
 		 634 aa  166  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0682  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  32.46 
 
 		 634 aa  155  2e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4906  pathogenesis-related protein  26.79 
 
 		 649 aa  131  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.827624  normal  0.119775 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0596  hypothetical protein  23.94 
 
 		 707 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0675  UvrD/REP helicase  24.23 
 
 		 599 aa  65.5  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.771705 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1043  hypothetical protein  44.3 
 
 		 109 aa  60.1  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0502  UvrD/REP helicase  26.78 
 
 		 620 aa  58.2  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0672  UvrD/REP helicase  26.44 
 
 		 595 aa  54.3  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0183847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3186  UvrD/REP helicase  25.67 
 
 		 603 aa  53.9  0.000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.985169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1873  UvrD/REP helicase  24.83 
 
 		 591 aa  53.5  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.100548  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  29.64 
 
 		 671 aa  53.5  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  29.64 
 
 		 671 aa  53.5  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3879  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.91 
 
 		 663 aa  52.8  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.25 
 
 		 671 aa  52.8  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1515  UvrD/REP helicase  25.69 
 
 		 575 aa  52  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0347716  hitchhiker  2.10005e-16 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1508  UvrD/REP helicase  24.48 
 
 		 1060 aa  50.8  0.00006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0348  DNA helicase  26.64 
 
 		 698 aa  49.7  0.0002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00900686  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0050  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.27 
 
 		 658 aa  49.7  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0153579  normal  0.502615 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.28 
 
 		 729 aa  48.5  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  24.07 
 
 		 772 aa  47.8  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2233  ATP-dependent DNA helicase  26.42 
 
 		 658 aa  47.8  0.0006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  20.41 
 
 		 735 aa  47.8  0.0006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  25.87 
 
 		 726 aa  47.4  0.0008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  25.87 
 
 		 726 aa  47.4  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3407  UvrD/REP helicase  26.15 
 
 		 604 aa  47  0.0009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0218597  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  25.87 
 
 		 725 aa  46.6  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0621  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.93 
 
 		 659 aa  45.8  0.002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.12705  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0524  putative DNA helicase  39.44 
 
 		 1108 aa  45.8  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.98499  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1995  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  29.03 
 
 		 504 aa  46.2  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.374218  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  25.82 
 
 		 1244 aa  46.2  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03620  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.09 
 
 		 640 aa  46.2  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2143  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.09 
 
 		 658 aa  46.2  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5049  UvrD/REP helicase  30.53 
 
 		 1062 aa  45.8  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0107382 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 745 aa  45.8  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0795  UvrD/REP helicase  26.11 
 
 		 639 aa  46.2  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.790736  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2560  putative ATP-dependent DNA helicase, Rep  26.07 
 
 		 520 aa  45.8  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.742452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2002  UvrD/REP helicase  24.25 
 
 		 668 aa  44.7  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0486961  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0039  UvrD/REP helicase  25.98 
 
 		 599 aa  45.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.830062  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0754  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.71 
 
 		 587 aa  44.7  0.005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.643559  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5487  putative ATP-dependent DNA helicase Rep  23.93 
 
 		 591 aa  44.3  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2973  UvrD/REP helicase  22.98 
 
 		 1128 aa  44.3  0.007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.707906 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3048  UvrD/REP helicase  25.27 
 
 		 608 aa  43.9  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0267526  normal  0.137348 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3542  UvrD/REP helicase  25.57 
 
 		 672 aa  43.9  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.634729 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3440  UvrD/REP helicase  27.76 
 
 		 682 aa  43.9  0.008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.155249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1222  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.47 
 
 		 758 aa  43.9  0.008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  28.95 
 
 		 702 aa  43.9  0.008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3055  UvrD/REP helicase  25.91 
 
 		 608 aa  43.9  0.009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0929  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.62 
 
 		 1216 aa  43.9  0.009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  28.32 
 
 		 702 aa  43.9  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.31 
 
 		 732 aa  43.5  0.01  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0721  UvrD/REP helicase  23.59 
 
 		 701 aa  43.5  0.01  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>