41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4804 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4804  hypothetical protein  100 
 
 
207 aa  429  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0288  hypothetical protein  75.57 
 
 
199 aa  280  1e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.213851  normal  0.0255605 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3050  hypothetical protein  49.09 
 
 
170 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2844  conserved hypothetical protein  34.32 
 
 
149 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00765  hypothetical protein  34.32 
 
 
160 aa  80.1  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00782  hypothetical protein  34.32 
 
 
160 aa  80.1  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2845  hypothetical protein  34.32 
 
 
149 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.063186 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0854  hypothetical protein  34.32 
 
 
160 aa  80.1  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2289  hypothetical protein  32.12 
 
 
157 aa  72.4  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3165  hypothetical protein  30.91 
 
 
155 aa  72  0.000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2554  hypothetical protein  32.54 
 
 
160 aa  68.6  0.00000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1431  hypothetical protein  34.15 
 
 
144 aa  67.4  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.130187  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2448  hypothetical protein  30.91 
 
 
146 aa  67  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0433  hypothetical protein  32.93 
 
 
161 aa  67.4  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2797  hypothetical protein  31.29 
 
 
150 aa  66.6  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.744208  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0865  hypothetical protein  31.95 
 
 
160 aa  65.5  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1897  hypothetical protein  29.45 
 
 
157 aa  63.5  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1696  hypothetical protein  25.93 
 
 
142 aa  61.6  0.000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0575621  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1731  hypothetical protein  26.09 
 
 
142 aa  60.8  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.365921  normal  0.14672 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1181  hypothetical protein  29.41 
 
 
164 aa  60.8  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.406635  hitchhiker  0.00458574 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0270  hypothetical protein  30.18 
 
 
157 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00677549 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0354  hypothetical protein  27.91 
 
 
148 aa  59.3  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000171392  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000986  uncharacterized domain/GTP cyclohydrolase II  26.79 
 
 
353 aa  55.5  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07041  hypothetical protein  27.38 
 
 
164 aa  54.7  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2146  hypothetical protein  29.55 
 
 
150 aa  52.8  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.657037 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2102  hypothetical protein  29.55 
 
 
150 aa  52.8  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35648  predicted protein  25.42 
 
 
169 aa  48.1  0.00009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000129267  normal  0.75627 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1771  hypothetical protein  25.29 
 
 
217 aa  47.8  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0074  hypothetical protein  29.46 
 
 
182 aa  45.8  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2022  hypothetical protein  32.38 
 
 
286 aa  45.1  0.0009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00213305  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4523  hypothetical protein  28.22 
 
 
189 aa  44.3  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.584646 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3371  hypothetical protein  26.55 
 
 
219 aa  44.3  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000316339  unclonable  1.45401e-17 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3505  hypothetical protein  28.32 
 
 
173 aa  43.5  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.42017  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6789  hypothetical protein  35.11 
 
 
161 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0152  hypothetical protein  26.35 
 
 
183 aa  43.5  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0120146  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5219  hypothetical protein  25.9 
 
 
180 aa  42.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60590  hypothetical protein  25.3 
 
 
184 aa  42.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3211  hypothetical protein  23.9 
 
 
336 aa  42.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0385852 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2006  hypothetical protein  28.35 
 
 
287 aa  42.7  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.436059  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0405  hypothetical protein  28.09 
 
 
168 aa  42.4  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0151  hypothetical protein  29.36 
 
 
197 aa  42.4  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>