213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4556 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4556  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 361 aa  715    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.241944  normal  0.0605665 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4423  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 361 aa  715    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.045905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1224  secretion protein HlyD  68.7 
 
 		 362 aa  434  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.343602  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1295  secretion protein HlyD family protein  58.38 
 
 		 361 aa  426  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1503  secretion protein HlyD  55.59 
 
 		 395 aa  390  1e-107  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.289067  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7009  secretion protein HlyD family protein  58.06 
 
 		 361 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.159202  normal  0.765528 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0446  membrane protein  59.22 
 
 		 361 aa  375  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.210333  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5590  secretion protein HlyD family protein  60.06 
 
 		 361 aa  376  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5888  secretion protein HlyD family protein  58.06 
 
 		 361 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.998521  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0148  membrane protein  58.94 
 
 		 361 aa  360  2e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1319  MFP family transporter  58.94 
 
 		 361 aa  360  2e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2767  MFP family transporter  59.22 
 
 		 361 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2624  MFP family transporter  58.94 
 
 		 361 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1032  ABC-type export system, membrane fusion protein  58.94 
 
 		 361 aa  359  3e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0174  MFP family transporter  58.66 
 
 		 361 aa  355  5e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0102  secretion protein HlyD family protein  50.7 
 
 		 361 aa  331  9e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0100  hypothetical protein  50.7 
 
 		 361 aa  331  9e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0311  secretion protein HlyD family protein  44.88 
 
 		 361 aa  328  7e-89  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0146421  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0008  secretion protein HlyD family protein  46.94 
 
 		 363 aa  313  2.9999999999999996e-84  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000302217  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0471  secretion protein HlyD family protein  32.55 
 
 		 414 aa  140  3e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1115  secretion protein HlyD family protein  29.92 
 
 		 347 aa  107  3e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.719605  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0963  hypothetical protein  29.83 
 
 		 307 aa  102  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0165  secretion protein HlyD family protein  28.23 
 
 		 411 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1810  hypothetical protein  29.01 
 
 		 326 aa  95.9  9e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.516711  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2112  secretion protein HlyD family protein  31.17 
 
 		 372 aa  91.7  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  unclonable  0.0000000135214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1628  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.45 
 
 		 383 aa  90.9  3e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1396  secretion protein HlyD family protein  27.07 
 
 		 310 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0504775  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4021  secretion protein HlyD  25.28 
 
 		 345 aa  73.6  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8104  secretion protein HlyD family protein  28.93 
 
 		 354 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5590  multidrug resistance protein MdtN  31.28 
 
 		 343 aa  60.8  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4639  multidrug resistance protein MdtN  31.28 
 
 		 343 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4327  multidrug resistance protein MdtN  31.28 
 
 		 343 aa  60.1  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03954  predicted membrane fusion protein of efflux pump  31.28 
 
 		 343 aa  60.1  0.00000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3910  efflux pump membrane protein  31.28 
 
 		 343 aa  60.1  0.00000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3945  multidrug resistance protein MdtN  31.28 
 
 		 343 aa  60.1  0.00000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03914  hypothetical protein  31.28 
 
 		 343 aa  60.1  0.00000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4546  multidrug resistance protein MdtN  31.28 
 
 		 343 aa  60.1  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 432 aa  58.9  0.0000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  26.23 
 
 		 517 aa  58.2  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  25.08 
 
 		 329 aa  57.8  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1586  secretion protein HlyD family protein  25.35 
 
 		 328 aa  57.4  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.125031  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3085  secretion protein HlyD family protein  26.1 
 
 		 353 aa  56.2  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.22636  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  29.78 
 
 		 344 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1382  secretion protein HlyD family protein  27.6 
 
 		 340 aa  54.7  0.000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.396008  hitchhiker  0.000481704 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1480  secretion protein HlyD family protein  24.37 
 
 		 349 aa  55.1  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.785095  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 405 aa  53.1  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2115  secretion protein HlyD family protein  30.8 
 
 		 334 aa  53.1  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.441068  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.18 
 
 		 372 aa  52.8  0.000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0273609  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1794  secretion protein HlyD family protein  28.47 
 
 		 350 aa  52.8  0.000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  25.98 
 
 		 455 aa  52.8  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  26 
 
 		 456 aa  52.4  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3892  secretion protein HlyD family protein  26.93 
 
 		 352 aa  52  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0875  secretion protein HlyD family protein  26.4 
 
 		 315 aa  52.4  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.316135 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6554  multidrug resistance protein MdtN  31.63 
 
 		 351 aa  51.6  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.89511 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1283  secretion protein HlyD  29.27 
 
 		 475 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.277079  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1263  efflux transporter  27.01 
 
 		 415 aa  51.6  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.471028  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6548  secretion protein HlyD family protein  29.27 
 
 		 475 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6154  secretion protein HlyD family protein  29.27 
 
 		 470 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.18096 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4203  hypothetical protein  26.3 
 
 		 316 aa  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.99855  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3000  hypothetical protein  26.22 
 
 		 337 aa  51.6  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3430  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  25.56 
 
 		 310 aa  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03101  p-hydroxybenzoic acid efflux system component  25.56 
 
 		 310 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0465  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  25.56 
 
 		 310 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.05 
 
 		 504 aa  50.8  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03052  hypothetical protein  25.56 
 
 		 310 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3537  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  25.56 
 
 		 310 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.11 
 
 		 310 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0472  HlyD family secretion protein  27.12 
 
 		 349 aa  50.8  0.00004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.776692  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3724  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  25.11 
 
 		 310 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1286  hypothetical protein  24.39 
 
 		 331 aa  50.4  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3303  RND family efflux transporter MFP subunit  31.11 
 
 		 418 aa  50.4  0.00005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.3496  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3393  secretion protein HlyD family protein  26.09 
 
 		 350 aa  50.1  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0618  secretion protein HlyD family protein  30.37 
 
 		 396 aa  50.1  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00610  Type I secretion protein, HlyD family  28.21 
 
 		 339 aa  49.7  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.211465  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  27.8 
 
 		 464 aa  50.1  0.00007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  0.000000000906287 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2630  secretion protein HlyD family protein  27.13 
 
 		 366 aa  49.7  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0794256  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0129  hypothetical protein  26.01 
 
 		 344 aa  49.7  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.993938  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1950  secretion protein HlyD family protein  26.97 
 
 		 360 aa  49.7  0.00009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0411  HlyD family secretion protein  26.69 
 
 		 349 aa  49.3  0.00009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1493  secretion protein HlyD family protein  25.36 
 
 		 332 aa  49.3  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.172966  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1357  multidrug efflux pump (emrA)  24.23 
 
 		 467 aa  48.9  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0943753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3333  RND family efflux transporter MFP subunit  28.76 
 
 		 377 aa  48.9  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0820  secretion protein HlyD family protein  24.36 
 
 		 342 aa  48.9  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.495738  hitchhiker  0.000581546 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3362  secretion protein HlyD family protein  29.79 
 
 		 413 aa  48.9  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00242557 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3104  secretion protein HlyD family protein  29.26 
 
 		 407 aa  48.9  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.599645  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0402  HlyD family secretion protein  28.44 
 
 		 348 aa  48.9  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1088  MFP family transporter  28.35 
 
 		 368 aa  49.3  0.0001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.802038  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2810  secretion protein HlyD family protein  25.49 
 
 		 368 aa  49.3  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.653473 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2942  hypothetical protein  23.39 
 
 		 342 aa  48.1  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.495568  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0616  secretion protein HlyD  29.51 
 
 		 388 aa  48.5  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.77466  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4102  secretion protein HlyD family protein  33.33 
 
 		 401 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.60829 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1605  secretion protein HlyD family protein  27.94 
 
 		 366 aa  48.1  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1965  putative membrane fusion protein family member  29.84 
 
 		 396 aa  47.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.686459  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  27.85 
 
 		 509 aa  47.8  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 351 aa  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.51 
 
 		 377 aa  47.8  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0259  RND family efflux transporter MFP subunit  26.03 
 
 		 412 aa  47.8  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.61 
 
 		 505 aa  47.8  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.214189 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  27.84 
 
 		 360 aa  47.4  0.0004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16591  ABC transporter  35.92 
 
 		 294 aa  47.4  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.501795 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>